乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤异质性T细胞疾病研究

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1443217),聚焦乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤(BIA-ALCL),将其描述为一种异质性 T 细胞疾病,涉及活跃的促肿瘤交互对话与免疫抑制

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1443217: Breast implant associated anaplastic large cell lymphoma is a heterogeneous T cell disease with active pro-tumour cross-talk and immune suppression

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤异质性T细胞疾病研究

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1443217),英文名称为“Breast implant associated anaplastic large cell lymphoma is a heterogeneous T cell disease with active pro-tumour cross-talk and immune suppression”。其聚焦乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤(BIA-ALCL),将这一疾病描述为一种异质性 T 细胞疾病,涉及活跃的促肿瘤交互对话与免疫抑制。数据集在分类上归属肿瘤 / 淋巴瘤方向,主题标签为转录组或基因表达。作为 BioProject 体系中的一项记录,它汇集了与单一研究计划相关的生物学数据,便于用户从一个入口定位到该项目所产生的多种数据类型。整体而言,该数据集为研究 BIA-ALCL 的分子特征、肿瘤微环境交互及免疫抑制机制提供了转录组层面的资源线索。

【数据集背景】

乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤(BIA-ALCL)是一种与乳腺植入物相关的间变性大细胞淋巴瘤。该数据集所对应的研究将其界定为一种异质性 T 细胞疾病,而非单一均质的疾病实体。研究描述中强调其涉及活跃的促肿瘤交互对话与免疫抑制,提示该疾病在肿瘤细胞与周围免疫环境之间存在复杂的相互作用。数据集以 BioProject 形式组织,属于 NCBI 的生物学数据项目记录,旨在将同一研究计划下产生的不同数据类型集中关联,方便研究者检索与使用。其主题标签指向转录组或基因表达,说明该项目产生的数据主要围绕基因表达层面展开,可用于探索该疾病在转录水平上的异质性表现及免疫相关特征。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。源站描述指出,BioProject 记录本身是一个集合,用于汇集与单一研究计划相关的生物学数据,并提供统一入口以链接该项目生成的不同数据类型。因此,该数据集的内容并非单一文件,而是围绕 BIA-ALCL 这一研究主题所组织的转录组或基因表达相关数据集合。关于具体的样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵、差异表达结果或任何具体指标,源站未提供。该数据集的核心主题围绕 BIA-ALCL 作为异质性 T 细胞疾病、促肿瘤交互对话以及免疫抑制等特征展开,但具体数据文件构成与内容细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 体系,项目 ID 为 1443217。源站描述说明,BioProject 来源于单一组织或联盟发起的单一研究计划,记录本身提供用户一个统一位置,以查找该项目所产生的不同数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者数量或具体实验流程,源站未提供。该数据集在 NCBI BioProject 中的标题以“Breast implant associated anaplastic large cell ly...”开头,完整英文名称已在前文给出。其分类归属为肿瘤 / 淋巴瘤,主题标签为转录组或基因表达。除上述来源与组织方式信息外,关于具体采集与来源的更多细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与乳腺植入物相关间变性大细胞淋巴瘤(BIA-ALCL)相关的转录组或基因表达研究。鉴于其被描述为一种异质性 T 细胞疾病,并涉及活跃的促肿瘤交互对话与免疫抑制,该数据集可用于探索该疾病在基因表达层面的异质性、肿瘤与免疫环境之间的交互作用,以及免疫抑制相关机制等研究方向。同时,作为 BioProject 记录,它也可用于定位同一研究计划下产生的多种数据类型,帮助研究者获取该项目关联的数据资源。关于该数据集是否适用于临床诊断、预后判断、药物靶点筛选或特定实验验证等具体应用,源站未提供。任何超出转录组或基因表达范畴的具体用途,源站未提供。

【使用方法】

该数据集通过 NCBI BioProject 提供访问,项目 ID 为 1443217,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。用户可通过 BioProject 记录查找与该项目关联的不同数据类型。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一位置,以查找为该项目生成的各种数据类型。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具、参数设置或代码示例,源站未提供。关于如何对转录组或基因表达数据进行预处理、归一化、差异分析或可视化,源站未提供。用户需依据 NCBI BioProject 的通用访问方式自行检索该项目所链接的数据资源,但具体操作细节不在本数据集描述范围内。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 记录,其描述本身说明 BioProject 是相关生物学数据的集合,来源于单一组织或联盟的单一研究计划。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应、样本量、统计功效或验证实验结果,源站未提供。该数据集的主题标签为转录组或基因表达,但关于具体数据是否经过质量控制、是否存在缺失值或技术偏差,源站未提供。此外,该数据集将 BIA-ALCL 描述为异质性 T 细胞疾病,并涉及促肿瘤交互对话与免疫抑制,但关于这些特征的具体分子证据、验证程度或普适性,源站未提供。使用者在解释和推广相关结论时,应结合源站记录及原始研究进行判断。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目 ID 为 1443217,英文名称为“PRJNA1443217: Breast implant associated anaplastic large cell lymphoma is a heterogeneous T cell disease with active pro-tumour cross-talk and immune suppression”。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款、数据共享政策或版权归属,源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 的通用引用与许可要求,并依据源站记录获取正式引用信息。关于是否需要获得额外授权或遵循特定数据使用协议,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1443217

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乳房植入物相关间变性大细胞淋巴瘤(BIA-ALCL)是一种发生于有纹理植入物女性中的罕见T细胞淋巴瘤。关于其起源细胞(COO)以及肿瘤免疫微环境(TIME)是否对BIA-ALCL的生存至关重要,目前所知甚少。单细胞RNA测序显示,BIA-ALCL细胞具有异质性,每位患者具有独特的基因谱及特征性基因BATF3、SERPINS、TNFSFR8和IL2RA。其起源细胞为CD4+或CD8+记忆T细胞,通过重排的TCR和基因表达得以鉴定。BIA-ALCL的肿瘤免疫微环境包含不同的髓系细胞簇、树突状细胞(DCs)和单核细胞,这些细胞可能支持淋巴瘤细胞。BIA-ALCL血清肿中细胞因子IL-13、IL-10、TNF及分泌型PDL1升高,提示存在免疫抑制性肿瘤免疫微环境。相互作用组分析揭示了淋巴瘤细胞之间复杂的网络,以IL-13、IL-10和TNF成员为主导。内源性CD8+ T细胞的检查点表达高于良性血清肿。BIA-ALCL与内源性T细胞之间不存在克隆关系。组织原型和基因表达分析显示,侵袭性疾病中存在T细胞排斥和免疫抑制性肿瘤免疫微环境。

总之,BIA-ALCL细胞具有多样性,并与其他CD4+ T细胞淋巴瘤不同。肿瘤免疫微环境向活化/耗竭的T细胞提供免疫抑制信号,并提供促进BIA-ALCL增殖的稳态信号。这些新发现可能为晚期疾病患者提供新的治疗靶点。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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