基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA123261：JSC1细胞中hsa-miR-221过表达及B细胞系miRNA靶标鉴定

该数据集为 NCBI BioProject 收录的人类转录组研究项目，编号 123261，英文名称为“Over-expression of hsa-miR-221 in JSC1 cells and identification of miRNA targets expressed in a panel of B-cell lines”。项目围绕在 JSC1 细胞中过表达 hsa-miR-221，并在一组 B 细胞系中鉴定 miRNA 靶标展开，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站将其归类于肿瘤 / 淋巴瘤方向。BioProject 作为生物数据的集合记录，用于汇集由单一机构或联盟发起的同一研究计划下产生的多种数据类型，并为用户提供统一入口以查找该项目所关联的各类数据。因此，该数据集适合作为研究 miRNA 过表达与 B 细胞系基因表达关系的入口资源。

【数据集背景】

该项目来源于 NCBI BioProject 数据库，源站标题为“Homo sapiens (ID 123261) - BioProject - NCBI”。BioProject 的定位是围绕单一研究计划汇集生物数据，这些数据来自单一组织或联盟，记录本身提供统一位置以链接项目所产生的不同数据类型。该项目的核心研究行为是在 JSC1 细胞中过表达 hsa-miR-221，并在多个 B 细胞系中鉴定 miRNA 靶标。主题标签表明其属于转录组或基因表达范畴，本站分类将其归入肿瘤 / 淋巴瘤方向。关于该研究的具体实验动机、涉及的疾病背景细节，源站未提供。

【数据内容】

该数据集涉及的数据类型为转录组或基因表达相关数据，研究内容包括 hsa-miR-221 在 JSC1 细胞中的过表达，以及在一组 B 细胞系中鉴定 miRNA 靶标。项目名称本身表明研究对象包括 JSC1 细胞和一组 B 细胞系。除主题标签“Transcriptome or Gene expression”外，源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小或靶标基因列表等细节。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库，项目编号为 123261。BioProject 记录由单一组织或联盟发起，用于汇集同一研究计划下产生的多种数据类型。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、实验操作流程等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关研究场景，尤其是围绕 miRNA 过表达及其靶标鉴定方向的分析。由于项目涉及在 JSC1 细胞中过表达 hsa-miR-221，并在一组 B 细胞系中鉴定 miRNA 靶标，其潜在用途包括探索 miRNA 调控网络、比较不同 B 细胞系中的基因表达变化，以及作为肿瘤 / 淋巴瘤相关转录组研究的参考入口。具体适用的分析类型和方法，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 123261）访问该项目，并利用 BioProject 提供的统一入口查找该项目关联的多种数据类型。关于数据下载方式、文件组织格式、分析流程或软件工具建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库收录的项目记录。关于数据质量评估指标、样本纳入排除标准、技术重复情况、批次效应处理以及数据完整性程度，源站未提供。使用时应以源站记录为准，并注意项目描述中未覆盖的细节无法从现有信息中确认。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号 123261。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18438

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA123261

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鉴定JSC1细胞中hsa-miR-221过表达时基因表达的变化。2) 鉴定在一组B细胞系中表达的人类miRNA靶标。伽马疱疹病毒和宿主细胞微小RNA（miRNA）共同调节正常和恶性细胞中的基因表达。利用微小RNA微阵列，我们测定了一系列B细胞肿瘤中成熟病毒和宿主细胞miRNA的表达，这些肿瘤包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）感染的原发性渗出性淋巴瘤（PEL）和爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）感染的伯基特淋巴瘤（BL）细胞系。我们发现，35种宿主miRNA在所有B细胞淋巴瘤中组成型表达，且疱疹病毒阳性肿瘤类型之间病毒miRNA表达存在差异。此外，我们发现在PEL中，miR-221和miR-222的表达缺陷是由于转录本表达缺失而非miRNA编码位点突变所致。miR-221和miR-222的缺失导致已知靶基因p27（CDKN1B）表达增强，而在PEL中重新引入miR-221可降低p27蛋白表达。总体设计：数据集分为两部分。
6个JSC1样本：2个含miR-221慢病毒载体，2个不含，2个含K5短发夹RNA作为对照。2) 一组14个B细胞系样本。这20个样本均用Cy5标记，并与Cy3标记的Stratagene参考RNA一起运行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别