PRJNA1228615：皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究揭示进展与治疗耐药中的单细胞克隆演化
该数据集为 NCBI BioProject 收录的皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究项目，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，属于肿瘤/淋巴瘤范畴
基本信息
资源简介
PRJNA1228615：皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究揭示进展与治疗耐药中的单细胞克隆演化
PRJNA1228615 是 NCBI BioProject 收录的一项关于皮肤T细胞淋巴瘤的多组学研究项目，全称为“Multiomic Study of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Single Cell Clonal Evolution in Progression and Therapy Resistance”。该项目聚焦于皮肤T细胞淋巴瘤在疾病进展与治疗耐药过程中的单细胞克隆演化，属于肿瘤/淋巴瘤研究范畴，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。作为 BioProject 体系下的一项记录，它汇集了与这一研究计划相关的多种类型生物学数据，为研究者提供了一个统一的入口来查找和访问该项目所产生的数据资源。整体而言，该数据集适合关注皮肤T细胞淋巴瘤分子机制、单细胞组学以及转录组或基因表达研究的用户参考使用。
【数据集背景】
皮肤T细胞淋巴瘤是一类发生于皮肤的T细胞来源恶性肿瘤，其疾病进展与治疗耐药机制是临床与基础研究关注的重点。该 BioProject 所对应的研究以多组学手段切入，旨在揭示皮肤T细胞淋巴瘤在进展和治疗耐药过程中发生的单细胞克隆演化。项目名称本身即点明了这一研究目标，即通过多组学与单细胞层面的分析，理解肿瘤克隆在疾病演进与治疗压力下的变化。该数据集所属分类为肿瘤/淋巴瘤，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达密切相关。BioProject 作为 NCBI 的一项资源，其设计目的是将源自单一机构或联合体的、与某一研究计划相关的生物学数据汇集在一起，使用户能够通过一条记录找到该项目产生的多种数据类型。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其涉及转录组或基因表达方面的数据。作为一项多组学研究，其名称中提及“Multiomic”与“Single Cell”，指向多组学与单细胞层面的研究内容。关于具体的数据类型、样本数量、组学层次、文件格式与数据规模，源站未提供。该 BioProject 记录本身的作用是提供访问该项目所生成各类数据的链接入口，而非直接展示全部数据细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录通常源自单一组织或联合体发起的研究计划，并作为查找相关数据的统一入口。关于该项目的具体样本采集方式、采集地点、时间跨度、伦理审批信息以及具体的提交机构，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学、淋巴瘤特别是皮肤T细胞淋巴瘤相关的研究场景，也可用于关注单细胞克隆演化、疾病进展机制与治疗耐药机制的研究。由于其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，该数据可用于转录组或基因表达相关的分析工作。此外，对于需要查找某一研究计划所关联的多种数据类型的研究者，BioProject 记录可作为统一的数据检索入口。关于更具体的适用分析流程或研究设计，源站未提供。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该项目，并借助记录中提供的链接查找该项目生成的各类数据。BioProject 的设计目的即在于为用户提供一个单一位置，以便发现与某一计划相关的多种数据类型。关于该数据集的具体下载方式、数据处理步骤、分析工具与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的研究项目记录，其数据质量与完整性取决于项目提交方。关于该数据集的具体质量评估指标、数据验证情况、覆盖度、批次效应以及已知的技术限制，源站未提供。用户在使用时应结合项目原始说明与相关数据文件自行判断。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录及相关数据页面所附的引用与使用说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1228615
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）因其显著的异质性、治疗耐药性及持续进展性，仍然是一种充满挑战的疾病。多组学技术为观察疾病进展和治疗反应提供了独特而精准的视角。本文综合呈现了CTCL克隆演化的多组学全景，涵盖了来自35名CTCL患者的114份临床注释连续的皮肤、外周血和淋巴结样本的外显子组、全基因组、表观基因组、批量及单细胞（sc）VDJ和scRNA测序数据。我们利用这一庞大的数据集，在单细胞分辨率上定义了每位患者CTCL进展的分子基础，旨在识别具有临床实用价值的生物标志物和治疗靶点。研究揭示了大量与进展相关的复发性克隆基因组改变；我们特别强调了恶性T细胞采取的逃逸策略，包括CCR4突变、PI3K信号通路及PD-1检查点通路的异常。
我们还发现了STAT3的功能获得性突变（D661Y），并通过CUT&RUN-seq证明该突变增强了对Rho GTPase通路基因转录起始位点的结合，而我们此前报道过这些基因在HDACi耐药CTCL中具有活化的染色质和增加的表达。这些数据进一步支持了此前未被认识的Rho GTPase通路失调在CTCL进展中的作用。大量与进展相关的突变发生在染色质甲基化修饰因子中，包括EZH2，提示抑制EZH1/2也可能使CTCL患者获益。对这些分子变化的了解应被用于改进疾病监测、基于生物标志物的临床试验设计，以及针对这种具有挑战性且无法治愈的癌症的新治疗策略。总体设计：对皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）样本进行了批量及单细胞（sc）RNA测序，包括CTCL的皮肤和淋巴结活检、外周血单
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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