XCR1+与CD11b+迁移性树突状细胞协同促进肿瘤内CD8+ T细胞交叉致敏并形成组织驻留记忆表型 [RNA-Seq]
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1490476),主题为转录组或基因表达,聚焦 XCR1+ 与 CD11b+ 迁移性树突状细胞如何协同促进肿瘤内 CD8+ T 细胞的交叉致敏,并使其获得组织驻留记忆表型
![PRJNA1490476: XCR1+ and CD11b+ migratory dendritic cells cooperate for the crosspriming of intratumoral CD8+ T cells with a tissue-resident memory phenotype [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/70894.jpg)
基本信息
资源简介
XCR1+与CD11b+迁移性树突状细胞协同促进肿瘤内CD8+ T细胞交叉致敏并形成组织驻留记忆表型 [RNA-Seq]
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-Seq 项目(ID 1490476),英文名称为“PRJNA1490476: XCR1+ and CD11b+ migratory dendritic cells cooperate for the crosspriming of intratumoral CD8+ T cells with a tissue-resident memory phenotype [RNA-Seq]”。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,本站分类归入肿瘤 / 肺癌方向。项目聚焦 XCR1+ 与 CD11b+ 两类迁移性树突状细胞如何协同促进肿瘤内 CD8+ T 细胞的交叉致敏,并使其获得组织驻留记忆表型。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 BioProject 体系下的转录组或基因表达数据集合,可供检索和关联该研究计划所产生的多种数据类型。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1490476),源站标题为“XCR1+ and CD11b+ migratory dendritic cells coopera... (ID 1490476) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合,通常来自单一机构或联盟,并为用户提供统一入口,以查找该项目产生的多种数据类型。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。研究关注 XCR1+ 与 CD11b+ 迁移性树突状细胞在肿瘤内 CD8+ T 细胞交叉致敏中的协同作用,以及组织驻留记忆表型的形成。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,属于 RNA-Seq 类数据。其英文名称明确指向 XCR1+ 与 CD11b+ 迁移性树突状细胞协同促进肿瘤内 CD8+ T 细胞交叉致敏并形成组织驻留记忆表型这一研究主题。本站分类将其归入肿瘤 / 肺癌方向。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或具体基因列表等更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录类型为 BioProject,ID 为 1490476。源站描述指出,BioProject 记录提供用户单一入口,以查找为该项目生成的多种数据类型。该 BioProject 来自单一研究计划,可能由单一机构或联盟发起。除来源站与项目标识外,源站未提供具体的采集地点、时间、机构名称或实验流程信息。
【适用场景】
该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景,尤其是围绕肿瘤内 CD8+ T 细胞交叉致敏、迁移性树突状细胞协同作用以及组织驻留记忆表型形成机制的分析。由于本站分类为肿瘤 / 肺癌,也可作为肺癌肿瘤免疫微环境与树突状细胞功能研究的参考数据。具体适用场景的细节,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 NCBI BioProject 形式组织,用户可通过 BioProject ID 1490476 在 ncbi.nlm.nih.gov 上检索,并借助 BioProject 记录提供的统一入口,查找该项目关联的多种数据类型。关于数据下载、预处理、分析流程或软件工具的具体使用方法,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-Seq 项目,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其质量与限制的具体信息,如样本质量、测序深度、批次效应或数据完整性等,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可信息,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1490476
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肿瘤浸润性CD8+ T细胞群体的组成和多样性对抗肿瘤免疫的发展具有重要影响。在肺癌小鼠模型中,我们探讨了树突状细胞亚群在各类肿瘤浸润性CD8+ T细胞生成中的作用。我们发现,CD44+PD1-效应型和PD1+TIM3+耗竭型肿瘤浸润性CD8+ T细胞需要XCR1+ DC1s,但不需要IRF4依赖的CD11b+ DC2s。相比之下,CD103+CD69+ TRM样肿瘤浸润性CD8+ T细胞则需要DC1s和DC2s两者。在肿瘤引流淋巴结中也发现了相同的需求,我们在其中鉴定出依赖XCR1+ DC1s和CD11b+迁移性DC2s两者的CD103+ TRM样前体细胞。在机制上,我们证明两种迁移性树突状细胞协同作用。交叉呈递迁移性DC2s表面低MHCI-肽密度引起的轻度TCR触发以及低IL-12支持淋巴结中TGFb依赖的TRM特化。交叉呈递迁移性DC1s表面高TCR触发和高MHCI-肽密度以及高IL-12支持增殖性扩增和CXCR6获得。
总之,这些发现强调了在肿瘤引流淋巴结内多个DC亚群的共同作用下,肿瘤内TRM样细胞的诱导,将TRM表型指令与增殖扩增相协调。总体设计:在本项目中,我们采用了小鼠肺癌的KP(KRASG12D;p53-/-)模型。简言之,将KP细胞系静脉注射到C57BL/6J小鼠体内,并在注射后第14天评估CD8+ T细胞和树突状细胞群体。生成了两个批量RNA-Seq数据集:- 从3-4只KP荷瘤小鼠的单个肺或淋巴结中FACS分选CD8+ T细胞群体,并进行了批量RNA测序。- 将CTV标记的naïve OT-I细胞与来自KP-OVA荷瘤小鼠肿瘤引流淋巴结的流式细胞术分选的迁移性DC1或迁移性DC2共培养2天。CD103+和
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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