加拿大Michael Smith基因组科学中心滤泡性淋巴瘤基因组数据

由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生的作图、拷贝数分析、序列和基因表达数据。数据将提供给24名滤泡性淋巴瘤患者。所有数据将在保护参与者隐私和保护机密及专有数据的同时,尽可能广泛和免费地提供

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基因组分类滤泡性淋巴瘤基因组数据拷贝数分析基因表达肿瘤淋巴瘤
Follicular Lymphoma Genome Data at Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre (BCGSC)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

加拿大Michael Smith基因组科学中心滤泡性淋巴瘤基因组数据

该数据集全称为 Follicular Lymphoma Genome Data at Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre (BCGSC),来源于 bcgsc.ca,在数据集分类中归属于肿瘤 / 淋巴瘤方向。它汇集了高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目所产生的作图、拷贝数分析、序列和基因表达数据,覆盖 24 名滤泡性淋巴瘤患者。项目方表示,所有数据将在保护参与者隐私、保护机密及专有数据的前提下,尽可能广泛和免费地提供,并会陆续提交至公共基因组数据源,相关外部数据源的地址也会在网站上随数据可用情况一并列出。对于关注淋巴瘤基因组学的研究者而言,这一数据集提供了从作图、拷贝数到序列与表达多个层面的资料入口。

【数据集背景】

该数据集来自加拿大 Michael Smith 基因组科学中心(BCGSC),其核心内容是“高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目”所生成的数据。滤泡性淋巴瘤属于淋巴瘤的一种,本数据集在分类上被归入肿瘤 / 淋巴瘤类别。项目的定位是对滤泡性淋巴瘤基因组进行高分辨率分析,因此数据覆盖了作图、拷贝数分析、序列和基因表达等多个分析层面,而不是单一类型的检测结果。项目方强调数据共享的广泛性与免费性,同时明确要在共享过程中保护参与者隐私以及机密和专有数据,这一取向构成了该数据集对外发布的基本背景。

【数据内容】

依据源站描述,该数据集包含四类内容:作图(mapping)数据、拷贝数分析数据、序列数据和基因表达数据。这些数据由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生,涉及的患者数量为 24 名,均为滤泡性淋巴瘤患者。数据内容围绕基因组层面的多个维度展开,既有序列层面的信息,也有拷贝数变化和基因表达层面的信息,并配有作图相关的结果。除上述四类数据及 24 名患者的规模外,源站未提供更细化的数据字段、文件格式或样本分层说明。

【采集与来源】

数据来源于 bcgsc.ca,即加拿大 Michael Smith 基因组科学中心。数据由该中心的高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目生成,项目对象为 24 名滤泡性淋巴瘤患者。项目方计划将数据提交至公共基因组数据源,并会在网站上列出这些外部数据源,随着数据在这些外部来源中变得可用而更新。关于样本采集流程、伦理审批细节、测序平台或具体的提交时间表,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于滤泡性淋巴瘤的基因组学研究,涵盖作图、拷贝数分析、序列分析和基因表达分析等方向。由于数据同时涉及多个分析层面,适合用于需要综合考察基因组结构与表达信息的研究场景。数据集面向广泛和免费的数据获取需求,也可作为公共基因组数据源相关工作的补充材料。关于具体的适用分析类型、可支持的科研课题或验证用途,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

项目方表示,所有数据将在保护参与者隐私和保护机密及专有数据的同时,尽可能广泛和免费地提供;数据还将提交至公共基因组数据源,相关来源会随数据可用情况在网站上列出。因此,使用者可通过该网站了解数据在外部公共数据源中的可用情况。关于具体的下载方式、访问申请流程、数据格式说明或使用协议条款,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集覆盖 24 名滤泡性淋巴瘤患者,数据由高分辨率滤泡性淋巴瘤基因组分析项目产生。项目方在共享数据时明确兼顾参与者隐私保护与机密、专有数据的保护,这可能对数据的开放范围与形式构成约束。关于数据质量评估、完整性、批次信息、更新频率或已知偏差,源站未提供。

【引用与许可】

项目方说明数据将尽可能广泛和免费地提供,并提交至公共基因组数据源,外部数据源会列于网站。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据再分发规定,源站未提供。

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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://bcgsc.ca/data/hra-follicular-lymphoma

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

<< >>!!!>>> 由滤泡性淋巴瘤基因组高分辨率分析项目产生的定位、拷贝数分析、序列和基因表达数据。这些数据将提供给24名滤泡性淋巴瘤患者。所有数据将在尽可能广泛和自由地提供的同时,保护参与者的隐私,并保护机密和专有数据。该项目的数据将提交给公共基因组数据源。随着数据在这些外部数据源中变得可用,这些数据源将在本网站上列出。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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