XPO1扩增消除B细胞淋巴瘤中E571K XPO1突变效应

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD016916

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

XPO1基因编码exportin 1（XPO1），该蛋白调控货物蛋白和RNA的核输出。近25%的原发性纵隔B细胞淋巴瘤（PMBL）和经典型霍奇金淋巴瘤（cHL）病例携带复发性XPO1点突变（NM_003400，chr2:g61718472C>T），导致蛋白疏水沟内第571位谷氨酸变为赖氨酸（E571K），该区域为货物蛋白结合位点。我们利用具有不同XPO1状态的细胞系研究了XPO1E571K突变的功能影响。我们首先确认该突变同时存在于XPO1 mRNA及相应蛋白中。在具有野生型（wt）XPO1基因的U2940细胞系中，我们采用多种CRISPR-Cas9策略引入E571K突变。利用条形码方法追踪该突变，我们观察到该突变在体外并未带来优势。事实上，XPO1E571K突变的效果被XPO1 wt等位基因的存在所掩盖。引人注目的是，在我们的患者队列中，XPO1E571K突变从未以纯合或半合子形式出现。我们进一步表明，XPO1E571K突变改变了selinexor与XPO1的结合，进而改变了其对这一药物的敏感性。

我们得出结论，XPO1野生型等位基因与突变型等位基因之间的平衡是决定XPO1功能和致癌特性的关键要素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。