小细胞肺癌肿瘤 RNA-seq 数据集

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1524036),主题为小细胞肺癌肿瘤的 RNA-seq,属于转录组或基因表达范畴

sra
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基因组回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1524036: RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors.

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

小细胞肺癌肿瘤 RNA-seq 数据集

该数据集为 NCBI BioProject 收录的小细胞肺癌肿瘤 RNA-seq 项目,编号 1524036,英文名称为 PRJNA1524036: RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明数据聚焦于转录组或基因表达层面。整体而言,该资源面向肿瘤 / 肺癌方向,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,可供研究者了解小细胞肺癌肿瘤样本的 RNA 测序数据组织方式与获取入口。BioProject 作为生物数据的集合记录,将同一项目下多种类型的数据链接汇聚于一处,便于用户从单一入口查找相关数据。该数据集的核心价值在于为小细胞肺癌的转录组研究提供公开可检索的项目级索引。

【数据集背景】

BioProject 是围绕单一研究计划或由单一机构、联盟发起的生物数据集合。一个 BioProject 记录为用户提供单一位置,用于查找该项目所产生的多种数据类型链接。该数据集即属于此类项目记录,编号为 1524036,主题为小细胞肺癌肿瘤的 RNA-seq。小细胞肺癌是肺癌的一种亚型,针对其肿瘤组织开展 RNA 测序,有助于在转录组层面观察基因表达情况。该项目的主题标签明确指向 Transcriptome or Gene expression,说明其数据性质属于转录组或基因表达范畴,而非基因组、蛋白组或其他类型。源站描述仅对 BioProject 这一记录类型作通用说明,未提供该项目的具体研究假设、样本数量或实验设计细节。

【数据内容】

该数据集的主题为小细胞肺癌肿瘤的 RNA-seq,属于转录组或基因表达范畴。RNA-seq 即 RNA 测序,通常用于检测样本中的转录本丰度与基因表达水平。该 BioProject 记录作为数据集合,提供指向该项目所产生数据类型的链接入口。源站未提供具体的样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或差异表达结果等细节。主题标签为 Transcriptome or Gene expression,进一步确认其数据内容围绕转录组或基因表达展开。由于 BioProject 记录本身是项目级索引,具体数据文件需通过其提供的链接访问,源站未提供该项目的详细数据构成说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心。其英文名称为 PRJNA1524036: RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors.,源站标题为 RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors. (ID 1524036) - BioProject - NCBI。本站分类为肿瘤 / 肺癌。源站描述说明 BioProject 是来自单一机构或联盟、与单一研究计划相关的生物数据集合,并为用户提供查找该项目多种数据类型链接的单一位置。源站未提供该项目的具体采集地点、采集时间、样本来源机构或伦理审批信息。

【适用场景】

该数据集适用于需要查找小细胞肺癌肿瘤 RNA-seq 项目入口的研究场景。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression,其潜在用途包括转录组或基因表达相关研究的检索与数据定位。研究者可借助该 BioProject 记录,从单一入口获取该项目所产生数据类型的链接,进而开展下游分析或数据整合。该数据集属于肿瘤 / 肺癌分类,也可用于肺癌相关转录组研究的项目发现与资源汇总。源站未提供该数据集在特定分析流程、疾病分型或临床转化中的具体适用说明。

【使用方法】

用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问该 BioProject 记录,编号为 1524036。BioProject 记录提供单一位置,用于查找该项目所产生的多种数据类型链接。用户可依据该记录中的链接进一步获取 RNA-seq 相关数据。源站未提供该数据集的具体下载方式、文件格式、数据处理步骤或分析工具建议。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 项目级记录,其描述侧重于项目索引与数据链接汇聚,而非具体数据质量指标。源站未提供该项目的样本质量、测序深度、数据完整性或批次效应等信息。由于源站描述仅对 BioProject 作通用说明,未涉及该项目的具体实验设计与质控细节,因此无法据此评估其数据质量。使用时应以该记录所提供的链接指向的实际数据为准。源站未提供该数据集在样本量、覆盖度或技术偏差方面的限制说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,英文名称为 PRJNA1524036: RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors.,源站标题为 RNA-seq of Small Cell Lung Cancer tumors. (ID 1524036) - BioProject - NCBI。源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制说明。用户在使用该数据集时,应参考来源站的相关政策与该项目记录中的指引。源站未提供具体的授权协议或数据共享声明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1524036

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

We collected 48 small cell ung cancer patient samples and processed them for bulk rnaseq expression.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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