EGFR突变非小细胞肺癌中经角蛋白17阳性异常基底样耐药耐受持留细胞群实现的多谱系耐药演化[OR2和OR7]

该数据集来自ncbi.nlm.nih.gov,属于肿瘤/肺癌分类,主题为转录组或基因表达。研究利用单细胞RNA测序,在未处理及osimertinib耐药的细胞系模型中量化KRT17+与KRT17-细胞的数量,用于拓展关于KRT17+耐药耐受持续细胞的发现

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1540758: Multi-lineage evolution of drug resistance via a keratin 17+ aberrant basaloid drug tolerant persister population in EGFR-mutant NSCLC [OR2 and OR7]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

EGFR突变非小细胞肺癌中经角蛋白17阳性异常基底样耐药耐受持留细胞群实现的多谱系耐药演化[OR2和OR7]

PRJNA1540758 数据集聚焦于 EGFR 突变非小细胞肺癌(NSCLC)中耐药性的多谱系演化问题,核心关注 KRT17+ 异常基底样(aberrant basaloid)药物耐受持续细胞群体。该研究借助单细胞 RNA 测序技术,在未处理与 osimertinib 耐药的细胞系模型中量化 KRT17+ 与 KRT17- 细胞的数量,用以拓展关于 KRT17+ 药物耐受持续细胞的既有发现。数据集归属于肿瘤/肺癌分类,主题标签为转录组或基因表达,来源为 ncbi.nlm.nih.gov,名称中标注了 OR2 与 OR7 两个子项,提示数据可能按样本或实验条件分组组织。整体而言,该数据集为研究 EGFR 突变肺癌在靶向治疗压力下如何通过特定细胞亚群维持存活并逐步演化出耐药表型提供了单细胞层面的转录组观察基础。

【数据集背景】

EGFR 突变非小细胞肺癌患者在接受 osimertinib 等 EGFR 靶向治疗过程中,耐药性的出现是制约长期疗效的关键问题。近年研究提示,耐药并非单一机制或单一细胞谱系的孤立事件,而可能涉及多谱系演化以及药物耐受持续细胞(drug tolerant persister)群体的参与。KRT17+ 异常基底样细胞被描述为与这一过程相关的细胞群体。该数据集正是围绕这一背景建立,旨在通过单细胞 RNA 测序在细胞系模型中刻画 KRT17+ 与 KRT17- 细胞在未处理状态和 osimertinib 耐药状态下的数量分布,从而为理解 KRT17+ 药物耐受持续细胞在耐药演化中的作用提供数据支撑。

【数据内容】

数据集的主题标签为转录组或基因表达,说明其核心数据类型为基因表达层面的测量结果,具体以单细胞 RNA 测序产生。源站描述明确指出,研究量化了未处理与 osimertinib 耐药细胞系模型中 KRT17+ 和 KRT17- 细胞的数量。因此,数据内容至少涵盖两类细胞系状态(未处理、osimertinib 耐药)下两类细胞群体(KRT17+、KRT17-)的计数信息,并伴随单细胞转录组表达谱。数据集名称中的 OR2 与 OR7 标识可能对应不同的样本、实验批次或分析对象,但源站未提供其具体含义与划分方式的进一步说明。关于测序平台、细胞系具体名称、样本重复数、基因数量、细胞总数等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 体系下的公共数据资源。源站描述表明研究采用单细胞 RNA 测序技术,对象为细胞系模型,包括未处理与 osimertinib 耐药两种状态。数据集的英文名称以 PRJNA 编号开头,符合 NCBI 生物项目(BioProject)的标识形式。除上述信息外,样本采集时间、细胞培养条件、测序文库构建方法、测序深度等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与 EGFR 突变非小细胞肺癌耐药机制相关的转录组研究,尤其是关注药物耐受持续细胞与细胞谱系可塑性的分析场景。具体可用于:比较未处理与 osimertinib 耐药细胞系模型中 KRT17+ 与 KRT17- 细胞群体的数量变化;在单细胞层面考察 KRT17+ 异常基底样细胞群体的基因表达特征;为围绕 KRT17+ 药物耐受持续细胞的假设提供数据层面的验证或探索基础;也可作为肺癌单细胞转录组方法学比较或细胞状态注释研究的参考数据。由于数据基于细胞系模型,其结论向临床肿瘤样本的外推需谨慎。

【使用方法】

使用者可通过 ncbi.nlm.nih.gov 获取该数据集对应的项目信息与数据文件。典型使用流程包括:依据项目编号定位数据集,下载单细胞 RNA 测序数据及相关的样本元数据;按照未处理与 osimertinib 耐药两种状态以及 KRT17+ 与 KRT17- 细胞分类进行分组;开展表达谱质控、归一化、降维聚类与细胞类型注释;在此基础上复现或扩展 KRT17+ 与 KRT17- 细胞数量的量化分析。由于源站未提供具体的分析流程、软件版本与参数设置,使用时应结合数据实际格式自行确定处理方案。

【质量与限制】

该数据集基于细胞系模型,而非患者来源的肿瘤组织,因此其反映的耐药演化过程是在体外条件下观察到的,向体内复杂微环境的推广存在局限。源站描述仅说明量化了 KRT17+ 与 KRT17- 细胞数量,未提供细胞计数、重复数、测序质量指标或统计效力方面的信息,无法据此评估数据的技术质量与结论稳健性。此外,数据集名称中的 OR2 与 OR7 标识含义、样本组织方式以及是否存在其他子项,源站未提供说明。使用者在解释结果时应考虑单细胞测序固有的技术噪声与细胞状态注释的主观性。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,使用时应遵循该来源网站的相关数据使用与引用规范。关于本数据集的具体引用文献、作者列表、发表刊物以及数据许可条款,源站未提供,使用者需在获取数据时自行查阅项目页面所附的引用信息与使用条件。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1540758

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中,我们利用单细胞RNA测序技术,量化了未经处理及奥希替尼耐药细胞系模型中存在的KRT17+和KRT17-细胞数量。这些数据被用来拓展我们关于KRT17+耐药持留细胞的研究发现。

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