PRJNA258206：92种FDA批准化合物处理3种B细胞淋巴瘤细胞系的表达谱
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 258206），收录了 Homo sapiens 的转录组或基因表达数据，研究对象为 3 种不同的 B 细胞淋巴瘤细胞系，分别经 92 种 FDA 批准化合物处理后的表达谱
基本信息
资源简介
PRJNA258206：92种FDA批准化合物处理3种B细胞淋巴瘤细胞系的表达谱
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 258206），收录了 Homo sapiens 的转录组或基因表达数据。其研究对象为 3 种不同的 B 细胞淋巴瘤细胞系，这些细胞系分别经过 92 种 FDA 批准化合物处理，旨在获取处理后的表达谱信息。数据集英文名称为“PRJNA258206: Expression profiles in 3 different B-cell lymphoma cell lines treated by 92 FDA approved compounds”，源站标题为“Homo sapiens (ID 258206) - BioProject - NCBI”，本站分类归入肿瘤 / 淋巴瘤，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。该数据集为研究 B 细胞淋巴瘤在药物扰动下的转录组响应提供了集中可查的数据入口。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录机制，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据。该计划可以来自单个机构，也可以来自一个联合体。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的多种数据类型及其链接。本数据集即属于此类项目记录，编号为 258206，物种为 Homo sapiens。其研究背景聚焦于 B 细胞淋巴瘤细胞系在 FDA 批准化合物处理下的基因表达变化，属于肿瘤转录组学与药物扰动研究的范畴。本站将其分类为肿瘤 / 淋巴瘤，主题标签为转录组或基因表达，反映了该数据集在肿瘤生物学和基因表达研究中的定位。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 3 种不同 B 细胞淋巴瘤细胞系在分别接受 92 种 FDA 批准化合物处理后的表达谱。数据类型属于转录组或基因表达数据，物种为 Homo sapiens。数据集英文名称明确指出了处理条件与样本范围：3 种细胞系、92 种化合物。表达谱通常用于反映基因在特定条件下的转录水平，但关于具体检测平台、样本数量、重复次数、数据文件格式、表达值类型等细节，源站未提供。因此，本数据集在内容层面可确认的是其研究对象、处理因素和数据类型，其余具体数据字段与结构需以源站记录为准。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体以 BioProject 记录形式呈现，项目 ID 为 258206。源站描述指出，BioProject 记录本身是生物学数据的集合，旨在链接同一研究计划下产生的多种数据类型。该数据集标题标明物种为 Homo sapiens，研究内容为 3 种 B 细胞淋巴瘤细胞系经 92 种 FDA 批准化合物处理后的表达谱。关于样本采集的具体时间、地点、实验操作流程、测序或芯片平台、数据处理方法等，源站未提供。因此，采集与来源的详细实验信息需参考源站记录及其关联数据。
【适用场景】
该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及 B 细胞淋巴瘤细胞系在药物处理下的表达响应分析。潜在用途包括：比较不同 B 细胞淋巴瘤细胞系对同一化合物处理的表达差异；分析同一细胞系在多种 FDA 批准化合物处理下的表达谱变化；探索药物扰动与基因表达调控之间的关系；以及作为肿瘤转录组学研究的参考数据。由于数据集主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，其也可用于基因表达数据挖掘、生物信息学方法验证或药物重定位研究的初步筛选。但具体适用性需结合源站提供的完整数据与实验设计判断。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 258206）访问。用户可在源站页面查找与该研究计划相关的多种数据类型及其链接。由于 BioProject 记录提供的是项目层面的入口，实际数据文件、样本信息和分析结果可能分布在关联的数据库或资源中。使用时应先查阅源站记录，了解数据组织方式、下载途径和可能的访问限制。关于具体的数据下载格式、分析工具、预处理步骤或代码示例，源站未提供。因此，使用方法需依据源站的实际数据结构和相关文档进行操作。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。其质量与限制取决于源站所汇集的原始数据及实验设计。当前可确认的信息包括：物种为 Homo sapiens，研究对象为 3 种 B 细胞淋巴瘤细胞系，处理条件为 92 种 FDA 批准化合物，数据类型为转录组或基因表达。关于样本量、重复数、测序深度、平台版本、数据完整性、批次效应、归一化方法等质量相关指标，源站未提供。因此，无法在本描述中评估其数据质量或技术限制。用户在使用时应自行查阅源站记录及关联数据，以判断其适用性和可靠性。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Homo sapiens (ID 258206) - BioProject - NCBI”。关于引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 的通用引用规范以及该记录页面可能提供的具体说明。由于本描述仅依据给定信息撰写，未包含许可细节，建议直接访问源站获取准确的引用与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA258206
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
识别药物的作用机制（MoA）对于新药研发、理解其副作用以及药物重定位至关重要。然而，识别药物MoA一直是一项挑战，传统上仅通过大型实验装置进行尝试，且收效甚微。尽管计算能力的进步为在计算机中实现这一目标提供了机会，但利用现有计算资源的方法仍处于起步阶段。为克服这一难题，我们开发了一种利用网络失调识别药物作用机制的新方法（DeMAND）。该方法基于这样一个认识：药物影响其靶标的蛋白质活性，但不一定影响其mRNA表达水平。相反，蛋白质活性的变化会直接影响下游基因的mRNA表达水平。基于这一假设，DeMAND通过比较药物扰动后的基因表达谱与对照样本，并计算预先确定的整合转录与翻译后调控模型（相互作用组）内各个相互作用的变化，来识别药物MoA。
总体设计：该数据集包含3种不同B细胞淋巴瘤细胞系（OCI-LY3、OCI-LY7和U2932）在6、12和24小时时的基因表达谱（GEPs）。使用了92种FDA批准的化合物，浓度为其24小时IC20。每个时间点均以DMSO作为对照。共有828个样本和29个对照样本可用于分析。使用Janus自动液体处理系统（Perkin Elmer Inc.）上的RNAqueous-96自动试剂盒（Ambion）分离总RNA，通过NanoDrop 6000分光光度计定量，并通过Agilent Bioanalyzer进行质量检查。将RIN值>7的每个样本取300ng，使用Illumina TotalPrep-96 RNA扩增试剂盒（Ambion）通过标准的基于T7的扩增方案转化为生物素化cRNA，并在Human Genome U219 96阵列板（Affymetrix）上杂交。杂交、洗涤、染色和
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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