PRJNA371600:PI3K信号对活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群中NF-κB依赖生存的关键作用

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 371600),聚焦于活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群中 PI3K 信号对 NF-κB 依赖生存的关键作用

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时间序列分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA371600: Critical role of PI3K signaling for NF-κB–dependent survival in a subset of activated B-cell–like diffuse large B-cell lymphoma cells

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA371600:PI3K信号对活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群中NF-κB依赖生存的关键作用

PRJNA371600 是一个来源于 NCBI BioProject 的肿瘤/淋巴瘤领域数据集,其英文全称为“Critical role of PI3K signaling for NF-κB–dependent survival in a subset of activated B-cell–like diffuse large B-cell lymphoma cells”。该数据集聚焦于活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群,围绕 PI3K 信号通路对 NF-κB 依赖生存的关键作用展开。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明该计划产生的数据与转录组或基因表达相关。作为 BioProject 体系中的一项记录,它汇集了与单一研究计划相关的多种数据类型,便于用户从一个入口定位和访问该项目所生成的数据资源。整体而言,该数据集面向肿瘤生物学与淋巴瘤研究,尤其是活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤中信号通路与细胞生存机制的研究场景。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 371600,源站标题为“Homo sapiens (ID 371600) - BioProject - NCBI”,物种指向 Homo sapiens。其研究主题为活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群中 PI3K 信号对 NF-κB 依赖生存的关键作用。BioProject 本身是围绕单一研究计划组织生物数据的集合,来源于单一机构或联盟,旨在为用户提供统一入口,以发现该项目产生的不同数据类型。本站将其归类为肿瘤 / 淋巴瘤,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其数据内容与转录组或基因表达相关。源站描述指出,BioProject 记录提供用户一个单一位置,用于查找为该项目生成的多种数据类型。除上述信息外,源站未提供更具体的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 371600,源站标题为“Homo sapiens (ID 371600) - BioProject - NCBI”。源站描述说明,BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一机构或联盟的生物数据集合。除上述信息外,源站未提供关于样本采集、实验设计、测序平台或具体采集流程的更多说明。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤 / 淋巴瘤相关研究,尤其是活化B细胞样弥漫大B细胞淋巴瘤细胞亚群中 PI3K 信号与 NF-κB 依赖生存机制的研究场景。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression,因此可用于与转录组或基因表达分析相关的使用场景。除上述信息外,源站未提供更具体的适用场景说明。

【使用方法】

该数据集来自 NCBI BioProject,用户可通过 BioProject 记录作为统一入口,查找为该项目生成的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 记录提供用户一个单一位置来发现与项目相关的不同数据类型。除上述信息外,源站未提供关于数据下载、处理、分析流程或工具使用的具体说明。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,源站标题为“Homo sapiens (ID 371600) - BioProject - NCBI”,主题标签为 Transcriptome or Gene expression。除上述信息外,源站未提供关于数据质量、覆盖度、完整性或使用限制的具体说明。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,对应 NCBI BioProject 编号 371600。除上述信息外,源站未提供关于引用方式或许可条款的具体说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA371600

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的活化B细胞样(ABC)亚型代表了一种极具侵袭性的人类淋巴瘤类型。由慢性活跃的B细胞受体(BCR)信号传导引起的NF-κB持续激活是许多ABC DLBCL细胞的共同特征;然而,连接BCR信号传导至NF-κB促生存网络的途径在很大程度上仍不明确。本文报道,PI3K及其下游激酶PDK1的持续活性对于携带BCR近端信号适配器CD79B突变的两种ABC DLBCL细胞系的存活至关重要。在这些细胞中,抑制PI3K可减少NF-κB活性并降低NF-κB靶基因的表达。此外,PI3K和PDK1对于维持MALT1蛋白酶活性是必需的,该活性促进了受影响的ABC DLBCL细胞的存活。这些结果证明了在特定的ABC DLBCL细胞中,PI3K-PDK1信号在MALT1蛋白酶和NF-κB上游发挥关键作用,并为DLBCL治疗中PI3K抑制剂的药理应用提供了理论依据。

总体设计:本GEO数据集包含三个实验:a) 在DLBCL细胞系HBL1中,使用PI3K抑制剂15e处理后进行的4对(双色)GEP测量。b) 在DLBCL细胞系TMD8中,使用相同的PI3K抑制剂15e处理后进行的4对(双色)GEP测量。c) 在DLBCL细胞系HBL1中,使用IKKbeta抑制剂MLN120b处理后进行的4对(双色)GEP测量。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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