基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA434245：Mef2b 小鼠模型中的生发中心 B 细胞转录谱

PRJNA434245 是一个收录于 NCBI BioProject 的生物学项目数据集，其英文名称为“Germinal Center B cell transcriptional profiles in Mef2b mouse models”，源站标题为“Germinal Center B cell transcriptional profiles in... (ID 434245) - BioProject - NCBI”。该数据集聚焦于 Mef2b 小鼠模型中生发中心 B 细胞的转录谱，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，即转录组或基因表达类数据。在本地分类体系中，该数据集被归入肿瘤 / 淋巴瘤方向。整体而言，该数据集为研究 Mef2b 相关小鼠模型中生发中心 B 细胞的基因表达特征提供了 BioProject 层面的入口与数据组织框架。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 434245。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据。根据源站描述，一个 BioProject 可以来自单一机构或联合体，其作用是为用户提供一个统一的位置，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题为 Mef2b 小鼠模型中生发中心 B 细胞的转录谱，说明其研究背景涉及 Mef2b 基因或相关模型下的生发中心 B 细胞。生发中心 B 细胞是免疫学与淋巴系统研究中的重要细胞群体，而该数据集被本地归类为肿瘤 / 淋巴瘤方向，表明其可能与淋巴瘤相关研究存在关联。但关于该项目的具体研究目的、实验假设、涉及的疾病模型细节，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达类型。数据集名称明确指出其内容为“Germinal Center B cell transcriptional profiles”，即生发中心 B 细胞的转录谱。这些转录谱来自 Mef2b 小鼠模型。因此，从数据类型上看，该数据集应包含与基因表达相关的数据，可能涉及 RNA 转录水平的信息。然而，关于具体的样本数量、测序平台、基因数量、表达矩阵格式、是否包含原始测序数据或处理后数据等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体为 NCBI BioProject 数据库中的一条记录，ID 为 434245。其英文名称为“PRJNA434245: Germinal Center B cell transcriptional profiles in Mef2b mouse models”。源站标题显示为“Germinal Center B cell transcriptional profiles in... (ID 434245) - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义，该项目记录汇集了与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自单一组织或联合体。关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、实验条件、小鼠品系背景、Mef2b 模型的具体类型等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签和名称，其适用场景可能包括：转录组或基因表达分析、生发中心 B 细胞相关研究、Mef2b 小鼠模型中的基因表达特征探索，以及可能与淋巴瘤或肿瘤方向相关的比较分析。由于本地分类将其归入肿瘤 / 淋巴瘤方向，该数据集可能适用于淋巴瘤发生机制、B 细胞转录调控或免疫相关肿瘤研究中的表达谱分析。然而，关于该数据集是否确实用于特定疾病研究、是否包含对照与处理组、是否适合差异表达分析或通路富集分析等具体应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集作为 NCBI BioProject 记录，用户可通过 BioProject ID 434245 在 NCBI 网站上进行检索和访问。BioProject 记录通常提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接，用户可据此进一步获取相关数据。关于该数据集的具体下载方式、文件格式、数据处理流程、是否需要特定软件进行分析、是否提供原始数据与处理后数据等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。BioProject 本身是项目层面的元数据记录，用于汇集数据链接，而非直接提供完整的实验细节或质量控制信息。因此，关于该数据集的数据质量、测序深度、重复数、批次效应、样本纯度、数据完整性等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集仅涉及 Mef2b 小鼠模型中的生发中心 B 细胞转录谱，其结论是否可推广至其他物种、其他细胞类型或其他实验条件，源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要联系提交者获取授权等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 页面上可能提供的通用引用指南和 NCBI 数据使用政策，但该数据集的具体引用要求与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110676

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA434245

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

MEF2B转录因子在生发中心（GC）来源的B细胞淋巴瘤中反复发生突变，但其在正常和肿瘤性GC发育中的作用尚不清楚。在此，我们鉴定了GC中MEF2B的转录靶标，这些靶标表明其调控细胞增殖、凋亡、GC局限化和分化。与此一致的是，Mef2b缺失减少了小鼠中的GC形成。最常见的肿瘤相关MEF2B突变体（MEF2BD83V）为亚效突变，但逃避了Cabin1和HDACs的结合与负调控。Mef2bD83V表达导致25%的动物出现GC增大和GC来源的肿瘤。该表型在与BCL2失调联合时完全外显，而BCL2失调是人类淋巴瘤中常与MEF2B突变相关的事件。这些结果确定MEF2B为关键的GC调控因子，并在淋巴瘤发生中作为显性癌基因。总体设计：数据集包括：野生型小鼠（WT）；在GC B细胞中仅表达1个Mef2b等位基因的小鼠（HET）；缺乏Mef2b表达的小鼠（KO）；在GC B细胞中表达1个野生型和1个突变型Mef2b等位基因的小鼠（D83V）；在GC B细胞中仅表达1个突变型Mef2b等位基因的小鼠（KO-D83V）。

每种基因型已分析了三到四只小鼠。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别