肺癌肿瘤RNA-seq数据集

数据来源于肺癌肿瘤样本的转录组测序,可用于分析肺癌相关基因表达特征、筛选差异表达基因及探索肿瘤分子分型。BioProject记录汇集了该项目产生的多种数据类型链接,便于用户集中获取与肺癌转录组相关的原始数据与元数据,适用于肿瘤转录组学研究和肺癌生物标志物挖掘(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1524035: RNA-seq of  Lung Cancer tumors.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

肺癌肿瘤RNA-seq数据集

PRJNA1524035 是一个聚焦于肺癌肿瘤样本的 RNA-seq 数据集,来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为“RNA-seq of Lung Cancer tumors.”,项目编号为 1524035。该数据集归属于肿瘤 / 肺癌分类,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其核心内容围绕转录组或基因表达展开。作为 BioProject 记录,它汇集了与肺癌肿瘤转录组测序相关的多种数据类型链接,为用户提供了一个集中获取原始数据与元数据的入口。整体而言,该数据集适用于肺癌相关基因表达特征分析、差异表达基因筛选以及肿瘤分子分型探索等研究方向,是肿瘤转录组学研究和肺癌生物标志物挖掘的重要资源。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 是一个与单一研究计划相关的生物数据集合,这些数据源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供了一个单一位置,用于查找该项目所产生的多种数据类型链接。本数据集对应的项目为肺癌肿瘤的 RNA-seq,项目编号为 1524035,英文标题为“RNA-seq of Lung Cancer tumors.”。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明该项目主要涉及转录组或基因表达层面的数据。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌,明确了其在疾病研究中的定位。

【数据内容】

该数据集的核心内容是肺癌肿瘤样本的 RNA-seq 数据。RNA-seq 即转录组测序,用于检测样本中基因表达水平。根据主题标签“Transcriptome or Gene expression”,可以确认数据涉及转录组或基因表达信息。作为 BioProject 记录,它并不直接存储所有原始数据,而是汇集了该项目产生的多种数据类型链接,便于用户集中获取与肺癌转录组相关的原始数据与元数据。数据内容可用于分析肺癌相关基因表达特征、筛选差异表达基因及探索肿瘤分子分型。关于具体的样本数量、测序平台、读长、覆盖度等详细技术参数,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)。数据来源于肺癌肿瘤样本的转录组测序。BioProject 记录本身由单一组织或联盟发起,作为与单一研究计划相关的生物数据集合。该项目的编号为 1524035,英文名称为“PRJNA1524035: RNA-seq of Lung Cancer tumors.”。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及测序实验的具体操作流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于多种研究场景。首先,可用于分析肺癌相关基因表达特征,通过转录组测序数据了解肿瘤样本中基因的表达模式。其次,可用于筛选差异表达基因,比较肿瘤与正常组织或不同肿瘤亚型之间的基因表达差异。第三,可用于探索肿瘤分子分型,基于基因表达谱对肺癌进行分子层面的分类。此外,该数据集适用于肿瘤转录组学研究和肺癌生物标志物挖掘。BioProject 记录汇集了多种数据类型链接,便于用户集中获取与肺癌转录组相关的原始数据与元数据,从而支持上述研究。关于是否适用于其他特定场景,源站未提供。

【使用方法】

用户可以通过 NCBI 的 BioProject 数据库访问该数据集,项目编号为 1524035。BioProject 记录提供了一个单一位置,用于查找该项目产生的多种数据类型链接。用户可以通过这些链接获取与肺癌转录组相关的原始数据与元数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具建议等,源站未提供。用户需根据 BioProject 记录中的链接自行导航至相应的数据存储库。关于是否需要特定权限或注册,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,属于公开的生物数据集合。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明数据与转录组或基因表达相关。然而,关于数据的具体质量指标,如测序深度、碱基质量值、比对率、重复性等,源站未提供。关于样本量、样本类型、是否包含对照样本等限制信息,源站未提供。此外,该 BioProject 记录本身是数据链接的集合,并不直接保证所有链接数据的完整性和一致性。用户在使用时需自行评估数据质量。关于数据的使用限制或已知偏差,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1524035。关于该数据集的引用方式,源站未提供具体的引用格式或要求。关于数据的使用许可,源站未提供明确的许可条款。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI 及 BioProject 数据库的相关政策,并遵循源站可能提供的任何使用条款。由于源站未提供具体的引用与许可信息,建议用户直接访问 NCBI 的 BioProject 记录页面以获取最新和详细的信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1524035

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

We collected 18 lung cancer patient samples and processed them for bulk rnaseq expression.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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