加拿大Michael Smith基因组科学中心滤泡性淋巴瘤基因组数据
由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生的作图、拷贝数分析、序列和基因表达数据。数据将提供给24名滤泡性淋巴瘤患者。所有数据将在保护参与者隐私和保护机密及专有数据的同时,尽可能广泛和免费地提供

基本信息
资源简介
加拿大Michael Smith基因组科学中心滤泡性淋巴瘤基因组数据
该数据集全称为 Follicular Lymphoma Genome Data at Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre (BCGSC),来源于 bcgsc.ca,在数据集分类中归属于肿瘤 / 淋巴瘤方向。它汇集了高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目所产生的作图、拷贝数分析、序列和基因表达数据,覆盖 24 名滤泡性淋巴瘤患者。项目方表示,所有数据将在保护参与者隐私、保护机密及专有数据的前提下,尽可能广泛和免费地提供,并会陆续提交至公共基因组数据源,相关外部数据源的地址也会在网站上随数据可用情况一并列出。对于关注淋巴瘤基因组学的研究者而言,这一数据集提供了从作图、拷贝数到序列与表达多个层面的资料入口。
【数据集背景】
该数据集来自加拿大 Michael Smith 基因组科学中心(BCGSC),其核心内容是“高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目”所生成的数据。滤泡性淋巴瘤属于淋巴瘤的一种,本数据集在分类上被归入肿瘤 / 淋巴瘤类别。项目的定位是对滤泡性淋巴瘤基因组进行高分辨率分析,因此数据覆盖了作图、拷贝数分析、序列和基因表达等多个分析层面,而不是单一类型的检测结果。项目方强调数据共享的广泛性与免费性,同时明确要在共享过程中保护参与者隐私以及机密和专有数据,这一取向构成了该数据集对外发布的基本背景。
【数据内容】
依据源站描述,该数据集包含四类内容:作图(mapping)数据、拷贝数分析数据、序列数据和基因表达数据。这些数据由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生,涉及的患者数量为 24 名,均为滤泡性淋巴瘤患者。数据内容围绕基因组层面的多个维度展开,既有序列层面的信息,也有拷贝数变化和基因表达层面的信息,并配有作图相关的结果。除上述四类数据及 24 名患者的规模外,源站未提供更细化的数据字段、文件格式或样本分层说明。
【采集与来源】
数据来源于 bcgsc.ca,即加拿大 Michael Smith 基因组科学中心。数据由该中心的高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目生成,项目对象为 24 名滤泡性淋巴瘤患者。项目方计划将数据提交至公共基因组数据源,并会在网站上列出这些外部数据源,随着数据在这些外部来源中变得可用而更新。关于样本采集流程、伦理审批细节、测序平台或具体的提交时间表,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于滤泡性淋巴瘤的基因组学研究,涵盖作图、拷贝数分析、序列分析和基因表达分析等方向。由于数据同时涉及多个分析层面,适合用于需要综合考察基因组结构与表达信息的研究场景。数据集面向广泛和免费的数据获取需求,也可作为公共基因组数据源相关工作的补充材料。关于具体的适用分析类型、可支持的科研课题或验证用途,源站未提供进一步说明。
【使用方法】
项目方表示,所有数据将在保护参与者隐私和保护机密及专有数据的同时,尽可能广泛和免费地提供;数据还将提交至公共基因组数据源,相关来源会随数据可用情况在网站上列出。因此,使用者可通过该网站了解数据在外部公共数据源中的可用情况。关于具体的下载方式、访问申请流程、数据格式说明或使用协议条款,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集覆盖 24 名滤泡性淋巴瘤患者,数据由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生。项目方在共享数据时明确兼顾参与者隐私保护与机密、专有数据的保护,这可能对数据的开放范围与形式构成约束。关于数据质量评估、完整性、批次信息、更新频率或已知偏差,源站未提供。
【引用与许可】
项目方说明数据将尽可能广泛和免费地提供,并提交至公共基因组数据源,外部数据源会列于网站。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据再分发规定,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://bcgsc.ca/data/hra-follicular-lymphoma
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
<< >>!!!>>> 由滤泡性淋巴瘤基因组高分辨率分析项目产生的定位、拷贝数分析、序列和基因表达数据。这些数据将提供给24名滤泡性淋巴瘤患者。所有数据将在尽可能广泛和自由地提供的同时,保护参与者的隐私,并保护机密和专有数据。该项目的数据将提交给公共基因组数据源。随着数据在这些外部数据源中变得可用,这些数据源将在本网站上列出。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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