PRJNA376581：套细胞淋巴瘤基因表达谱芯片 UPF1
数据来源于 Homo sapiens，围绕套细胞淋巴瘤的基因表达谱芯片展开，可用于转录组与基因表达层面的分析。源站描述仅说明 BioProject 是汇集单一项目相关生物学数据的记录，提供指向该项目各类数据的统一入口，未提供样本量、平台型号、具体实验方法或研究结论等信息（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
PRJNA376581：套细胞淋巴瘤基因表达谱芯片 UPF1
PRJNA376581: Mantle cell lymphoma gene expression profiling array UPF1 是一个来源于 NCBI BioProject 数据库的人类肿瘤转录组数据集，其研究对象为套细胞淋巴瘤（Mantle cell lymphoma），数据类型属于基因表达谱芯片。该数据集围绕 Homo sapiens 的基因表达展开，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，可服务于转录组与基因表达层面的分析需求。从分类上看，该数据集归属于肿瘤 / 淋巴瘤方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述仅说明 BioProject 是汇集单一项目相关生物学数据的记录，提供指向该项目各类数据的统一入口，未提供样本量、平台型号、具体实验方法或研究结论等信息。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 376581，英文名称为 Mantle cell lymphoma gene expression profiling array UPF1。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级数据组织方式，用于汇集与单一研究倡议相关的生物学数据，这些数据可能来自单一组织或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。本数据集聚焦于 Homo sapiens 的套细胞淋巴瘤，属于肿瘤 / 淋巴瘤研究范畴，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心内容与转录组或基因表达相关。
【数据内容】
该数据集的内容围绕套细胞淋巴瘤的基因表达谱芯片展开。根据源站描述，BioProject 记录本身并不直接展示全部实验细节，而是提供指向该项目各类数据的链接入口。因此，该数据集所涵盖的具体数据文件、样本数量、芯片平台型号、探针信息、表达矩阵或原始信号值等，源站未提供。可以明确的是，其数据主题为 Transcriptome or Gene expression，研究对象为 Homo sapiens，疾病背景为套细胞淋巴瘤，数据获取方式涉及基因表达谱芯片。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录。源站描述指出，BioProject 记录来自单一组织或联合体，用于汇集单一研究倡议相关的生物学数据。关于本数据集的具体采集机构、样本来源、伦理审批信息、实验设计、RNA 提取方法、芯片杂交条件、扫描参数等，源站未提供。数据所属物种为 Homo sapiens，疾病类型为套细胞淋巴瘤，数据主题标签为 Transcriptome or Gene expression。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集可用于转录组与基因表达层面的分析，尤其适用于与套细胞淋巴瘤相关的基因表达研究。其主题标签 Transcriptome or Gene expression 表明，该数据可能用于差异表达分析、表达谱聚类、通路富集分析等通用转录组分析场景。此外，由于该数据集属于肿瘤 / 淋巴瘤分类，也可作为淋巴瘤分子机制研究的候选数据资源。但具体适用的分析类型、可回答的生物学问题、是否适合作为训练集或验证集等，需结合源站提供的完整数据与元数据进一步判断，源站未提供相关说明。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，记录编号为 376581。BioProject 记录提供指向该项目各类数据的统一入口，用户可据此查找该项目生成的不同数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、预处理流程、标准化方法、分析工具推荐等，源站未提供。用户如需使用该数据集，应依据 BioProject 记录中的链接进一步获取项目相关数据，并参考源站提供的说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集的质量信息、数据完整性、批次效应、技术重复情况、生物学重复数量、数据归一化状态等，源站未提供。其限制在于，当前可获取的信息仅为 BioProject 记录层面的描述，未包含样本量、平台型号、具体实验方法或研究结论等细节。因此，在未获取项目完整数据与元数据之前，无法对该数据集的质量、适用范围和结论可靠性做出进一步判断。源站描述仅说明 BioProject 是汇集单一项目相关生物学数据的记录，提供指向该项目各类数据的统一入口。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要遵守特定数据共享政策等，源站未提供。用户在使用该数据集时，应访问 NCBI BioProject 记录页面，查看源站提供的引用要求与许可信息。由于源站描述未涉及引用与许可的具体条款，无法在此给出进一步的说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA376581
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含9个样本的数据，这些样本杂交在Illumina HumanHT-12芯片上。
- 患者原发性淋巴瘤细胞，取自白血病化的血液（P7-PBMC）
- 从5名健康供体外周血中分离的非恶性B细胞（CTRL）
- 名为UPF1G的淋巴瘤细胞系，源自患者在接受阿糖胞苷基础治疗前的原发性淋巴瘤细胞，在体外培养63天和163天后建立（UPF1G-D63、UPF1G-D163）
- 名为UPF1H的淋巴瘤细胞系，源自患者在接受阿糖胞苷基础治疗后的原发性淋巴瘤细胞，在体外培养85天和185天后建立（UPF1H-D85、UPF1H-D185）
- 通过异种移植UPF1G细胞系后，从皮下生长的淋巴瘤中离体分离建立的细胞（UPF1G-SC）
- 通过异种移植UPF1G细胞系后，从恶性小鼠腹水中离体分离建立的细胞（UPF1G-A）
- 通过异种移植UPF1H细胞系后，从皮下生长的淋巴瘤中离体分离建立的细胞（UPF1H-SC）
样本使用CD19微珠（Miltenyi）进行分选。异种移植使用的是NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ小鼠（简称NSG小鼠）。
总体设计：未汇总的数据可通过 https://bitbucket.org/kulvait/klenermicroarraydata 包中的 data(UPF1) 命令获取。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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