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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA209123：FFPE活检标本数字多重基因表达对成熟侵袭性B细胞淋巴瘤的分子分型 [Affymetrix]

PRJNA209123 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目，编号为 209123，英文全称为 Molecular classification of mature aggressive B cell lymphoma using digital multiplexed gene expression on formalin-fixed paraffin-embedded biopsy specimens [Affymetrix]。该项目以人类（Homo sapiens）为研究对象，主题标签为转录组或基因表达，本站将其归类于肿瘤 / 淋巴瘤方向。项目聚焦于利用数字多重基因表达技术，对经福尔马林固定、石蜡包埋的活检标本中的成熟侵袭性 B 细胞淋巴瘤进行分子分型研究，并涉及 Affymetrix 平台。BioProject 作为单一研究计划相关生物学数据的集合，为用户提供查找该项目所产生各类数据的统一入口。

【数据集背景】

成熟侵袭性 B 细胞淋巴瘤是一类在临床与生物学上均具有异质性的淋巴系统恶性肿瘤，其分子特征的解析对于理解疾病机制和推进分型研究具有重要意义。该项目正是围绕这一主题展开，试图借助基因表达层面的信息对这类肿瘤进行分子分类。项目名称中明确提到使用福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的活检标本，这类标本是临床病理存档中最常见的样本形式，将其用于数字多重基因表达分析，体现了在常规临床样本上开展转录组层面研究的取向。项目同时标注了 Affymetrix 平台，说明其表达数据依托该技术体系产生。BioProject 记录本身并不直接呈现实验细节，而是作为研究计划的汇总入口，串联起由该计划产生的多种数据类型。

【数据内容】

该项目的主题标签为转录组或基因表达，表明其核心数据属于基因表达相关类型。项目全称指出所采用的技术路线为 digital multiplexed gene expression，即数字多重基因表达，并明确样本类型为福尔马林固定石蜡包埋的活检标本。研究对象为人源成熟侵袭性 B 细胞淋巴瘤。除上述信息外，关于具体样本数量、基因数量、表达矩阵规模、分组设计等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该项目来源于 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号 209123，物种标注为 Homo sapiens。BioProject 的定位是汇集与单一研究计划相关的生物学数据，这些数据可能来自单一机构或联合体，并为用户提供查找该计划所产生各类数据的统一位置。就本项目而言，其数据与成熟侵袭性 B 细胞淋巴瘤的分子分型研究相关，涉及 FFPE 活检标本与 Affymetrix 平台。关于样本采集地点、时间、机构、伦理审批等具体来源信息，源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息，该项目可适用于与成熟侵袭性 B 细胞淋巴瘤分子分型相关的研究场景，尤其是关注基因表达层面分类的研究。由于项目明确使用福尔马林固定石蜡包埋活检标本，对于探索如何在临床常规存档样本上开展转录组或基因表达分析的工作具有一定参考价值。项目涉及 Affymetrix 平台与数字多重基因表达技术，因此也可作为相关技术路线在淋巴瘤研究中的应用实例。此外，作为 BioProject 记录，它可作为检索入口，帮助研究者定位该研究计划下产生的多种数据类型。关于具体的分析适用条件与推荐用途，源站未提供。

【使用方法】

该项目作为 BioProject 记录，提供的是查找相关数据的入口，用户可通过该入口获取由这一研究计划产生的各类数据。关于数据的具体下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具与参数设置等操作层面的说明，源站未提供。

【质量与限制】

该项目的物种标注为人源，样本类型为福尔马林固定石蜡包埋的活检标本，技术路线涉及数字多重基因表达与 Affymetrix 平台。关于数据质量评估指标、批次效应、样本量充分性、平台局限性等具体信息，源站未提供。需要注意的是，BioProject 记录本身是对研究计划的汇总性描述，并不等同于对数据质量或结论的验证。

【引用与许可】

该项目来源于 NCBI BioProject，编号 209123，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE48097

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA209123

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

最常见的成熟侵袭性B细胞淋巴瘤是弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）和伯基特淋巴瘤（BL）。患有分子学定义的BL（mBL）但接受针对DLBCL开发的方案治疗的患者，与接受BL化疗方案治疗的mBL患者相比，预后不佳。在具有两种疾病共同特征的淋巴瘤（具有DLBCL和BL特征的无法分类的侵袭性B细胞淋巴瘤[中间型]）中，通过常规组织病理学区分BL与DLBCL具有挑战性。此外，DLBCL是一组异质性淋巴瘤，包含不同的分子亚型：根据基因表达谱（GEP）定义的活化B细胞（ABC）样、生发中心B细胞样（GCB）和无法分类的亚型。尝试用适用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织的技术替代GEP，导致了免疫组织化学染色（IHS）算法的产生。令人失望的是，这些算法在其预后潜力方面产生了相互矛盾的结果，引发了对其有效性的担忧。

此外，IHS算法未能提供完全明确的分类：它们未能识别出mBL，也未能将ABC与未分类的DLBCL区分开来。我们采用数字多重基因表达（DMGE）技术，利用FFPE来源的RNA对侵袭性B细胞淋巴瘤进行分类。我们的检测方法仅包含30个基因（10个用于检测mBL，20个用于检测ABC和GCB）。我们通过重新分析先前研究中报道的微阵列数据来选择这些基因。使用DMGE（nCounter，NanoString Technologies Inc.，美国华盛顿州西雅图）对来自成熟侵袭性B细胞淋巴瘤的39个样本进行了分析，这些样本的RNA来源于FFPE和新鲜冷冻组织。所有病例此前均已被恶性淋巴瘤分子机制（MMML）联盟使用Affymetrix GeneChip技术（分类的金标准）进行了表征。总体设计：将29个弥漫性大B细胞淋巴瘤样本与HGU133A Affymetrix GeneChip进行杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别