基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

GKB202处理肺癌与胰腺癌患者循环肿瘤细胞的转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组研究项目，编号 1473344，英文标题为“Transcriptomic analysis of GKB202-treated circulating tumor cells isolated from patients with lung cancer and pancreatic cancer”。从标题可知，该项目聚焦于肺癌与胰腺癌患者来源的循环肿瘤细胞，在 GKB202 处理条件下开展转录组层面的分析。数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型为转录组或基因表达相关信息。项目来源为 ncbi.nlm.nih.gov，属于生物医学领域常用的公共数据资源平台。整体而言，该数据集围绕特定药物处理下循环肿瘤细胞的基因表达变化展开，为相关肿瘤研究提供转录组数据支撑。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1473344。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而汇集生物数据的集合，通常由单一机构或联合体发起。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用以查找该项目所产生的多种类型数据及其相关链接。本项目的研究对象为肺癌与胰腺癌患者来源的循环肿瘤细胞，研究条件涉及 GKB202 处理，研究层面为转录组或基因表达分析。本站将其归类于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。

【数据内容】

依据源站标题，该数据集的内容为 GKB202 处理后的循环肿瘤细胞转录组分析，样本来源为肺癌与胰腺癌患者。其主题标签明确指向转录组或基因表达。关于具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小、基因表达矩阵或差异表达结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1473344。项目标题表明其采集对象为肺癌与胰腺癌患者来源的循环肿瘤细胞，并在 GKB202 处理条件下进行转录组分析。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、患者入组标准以及处理与测序的具体流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是围绕肺癌与胰腺癌循环肿瘤细胞在 GKB202 处理下的表达特征分析。潜在用途包括探索药物处理对循环肿瘤细胞基因表达的影响、比较不同癌种来源循环肿瘤细胞的转录组差异等。由于数据集归类于肿瘤 / 肺癌方向，也可为肿瘤学中循环肿瘤细胞相关研究提供参考。关于具体的适用分析类型或已验证的应用案例，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 平台访问，项目编号为 1473344。用户可在 BioProject 记录中查找该项目关联的多种数据类型及其链接。关于数据下载方式、文件组织格式、分析工具推荐或使用步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。其标题与主题标签表明数据与 GKB202 处理下肺癌和胰腺癌患者循环肿瘤细胞的转录组分析相关。关于数据质量评估指标、样本量、批次效应、数据完整性或已知技术限制等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1473344，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE333988

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1473344

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

循环肿瘤细胞（CTCs）与癌症的转移播散和适应性应激反应相关。在本研究中，从肺癌和胰腺癌样本中分离的患者来源CTCs经GKB202处理，以探究治疗相关的转录组变化。GKB202是一种源自牛樟芝的天然化合物。研究采用bulk RNA测序比较未处理/对照与GKB202处理的CTC样本。该数据集提供了原始测序reads和经处理的基因水平表达矩阵，用于评估GKB202对CTC相关转录程序（包括应激反应和癌症相关通路）的影响。总体设计：本研究纳入了来自肺癌和胰腺癌的配对溶剂处理与GKB202处理的患者来源CTC样本。肺癌CTCs来源于两例患者样本（R24082001和R24091001），胰腺癌CTCs来源于三例患者样本（318、414和531）。对于每个配对样本，CTCs经溶剂对照或2 µg/mL GKB202处理3天后进行bulk RNA测序。

该实验设计使得能够对GKB202处理的循环肿瘤细胞与其相应的溶剂处理对照组进行配对转录组学比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别