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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

ATM缺陷在无T细胞情况下促进NF-kB依赖性B细胞淋巴瘤的发展 [基因表达]

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 255765，英文标题为“ATM deficiency in the absence of T cells promotes the development of NF-kB-dependent B cell lymphomas [Gene Expression]”，源站标题标注为“Mus musculus (ID 255765) - BioProject - NCBI”。从标题可以看出，该数据集围绕 ATM 缺陷、T 细胞缺失与 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤发生之间的关系展开，属于转录组或基因表达类数据。本站将其归类为肿瘤 / 淋巴瘤方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在将同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于同一入口，便于用户查找和访问。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其核心数据形式与基因表达谱相关。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，编号为 255765，研究对象为小鼠（Mus musculus）。其标题明确指向一个肿瘤生物学问题：ATM 缺陷在缺乏 T 细胞的条件下，会促进 NF-kB 依赖性 B 细胞淋巴瘤的发展。ATM 基因缺陷与淋巴瘤发生之间的关系、T 细胞缺失所造成的影响，以及 NF-kB 信号通路在其中的依赖性，构成了该研究计划的核心背景。BioProject 记录本身提供的是一个集中入口，用于链接同一项目下产生的多种数据类型，因此该数据集并非孤立的数据文件，而是围绕上述研究目标组织起来的生物数据集合。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达类数据。数据集英文名中带有“[Gene Expression]”标识，进一步说明基因表达是该数据集的主要数据维度。本站分类将其归入肿瘤 / 淋巴瘤，说明其在应用层面上与淋巴瘤相关研究存在关联。除上述信息外，关于具体样本数量、测序平台、表达矩阵、差异基因列表或分析结果等内容，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Mus musculus (ID 255765) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录由单一组织或联盟发起，用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据。该记录为用户提供统一位置，以查找该项目所产生的不同类型数据的链接。该数据集即属于此类 BioProject 记录，编号为 255765。关于样本采集的具体地点、时间、实验条件、建库方法或测序策略等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签和标题信息，该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及 B 细胞淋巴瘤、ATM 缺陷、T 细胞缺失以及 NF-kB 依赖性机制的研究方向。由于本站分类为肿瘤 / 淋巴瘤，该数据集也可用于肿瘤生物学领域中与淋巴瘤发生机制相关的探索。用户可以通过 BioProject 记录访问同一项目下链接的多种数据类型。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定分析流程等具体应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录（ID 255765）进行访问。BioProject 记录提供单一入口，用户可由此查找该项目所生成的不同数据类型的链接。关于数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤或具体操作流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开的生物数据集合记录。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，标题中标注“[Gene Expression]”，说明数据维度以基因表达为主。关于数据质量评估指标、样本量、测序深度、覆盖度、批次效应、缺失值情况或验证实验结果等，源站未提供。该数据集的研究对象为小鼠，关于其结论是否可外推至其他物种或人类，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，编号为 255765。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE59576

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA255765

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们的模型移除了作为淋巴瘤发生靶点的T细胞，同时也消除了T细胞依赖性免疫监视。这些小鼠专门发生早发性IgM+ B细胞淋巴瘤，其组织学和遗传学特征类似于人类弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的活化B细胞样（ABC）亚型。本数据集包括将来自ATMKO.CD3eKO的B细胞淋巴瘤（肿瘤）RNA表达水平与来自ATMKO.CD3eKO和ATMWT.CD3eKO非荷瘤小鼠的正常脾脏进行比较。总体设计：从荷瘤脾细胞中建立了十株ATMKO.CD3εKO B细胞淋巴瘤细胞系。为了与正常组织进行比较，使用了来自ATMWT.CD3eKO小鼠的七个脾脏以及来自ATMKO.CD3eKO小鼠的六个非荷瘤脾脏。RNA质量通过Bioanalyzer评估，仅使用RIN高于8的样本。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别