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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1492484：MCT2 通过塑造免疫微环境缓解肺肿瘤进展 [bulk RNA]

该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组学项目，英文名称为 PRJNA1492484: Monocarboxylate Transporter 2 (MCT2) Mitigates Lung Tumor Progression by Shaping the Immune Microenvironment [bulk RNA]，源站标题为 Monocarboxylate Transporter 2 (MCT2) Mitigates Lun... (ID 1492484) - BioProject - NCBI。项目围绕单羧酸转运蛋白 2（MCT2）在肺部肿瘤进展中的作用展开，关注其通过塑造免疫微环境而发挥的缓解效应，数据属于 bulk RNA 层面的基因表达研究。本站将其归类于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体来看，该数据集适合用于肺癌相关基因表达分析、MCT2 功能机制探索以及肿瘤免疫微环境关联研究，为转录组层面的建模与验证提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集生物数据的集合，其来源可以是单个机构，也可以是一个联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种类型数据。本项目聚焦于单羧酸转运蛋白 2（MCT2）与肺部肿瘤进展之间的关系，核心命题是 MCT2 通过塑造免疫微环境来缓解肺部肿瘤进展。研究以 bulk RNA 为数据层次，属于转录组与基因表达范畴，本站分类将其归入肿瘤 / 肺癌方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其内容属于转录组或基因表达类数据。项目名称中标注了 [bulk RNA]，说明数据以 bulk RNA 形式产生。数据覆盖肿瘤与肺癌方向，可用于研究 MCT2 在肺部肿瘤进展中的作用及其与免疫微环境的关联，并支持基因表达层面的分析与建模。除上述信息外，源站未提供更细粒度的样本数量、分组设计、测序平台或表达矩阵等具体内容。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 Monocarboxylate Transporter 2 (MCT2) Mitigates Lun... (ID 1492484) - BioProject - NCBI，项目编号为 1492484。数据由 BioProject 体系收录，该体系汇集与单一研究计划相关的生物数据，并集中呈现该项目所生成的不同数据类型之间的链接。关于具体的采集地点、采集时间、实验操作流程与建库方法，源站未提供。

【适用场景】

依据其主题与分类，该数据集适用于肿瘤与肺癌方向的研究，尤其是围绕 MCT2 在肺部肿瘤进展中作用机制的分析。由于涉及免疫微环境的塑造，可用于探索基因表达与免疫微环境之间的关联。数据层次为 bulk RNA，因而适合基因表达层面的分析与建模工作，例如差异表达分析、表达模式比较以及相关机制假设的生成与检验。关于更具体的应用场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供，用户可通过 BioProject 这一统一入口查找与该项目相关的多种数据类型及其链接。项目主题标签为 Transcriptome or Gene expression，提示使用时应按转录组与基因表达数据的常规方式进行处理与分析。关于具体的下载方式、文件格式、分析流程与软件工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 收录项目，其记录的作用是集中提供项目相关数据的链接入口。项目名称中标注 [bulk RNA]，表明数据为 bulk RNA 层次，而非单细胞分辨率。关于样本量、重复数、测序深度、数据完整性、批次效应以及质控指标等质量相关信息，源站未提供。使用时应注意，本介绍所依据的信息仅限于项目名称、分类、主题标签与来源站描述，未涵盖具体的实验设计与统计结果。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，项目编号为 1492484，英文名称为 PRJNA1492484: Monocarboxylate Transporter 2 (MCT2) Mitigates Lung Tumor Progression by Shaping the Immune Microenvironment [bulk RNA]。关于该数据集的引用格式、作者列表、发表文献以及许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE338086

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1492484

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单羧酸转运蛋白2（MCT2；SLC16A7）是一种高亲和力丙酮酸转运蛋白，与癌症代谢相关。然而，其在肺癌进展和肿瘤微环境中的作用仍不清楚。本研究探讨了MCT2缺失对肿瘤生长及肿瘤微环境内细胞类型特异性转录变化的影响。将MCT2 loxP/loxP小鼠与mCre-Tg小鼠杂交，并通过他莫昔芬诱导MCT2缺失。对照（CO）小鼠接受溶剂处理。皮下注射TC1细胞（100,000个细胞/小鼠），24天后 harvest 肿瘤。使用10x Genomics Chromium平台对分离的肿瘤细胞核（4,000个细胞核/样本；每组n = 3）进行单核RNA测序（snRNA-seq）。数据使用Cell Ranger v3.0.2和Seurat v5.2.1处理，随后进行差异表达和通路富集分析，并与巨噬细胞bulk RNA-seq数据整合。MCT2缺陷肿瘤的生长速度显著快于对照肿瘤，支持MCT2的肿瘤抑制角色。转录组分析从7,840个CO和10,175个KO细胞核中获得了高质量图谱。

聚类分析鉴定出10个细胞群体，包括九种已注释的细胞类型。MCT2缺陷改变了多个细胞群体中涉及糖酵解、三羧酸循环、氧化磷酸化和脂肪酸代谢的通路。巨噬细胞表现出显著的转录变化，包括MAPK、PI3K-Akt、IgSF-CAM和细胞黏附分子信号通路的富集。这些发现得到了巨噬细胞bulk RNA-seq数据的支持。MCT2缺陷增强肿瘤生长并诱导肿瘤微环境的广泛转录重塑。代谢和免疫相关通路的改变，尤其是在巨噬细胞中，可能促进肺癌进展，并代表潜在的治疗靶点。总体设计：对八周龄的MCT2条件性敲除小鼠给予他莫昔芬处理，以生成

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别