PRJNA591014：新鲜与冷冻人类肿瘤的单细胞与单核 RNA-Seq 工具箱
PRJNA591014 是 NCBI BioProject 收录的肿瘤转录组数据集，主题为新鲜与冷冻人类肿瘤的单细胞和单核 RNA-Seq 工具箱，本站归类为肿瘤/肺癌
基本信息
资源简介
PRJNA591014：新鲜与冷冻人类肿瘤的单细胞与单核 RNA-Seq 工具箱
PRJNA591014 是 NCBI BioProject 收录的一个肿瘤转录组数据集，其英文全称为“A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors”。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，聚焦于转录组与基因表达层面的研究。从标题可以看出，它围绕新鲜与冷冻人类肿瘤样本的单细胞和单核 RNA 测序方法展开，旨在为相关研究提供一套可用的技术工具箱。本站将该数据集归类为肿瘤 / 肺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集属于肿瘤单细胞转录组研究领域的一项资源型项目，适合关注肿瘤微环境、细胞异质性以及样本处理方法的科研人员参考使用。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联合体，并为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。PRJNA591014 正是这样一个 BioProject 记录，其研究主题为新鲜与冷冻人类肿瘤的单细胞和单核 RNA 测序工具箱。该主题表明，项目关注的核心问题之一是如何在不同样本保存状态下开展单细胞与单核水平的转录组测序，从而为肿瘤研究提供方法学支撑。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，说明该数据集在应用方向上与肿瘤尤其是肺癌研究存在关联。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据内容主要涉及转录组和基因表达信息。从英文名称来看，数据围绕单细胞 RNA-Seq 和单核 RNA-Seq 两种技术路线展开，并同时涵盖新鲜人类肿瘤与冷冻人类肿瘤样本。单细胞 RNA-Seq 通常用于在单个细胞水平上解析基因表达差异，而单核 RNA-Seq 则侧重于从细胞核层面获取转录信息，二者结合有助于应对不同样本条件带来的技术挑战。该 BioProject 作为数据集合记录，旨在汇集与该项目相关的多种数据类型。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、数据文件格式或具体分析结果的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。其 BioProject 编号为 PRJNA591014，源站标题显示为“A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox f... (ID 591014) - BioProject - NCBI”。根据源站描述，BioProject 记录本身并不直接等同于某一类原始数据文件，而是提供一个集中位置，用于链接该项目所生成的不同数据类型。该项目的发起方、所属机构或联合体信息，以及样本采集地点、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
基于其主题，该数据集适用于肿瘤转录组研究相关场景，尤其是涉及新鲜与冷冻人类肿瘤样本的单细胞和单核 RNA 测序分析。研究人员可能将其用于方法学参考、数据再利用或与其他肿瘤转录组数据进行比较研究。由于本站将其归类为肿瘤 / 肺癌，该数据集也可能对肺癌方向的单细胞研究具有参考价值。此外，主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明其适用于基因表达分析、细胞类型鉴定、细胞异质性探索等通用转录组研究用途。具体适用场景的详细说明，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录形式发布，用户可通过 NCBI 的 BioProject 平台访问该记录，并借助记录中提供的链接查找与该项目相关的不同类型数据。按照源站描述，BioProject 的设计目的正是为用户提供一个单一入口，以便发现该项目所生成的各种数据。因此，使用该数据集时，通常需要先访问其 BioProject 页面，再根据页面指引跳转至相应的数据资源。关于具体的数据下载方式、分析流程、软件工具或操作步骤，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物数据项目记录。其主题标签和标题信息明确，但关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、批次效应、样本纳入排除标准等具体质量指标，源站未提供。此外，该数据集是否包含原始测序数据、处理后表达矩阵或仅提供项目索引信息，源站未提供。用户在使用时应注意，BioProject 记录本身是项目层面的集合，具体数据质量需结合其链接的原始数据资源进行判断。由于缺乏详细的质量控制信息，无法对该数据集的数据质量做出进一步评价。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，用户在使用时应遵循 NCBI 的相关使用条款和政策。关于该数据集的具体引用方式、文献出处、许可协议或数据使用限制，源站未提供。建议用户在正式引用或再利用前，访问其 BioProject 页面以获取最新的引用和许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA591014
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
单细胞基因组学对于描绘肿瘤生态系统至关重要。单细胞RNA测序（scRNA-Seq）可分析新鲜肿瘤解离细胞中的RNA，而单核RNA测序（snRNA-Seq）则用于分析冷冻或难以解离的肿瘤。每种方法都需要针对不同组织和肿瘤类型进行定制，这构成了 adoption 的障碍。在此，我们开发了一个系统性工具箱，分别使用scRNA-Seq和snRNA-Seq对新鲜和冷冻临床肿瘤样本进行分析。我们分析了来自39个样本的212，498个细胞和细胞核，这些样本跨越23个标本，涵盖八种具有不同组织和样本特征的肿瘤类型。我们通过细胞和细胞核质量、回收率以及细胞组成来评估协议。来自匹配样本的scRNA-Seq和snRNA-Seq恢复了相同的细胞类型，但比例不同。我们的工作为广泛肿瘤的研究提供了指导，包括从工具箱中测试和选择其他肿瘤方法的标准，从而为绘制肿瘤图谱铺平了道路。总体设计：我们开发了一个系统性工具箱，分别使用单细胞（sc）和单核（sn）RNA测序对新鲜和冷冻肿瘤进行处理（图1a）。
该工具箱包含我们的实验工作流程与方法、计算流程以及评估指标。为了在肿瘤和样本类型之间实现泛化，我们测试了八种具有不同组织特征的肿瘤类型（图1b），包括对来自同一肿瘤标本的配对新鲜和冷冻制剂的比较。我们测试了不同的组织和样本特征，包括切除、活检、腹水以及原位患者来源异种移植。我们纳入了来自非小细胞肺癌（NSCLC）、转移性乳腺癌（MBC）、卵巢癌、神经母细胞瘤、胶质母细胞瘤（GBM）、儿童高级别胶质瘤、慢性淋巴细胞白血病（CLL）、儿童肉瘤和黑色素瘤的样本（图1b）。总共，我们分析了来自22名患者的23个肿瘤中的212,498个细胞和细胞核，跨越3
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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