PRJNA1470491:基于多组学证据的 TPX2 驱动肺癌细胞周期进展并损害免疫细胞通讯

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1470491),主题为基于多组学证据研究 TPX2 在肺癌中驱动细胞周期进展并损害免疫细胞通讯

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1470491: TPX2 drives cell cycle progression and impairs immune cell communication in lung cancer based on multi-omics evidence

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1470491:基于多组学证据的 TPX2 驱动肺癌细胞周期进展并损害免疫细胞通讯

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1470491),英文标题为“TPX2 drives cell cycle progression and impairs immune cell communication in lung cancer based on multi-omics evidence”。从标题与主题标签来看,该项目围绕肺癌展开,以多组学证据为基础,研究 TPX2 在细胞周期进展以及免疫细胞通讯中的作用。数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其涉及转录组或基因表达层面的数据内容。BioProject 作为生物数据的集合记录,旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处,便于用户集中查找与访问。该数据集可用于了解 TPX2 在肺癌中的功能机制研究背景,以及相关多组学数据的组织方式。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录,编号为 1470491。其研究主题聚焦于肺癌,核心科学问题为 TPX2 如何驱动细胞周期进展并损害免疫细胞通讯,且强调基于多组学证据。肺癌是肿瘤研究中的重要领域,而 TPX2 作为研究对象,与细胞周期调控及免疫微环境通讯相关。该 BioProject 记录来源于单一研究计划,旨在为用户提供统一入口,以发现该项目所产生的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 是由单一组织或联盟发起的、与某一项研究计划相关的生物数据集合,记录本身提供链接,指向该项目生成的不同数据类型。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容涉及转录组或基因表达相关信息。数据集英文名中提及“multi-omics evidence”,说明该项目以多组学证据为研究基础。除上述信息外,关于具体样本数量、测序平台、数据文件格式、基因列表、表达矩阵或分析结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其记录 ID 为 1470491。项目由单一组织或联盟发起,属于与单一研究计划相关的生物数据集合。关于样本采集地点、采集时间、实验设计、受试者或模型信息、测序策略等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肺癌相关的转录组或基因表达研究场景,尤其是围绕 TPX2 在细胞周期进展和免疫细胞通讯中作用的多组学分析。研究人员可将其作为 BioProject 记录,用于查找该项目所关联的多种数据类型。关于更具体的适用分析类型、可支持的统计方法或可验证的生物学假设,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1470491)访问该数据集,并借助记录中提供的链接查找该项目生成的不同数据类型。BioProject 记录的设计目的即在于为用户提供单一入口,以便集中发现与某一研究计划相关的多样数据。关于具体的数据下载方式、文件组织格式、分析流程或软件工具要求,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 记录,其描述强调 BioProject 是相关生物数据的集合,并提供指向不同数据类型的链接。关于数据质量评估指标、测序深度、覆盖度、批次效应、样本量、统计效力或验证实验等具体质量信息,源站未提供。使用时应以源站记录及其关联数据页面所载信息为准。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录 ID 为 1470491。关于具体的引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1470491

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非小细胞肺癌(NSCLC)仍然是全球癌症相关死亡的主要原因。尽管在诊断和治疗方面取得了显著进展,其死亡率仍居高不下,令人担忧。TPX2作为一种关键的细胞周期调节蛋白,已被报道在多种恶性肿瘤中异常表达,但其在肺癌中的具体机制作用仍知之甚少。为了阐明TPX2驱动肺癌的机制并确定其下游转录靶点,我们在敲低TPX2的A549细胞中进行了全基因组RNA测序,并与阴性对照组(sh-NC)进行了比较。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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