IkB样蛋白NFKBIZ调控NF-kB信号并对ABC DLBCL生存至关重要(MLN抑制)

数据围绕 IkB 样蛋白 NFKBIZ 对 NF-kB 信号的调控以及 ABC DLBCL 生存的影响展开,并涉及 MLN 抑制条件

sra
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时间序列分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA203203: IkB-like protein NFKBIZ regulates NF-kB signaling and is critical for survival of ABC DLBCL (MLN inhibition)

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

IkB样蛋白NFKBIZ调控NF-kB信号并对ABC DLBCL生存至关重要(MLN抑制)

该数据集在 NCBI BioProject 数据库中的英文名称为“PRJNA203203: IkB-like protein NFKBIZ regulates NF-kB signaling and is critical for survival of ABC DLBCL (MLN inhibition)”,源站标题为“Homo sapiens (ID 203203) - BioProject - NCBI”,属于肿瘤 / 淋巴瘤分类,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。从名称和主题标签可以看出,该数据集围绕 IkB 样蛋白 NFKBIZ 对 NF-kB 信号的调控作用,以及这种调控对 ABC DLBCL 生存的影响展开,并涉及 MLN 抑制条件。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于转录组或基因表达类数据。整体而言,该数据集为研究 NFKBIZ 在 ABC DLBCL 中的功能机制、NF-kB 信号通路调控以及 MLN 抑制条件下的基因表达变化提供了可参考的数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 PRJNA203203。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议收集生物数据的集合,这些数据可能来自单一组织或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口,用于查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的研究对象为 Homo sapiens,即人类样本,所属分类为肿瘤 / 淋巴瘤。其标题明确指向 IkB 样蛋白 NFKBIZ 对 NF-kB 信号的调控,并强调该调控对 ABC DLBCL 生存具有关键作用,同时涉及 MLN 抑制条件。主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明该数据集主要涉及转录组或基因表达层面的数据。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达相关类型。数据集名称中提及 NFKBIZ、NF-kB 信号、ABC DLBCL 生存以及 MLN 抑制,说明数据可能围绕这些生物学要素展开。然而,关于具体样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵、差异表达结果、统计指标或其他具体数据文件类型,源站未提供。因此,无法进一步描述该数据集所包含的具体数据字段、数据规模或数据组织形式。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Homo sapiens (ID 203203) - BioProject - NCBI”。其项目编号为 PRJNA203203,属于 NCBI BioProject 数据库中的记录。BioProject 作为生物数据的集合,通常汇集与单一研究计划相关的多种数据类型,并来自单一组织或联合体。关于该数据集的具体采集方法、实验设计、样本处理流程、测序策略、伦理审批信息或具体提交机构,源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签和标题信息,其适用场景可能包括:转录组或基因表达相关研究,尤其是围绕 NFKBIZ 对 NF-kB 信号调控的机制探索;ABC DLBCL 生存相关研究;以及 MLN 抑制条件下的基因表达分析。该数据集可用于了解 NFKBIZ 在 ABC DLBCL 中的作用,或作为相关信号通路研究的参考数据。然而,关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发、生物标志物筛选或其他具体应用,源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问,项目编号为 PRJNA203203。用户可通过 BioProject 记录查找与该研究计划相关的多种数据类型链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或使用步骤,源站未提供。因此,无法进一步说明如何具体操作或处理该数据集。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开数据库记录。关于数据质量评估、数据完整性、样本量、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、技术偏差或其他质量控制指标,源站未提供。此外,该数据集的具体研究结论、统计显著性、生物学验证结果或局限性说明,源站未提供。因此,无法对该数据集的质量与限制进行进一步评价。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策或版权信息,源站未提供。用户如需引用或使用该数据集,应参考 NCBI BioProject 数据库的相关规定以及该项目的原始提交信息。由于源站未提供具体引用格式或许可细节,无法在此进一步说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA203203

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

核因子-κB(NF-κB)通路的组成性激活是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)活化B细胞样(ABC)亚型的标志。已发现导致该致癌通路组成性活化的NF-κB调控因子的反复突变。然而,特定靶基因如何被调控仍不清楚。我们发现,与GCB DLBCL原发患者样本相比,结合NF-κB亚基并增强某些NF-κB靶基因反式激活同时抑制其他靶基因的IκB样蛋白NFKBIZ在ABC中表达上调(p=5.1 x 10^-37)。通过RNA干扰敲低NFKBIZ对ABC DLBCL细胞系具有毒性,但对GCB DLBCL细胞系无毒性。NFKBIZ敲低后的基因表达谱分析显示大量NF-κB靶基因显著下调,表明其在调控NF-κB信号传导中发挥核心作用。为进一步探究NFKBIZ在ABC DLBCL中介导NF-κB信号传导的分子机制,我们进行了免疫沉淀实验,检测到NFKBIZ与p50和p52 NF-κB亚基均存在相互作用,表明经典和非经典NF-κB通路均受NFKBIZ调控。

总体而言,我们的数据表明NFKBIZ是ABC DLBCL中NF-kB信号传导所必需的,因此可能成为未来治疗的一个有前景的分子靶点。完整数据集包含三项实验,均使用雄性HBL-1 ABC DLBCL细胞系:a) 通过shRNA抑制NFKBIZ后的8对GEP测量,b) 应用MLN抑制剂后的6对GEP测量,c) 应用MALT抑制剂后的4次双色测量。总体设计:该数据集包括应用MLN抑制剂后的6对GEP测量。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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