祖先重建BCL2家族蛋白的实验演化

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A4e9213d69e7c87c52ca5fc43bd2f1a70318b06713deb693ef63eb04563f0109a

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

偶然性、偶然事件与必然性在进化中的作用尚未得到解决，因为它们从未在单一系统中或在与历史进化相关的时间尺度上进行过评估。我们将祖先蛋白重建与一种新的连续进化技术相结合，对B细胞淋巴瘤-2家族蛋白进行突变和选择，以获得在动物进化过程中出现的蛋白质-蛋白质相互作用特异性。通过重现来自多个祖先蛋白的进化轨迹，我们发现，在漫长的历史时间尺度上产生的偶然事件稳步消除了必然性，并压倒了偶然性，成为获得性序列变异的主要成因；从系统发育上相距较远的蛋白质出发的轨迹几乎没有产生共同的突变，即使在强大且相同的选择压力下也是如此。偶然性的出现是因为在许多时间点上，多组突变都可以改变特异性；偶然事件的出现是因为历史性替换改变了这些突变组。我们的结果表明，pat……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。