PRJNA1492482：MCT2 通过塑造免疫微环境缓解肺部肿瘤进展 [snRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1492482

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数据说明

单羧酸转运蛋白2（MCT2；SLC16A7）是一种高亲和力丙酮酸转运蛋白，与癌症代谢相关。然而，其在肺癌进展和肿瘤微环境中的作用仍不清楚。本研究探讨了MCT2缺失对肿瘤生长及肿瘤微环境内细胞类型特异性转录变化的影响。将MCT2 loxP/loxP小鼠与mCre-Tg小鼠杂交，并通过他莫昔芬诱导MCT2缺失。对照（CO）小鼠接受溶剂处理。皮下注射TC1细胞（100,000个细胞/小鼠），24天后 harvest 肿瘤。使用10x Genomics Chromium平台对分离的肿瘤细胞核（4,000个细胞核/样本；每组n = 3）进行单核RNA测序（snRNA-seq）。数据使用Cell Ranger v3.0.2和Seurat v5.2.1处理，随后进行差异表达和通路富集分析，并与巨噬细胞bulk RNA-seq数据整合。MCT2缺陷肿瘤的生长速度显著快于对照肿瘤，支持MCT2的肿瘤抑制角色。转录组分析从7,840个CO和10,175个KO细胞核中获得了高质量图谱。

聚类分析鉴定出10个细胞群体，包括九种已注释的细胞类型。MCT2缺陷改变了多个细胞群体中涉及糖酵解、三羧酸循环、氧化磷酸化和脂肪酸代谢的通路。巨噬细胞表现出显著的转录变化，包括MAPK、PI3K-Akt、IgSF-CAM和细胞黏附分子信号通路的富集。这些发现得到了巨噬细胞bulk RNA-seq数据的支持。MCT2缺陷促进肿瘤生长并诱导肿瘤微环境的广泛转录重塑。代谢和免疫相关通路的改变，尤其是在巨噬细胞中，可能促进肺癌进展，并代表潜在的治疗靶点。总体设计：对八周龄的MCT2条件性敲除小鼠给予他莫昔芬处理五天

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。