弥漫大B细胞淋巴瘤基因表达谱芯片 VFN-D2
数据围绕淋巴瘤相关基因表达谱展开，可用于转录组层面的表达分析、样本分型与分类建模等研究。源站未提供样本量、平台型号、具体实验设计与临床注释等细节（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
弥漫大B细胞淋巴瘤基因表达谱芯片 VFN-D2
PRJNA376583 是一个围绕弥漫性大 B 细胞淋巴瘤（Diffuse large B-cell lymphoma）基因表达谱构建的公开数据集，英文全称为 Diffuse large B-cell lymphoma gene expression profiling array VFN-D2。该数据集归属于人类（Homo sapiens），在 NCBI BioProject 中的项目编号为 376583，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，本站将其归类于肿瘤 / 淋巴瘤方向。整体来看，该数据以淋巴瘤相关基因表达谱为核心内容，可用于转录组层面的表达分析、样本分型与分类建模等研究，为理解弥漫性大 B 细胞淋巴瘤的分子特征提供数据基础。需要注意的是，源站未提供样本量、平台型号、具体实验设计与临床注释等细节，因此其覆盖范围与适用边界需结合原始记录进一步确认。
【数据集背景】
弥漫性大 B 细胞淋巴瘤是淋巴系统恶性肿瘤中较为常见的一类，其分子异质性较高，不同样本在基因表达层面可能呈现不同模式。围绕该疾病开展基因表达谱研究，有助于从转录组角度刻画肿瘤样本的表达特征，并为后续的分型、分类与机制探索提供依据。该数据集正是面向这一研究方向而建立，主题聚焦于转录组或基因表达，属于肿瘤 / 淋巴瘤领域的数据资源。其英文名称中明确包含“gene expression profiling array”与“VFN-D2”等标识，表明其内容与基因表达谱检测相关。源站未提供该数据集所依托的具体研究背景、项目发起机构及研究目的等更详细说明。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其核心数据类型与转录组或基因表达相关。结合其英文名称可知，数据围绕弥漫性大 B 细胞淋巴瘤的基因表达谱展开，属于表达谱层面的数据集合。此类数据通常用于反映样本中基因转录水平的相对丰度或表达变化，但具体包含哪些基因、采用何种检测形式、数据以何种格式组织，源站未提供。数据集的短描述指出，其可用于转录组层面的表达分析、样本分型与分类建模等研究，这与其主题标签和疾病背景相一致。除此之外，源站未提供样本量、分组信息、表达矩阵结构、注释文件等具体内容。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，在 NCBI BioProject 中以项目编号 376583 进行登记，物种为 Homo sapiens。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议所汇集的生物学数据集合，通常来自单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。因此，该数据集可被视为 BioProject 体系下的一个项目记录，其数据可能关联多种类型的数据资源。源站未提供具体的样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、实验平台型号及实验设计细节。
【适用场景】
基于其主题与短描述，该数据集适用于转录组层面的基因表达分析，例如比较不同样本之间的表达模式、开展样本分型或分类建模等研究。在肿瘤 / 淋巴瘤研究背景下，此类表达谱数据可用于探索弥漫性大 B 细胞淋巴瘤的分子特征，并可作为分类模型构建或表达特征筛选的输入数据。由于主题标签明确指向 Transcriptome or Gene expression，其应用方向主要围绕表达谱相关分析展开。源站未提供该数据集在具体研究中的使用案例、验证结果或推荐分析流程。
【使用方法】
该数据集登记于 NCBI BioProject，项目编号为 376583，可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 进行访问与检索。BioProject 记录为用户提供查找该项目所产生多种数据类型的统一入口，因此使用时可先通过项目编号定位该记录，再根据记录中的链接获取相关数据。源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、预处理步骤、分析工具或代码示例，因此无法进一步说明其操作细节。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，具备明确的物种信息（Homo sapiens）、项目编号（376583）与主题标签（Transcriptome or Gene expression），在来源与主题上具有可识别性。但其短描述明确指出，源站未提供样本量、平台型号、具体实验设计与临床注释等细节。这意味着在使用该数据集时，无法仅凭现有信息判断样本规模、检测平台、实验分组及临床背景，可能影响分析结果的解释与推广。此外，源站未提供数据质量评估、缺失值情况、批次效应信息及验证结果，因此其质量与适用性需结合原始记录进一步核实。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 376583。源站未提供具体的引用格式、许可条款、使用限制或授权要求。如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 原始记录中的相关说明。源站未提供其他引用与许可细节。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA376583
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含12个样本的数据，这些样本杂交在Illumina HumanHT-12芯片上。
- 患者原发淋巴瘤细胞，从恶性腹水中获得（P2-A1, P2-A2）
- 患者的非恶性B细胞（CTRL1, CTRL2）
- 从患者原发淋巴瘤细胞体外培养15天和75天后建立的淋巴瘤细胞系UPF4D（UPF4D-D15A, UPF4D-D15B, UPF4D-D75）
- 通过异种移植UPF4D细胞系后，从浸润的小鼠肾脏中离体分离出的细胞（UPF4D-K）
- 通过异种移植UPF4D细胞系后，从皮下生长的淋巴瘤中离体分离出的细胞（UPF4D-SC）
- 患者来源异种移植（PDX）细胞VFN-D2，通过将原发淋巴瘤细胞异种移植到免疫缺陷小鼠后，从浸润的小鼠肾脏中离体分离获得（VFN-D2-K1, VFN-D2-K2）
- 患者来源异种移植（PDX）细胞VFN-D2，通过将原发淋巴瘤细胞异种移植到免疫缺陷小鼠后，从皮下生长的淋巴瘤中离体分离获得（VFN-D2-SC）。
样本使用CD19微珠（Miltenyi）进行分选。异种移植使用的是NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ小鼠（简称NSG小鼠）。
总体设计：未汇总的数据可通过R包klenermicroarraydata获取，该包可从https://bitbucket.org/kulvait/klenermicroarraydata下载。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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