通过基因表达谱和染色质免疫共沉淀鉴定 ALK+ 间变性大细胞淋巴瘤中的 C/EBPβ 靶基因
该数据集来自 plos.figshare.com，聚焦 ALK+ 间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）中转录因子 C/EBPβ 的下游靶基因鉴定
基本信息
资源简介
通过基因表达谱和染色质免疫共沉淀鉴定 ALK+ 间变性大细胞淋巴瘤中的 C/EBPβ 靶基因
Identification of C/EBPβ Target Genes in ALK+ Anaplastic Large Cell Lymphoma (ALCL) by Gene Expression Profiling and Chromatin Immunoprecipitation
该数据集来自 plos.figshare.com，聚焦 ALK+ 间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）中转录因子 C/EBPβ 的下游靶基因鉴定。研究在 ALK+ ALCL 细胞系中用 C/EBPβ-shRNA 敲低 C/EBPβ，随后进行基因表达谱分析，获得可重复的 C/EBPβ 调控基因特征，并发现免疫应答、凋亡和细胞增殖相关基因显著富集。染色质免疫共沉淀验证了 11 个候选基因中的 6 个受 C/EBPβ 转录调控。数据包含 3 个文件，可用于研究 ALK 介导的肿瘤发生机制及淋巴瘤分子生物学（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Identification of C/EBPβ Target Genes in ALK+ Anaplastic Large Cell Lymphoma (ALCL) by Gene Expression Profiling and Chromatin Immunoprecipitation》发表于 PLoS ONE（2013），DOI：10.1371/journal.pone.0064544。源站首次发布：2013-05-31。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：C/EBPβ（CCAAT 增强子结合蛋白）是一种转录因子，在 ALK+ 间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）的存活和转化中起关键作用。本研究的目的是鉴定负责 ALK 介导的肿瘤发生的 C/EBPβ 下游靶点。用 C/EBPβ-shRNA 在 ALK+ ALCL 细胞系中敲低 C/EBPβ，随后进行基因表达谱分析（GEP）。GEP 分析揭示了一个可重复的、受 C/EBPβ 显著调控的基因特征。按生物学类别分类显示，参与免疫应答、凋亡和细胞增殖的基因过度代表。通过染色质免疫共沉淀检测的 11 个基因中有 6 个（BCL2A1、G0S2、TRIB1、S100A9、DDX21 和 DDIT4）发现受 C/EBPβ 转录调控。我们证明 BCL2A1、G0S2 和 DDX21 在 A 的存活和增殖中起关键作用
【数据结构与技术规格】
文件数 3 个，合计 1.26 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0064544。
【主题与分类】
源站学科分类：Medicine、Biological Sciences。主题标签：Molecular cell biology、gene expression、DNA transcription、chromatin、Nucleic acids、rna、RNA interference、Cell death、Cell growth、hematology。本站分类：肿瘤/淋巴瘤。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Medicine、Biological Sciences。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Identification_of_C_EBP_946_Target_Genes_in_ALK_Anaplastic_Large_Cell_Lymphoma_ALCL_by_Gene_Expression_Profiling_and_Chromatin_Immunoprecipitation_/709782
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Bonzheim, Irina; Irmler, Martin; Klier-Richter, Margit; Steinhilber, Julia; Anastasov, Nataša; Schäfer, Sabine; et al. (2016). Identification of C/EBPβ Target Genes in ALK+ Anaplastic Large Cell Lymphoma (ALCL) by Gene Expression Profiling and Chromatin Immunoprecipitation. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-30，引用时请注意版本时效。
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Identification of C/EBPβ Target Genes in ALK+ Anaplastic Large Cell Lymphoma (ALCL) by Gene Expression Profiling and Chromatin Immunoprecipitation
- DOI：10.1371/journal.pone.0064544
- 发布日期：2013-05-31
- 文件数：3 个
- 文件总体积：1.26 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Identification_of_C_EBP_946_Target_Genes_in_ALK_Anaplastic_Large_Cell_Lymphoma_ALCL_by_Gene_Expression_Profiling_and_Chromatin_Immunoprecipitation_/709782
命令行下载
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文件清单
Figure_S1.tif（419.82 KB）Figure_S2.tif（563.13 KB）File_S1.doc（276.99 KB）
文件总体积 1.26 MB（源站 API 实测）。
数据说明
C/EBPβ（CCAAT增强子结合蛋白）是一种转录因子，在ALK+间变性大细胞淋巴瘤（ALCL）的生存和转化中起着至关重要的作用。本研究的目的是确定负责ALK介导的肿瘤发生的C/EBPβ下游靶点。使用C/EBPβ-shRNA在ALK+ ALCL细胞系中敲低C/EBPβ，随后进行基因表达谱分析（GEP）。GEP分析揭示了一个可重复的基因特征，这些基因受C/EBPβ显著调控。按生物学类别分类显示，参与免疫反应、凋亡和细胞增殖的基因过度表达。通过染色质免疫沉淀研究的11个基因中，有6个（BCL2A1、G0S2、TRIB1、S100A9、DDX21和DDIT4）发现受C/EBPβ转录调控。我们证明BCL2A1、G0S2和DDX21在ALK+ ALCL细胞的生存和增殖中起着至关重要的作用。DDX21，一个参与rRNA生物发生的基因，被发现在原发性ALK+ ALCL病例中差异性过度表达。所有三个候选基因均通过免疫组织化学或RT-qPCR在原发性ALCL病例中得到验证。
总之，我们鉴定并验证了几个关键的C/EBPβ调控基因，它们对ALK+ ALCL的生存和细胞生长具有重大影响，这支持了C/EBPβ在ALK介导的肿瘤发生中的核心作用。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0064544（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Identification_of_C_EBP_946_Target_Genes_in_ALK_Anaplastic_Large_Cell_Lymphoma_ALCL_by_Gene_Expression_Profiling_and_Chromatin_Immunoprecipitation_/709782）。
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