UHN Tsao实验室肺癌PDX药物反应数据集（XevaSet）

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.22757395

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 15.7 MB。

数据说明

本数据集提供了来自肺癌患者来源异种移植（PDX）模型的整理过的药物反应数据，由Tsao Lab（University Health Network, Toronto）生成，部分数据最初报道于Weiss et al. (2022)的《优化患者来源肿瘤异种移植中的药物反应研究设计》(https://doi.org/10.1177/11769351221136056)。这些数据已使用可重复的Snakemake整理流程（源代码：https://github.com/BHKLAB-DataProcessing/Xevacurate_Snakemake_UHN_Lung）处理为标准化的XevaSet对象（R/Bioconductor Xeva包）。该流程扫描并验证原始药物筛选记录，统一模型/药物标识符，计算肿瘤生长反应统计量（TGI、mRECIST、线性混合效应模型），并将每个PDX药物实验与匹配的分子谱（RNA-seq、体细胞突变、拷贝数）关联。内容：UHN_Tsao_Lung_DrugResponse_2022_v1.rds——完整的XevaSet对象，可直接在R中使用readRDS()和Xeva包加载，用于下游分析（modelInfo()、getExperiment()、summarizeResponse()、plotPDX()等）。

UHN_Lung_Xeva_csv.zip —— 用于生成 XevaSet 文件 UHN_Tsao_Lung_DrugResponse_2022_v1.rds 的 csv 文件。UHN_lung_xeva_qc.html —— UHN Tsao Lab 肺癌 PDX XevaSet 的质控报告。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。