PRJNA1226939：皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究揭示进展与治疗耐药中的单细胞克隆演化 [bulk RNA-seq]
该数据集为 NCBI BioProject 收录的皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究项目，聚焦进展与治疗耐药过程中的单细胞克隆演化，包含 bulk RNA-seq 数据
![PRJNA1226939: Multiomic Study of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Single Cell Clonal Evolution in Progression and Therapy Resistance [bulk RNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/121994.jpg)
基本信息
资源简介
PRJNA1226939：皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究揭示进展与治疗耐药中的单细胞克隆演化 [bulk RNA-seq]
该数据集为 NCBI BioProject 收录的皮肤T细胞淋巴瘤多组学研究项目，聚焦进展与治疗耐药过程中的单细胞克隆演化，包含 bulk RNA-seq 数据。项目全称为“Multiomic Study of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Single Cell Clonal Evolution in Progression and Therapy Resistance”，以 bulk RNA-seq 作为其数据组成之一。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 淋巴瘤方向，主题标签为转录组或基因表达。其来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。整体而言，该数据集面向皮肤T细胞淋巴瘤在疾病进展与治疗耐药背景下的多组学与转录组研究，为相关领域研究者提供可检索、可链接的数据入口。
【数据集背景】
皮肤T细胞淋巴瘤是一类涉及皮肤的原发性T细胞淋巴瘤。该数据集所对应的研究项目以多组学方式开展，旨在探讨该疾病在进展以及治疗耐药过程中发生的单细胞克隆演化。项目名称明确将“多组学研究”“单细胞克隆演化”“进展与治疗耐药”作为核心关注点，说明其研究目标并非局限于单一层面的基因表达描述，而是试图在克隆演化与治疗耐药的框架下理解疾病进程。该数据集作为该项目的一部分，以 bulk RNA-seq 的形式提供转录组层面的数据内容，与项目整体的多组学定位相衔接。
【数据内容】
该数据集包含 bulk RNA-seq 数据，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。作为 BioProject 记录的一部分，该数据集提供的是与单一研究计划相关的生物数据集合，用户可通过该记录找到该项目所生成的不同数据类型之间的链接。就本数据集而言，其明确的组成是 bulk RNA-seq，属于转录组层面的数据形式。源站未提供样本数量、测序平台、读长、数据量、基因表达矩阵的具体格式等细节。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 BioProject - NCBI。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一组织或联盟发起的生物数据集合，其记录为用户提供一个统一的位置，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的英文名称中包含 PRJNA1226939 这一项目标识，并标注了 [bulk RNA-seq]，用以指明该记录对应的数据层面。源站未提供具体样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者来源与临床特征等细节。
【适用场景】
该数据集适用于与皮肤T细胞淋巴瘤相关的转录组研究场景，尤其是围绕疾病进展、治疗耐药以及克隆演化等主题的分析工作。由于主题标签为转录组或基因表达，其 bulk RNA-seq 数据可用于基因表达层面的探索。同时，该数据集隶属于一个多组学研究项目，因此也可作为该项目多组学数据整合与跨数据类型关联分析的组成部分。对于希望借助 BioProject 记录定位同一研究计划下多种数据类型的用户，该数据集提供了相应的入口。源站未提供具体的分析流程、推荐工具或验证性应用案例。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录访问该数据集，并借助该记录查找同一项目所生成的不同数据类型之间的链接。该数据集以 bulk RNA-seq 形式提供，使用者可根据转录组或基因表达分析的一般流程对其进行处理。由于该记录属于 BioProject 体系，用户可将其作为项目层面的索引，进一步定位与之关联的其他数据。源站未提供具体的下载方式、文件格式说明、数据处理步骤或代码示例。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 收录的记录，其描述强调该项目为围绕单一研究计划、由单一组织或联盟发起的生物数据集合，并提供查找多种数据类型的统一入口。就本数据集而言，其明确限定的数据层面为 bulk RNA-seq，主题为转录组或基因表达。源站未提供数据质量评估指标、质控结果、批次效应信息、样本排除标准或数据完整性说明。此外，源站未提供样本量、测序深度、覆盖度等可用于判断数据规模与质量的具体参数。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站未提供具体的引用格式、文献出处、数据使用许可条款或授权范围。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 记录所附带的引用与许可信息。源站未提供与之相关的发表论文、项目负责人或数据提交者信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1226939
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）因其显著的异质性、治疗耐药性及持续进展性，仍然是一种充满挑战的疾病。多组学技术为观察疾病进展和治疗反应提供了独特而精准的视角。本文综合呈现了CTCL克隆演化的多组学全景，涵盖了来自35名CTCL患者的114份临床注释连续的皮肤、外周血和淋巴结样本的外显子组、全基因组、表观基因组、批量及单细胞（sc）VDJ和scRNA测序数据。我们利用这一庞大的数据集，在单细胞分辨率上定义了每位患者CTCL进展的分子基础，旨在识别具有临床实用价值的生物标志物和治疗靶点。研究揭示了大量与进展相关的复发性克隆基因组改变；我们特别强调了恶性T细胞采取的逃逸策略，包括CCR4突变、PI3K信号通路及PD-1检查点通路的异常。
我们还发现了STAT3的功能获得性突变（D661Y），并通过CUT&RUN-seq证明该突变增强了对Rho GTPase通路基因转录起始位点的结合，我们此前报道这些基因在HDACi耐药CTCL中具有活化的染色质和增加的表达。这些数据进一步支持了此前未被认识的Rho GTPase通路失调在CTCL进展中的作用。大量与进展相关的突变发生在染色质甲基化修饰因子中，包括EZH2，提示抑制EZH1/2也可能使CTCL患者获益。对这些分子变化的了解应被用于改进疾病监测、基于生物标志物的临床试验设计，以及针对这种具有挑战性且无法治愈的癌症的新治疗策略。总体设计：对皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）样本进行了批量和单细胞（sc）RNA测序，包括CTCL的皮肤和淋巴结活检、外周血单
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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