PRJNA1463226:持续性TOP1切割复合物驱动肺癌对EGFR靶向治疗的适应性耐药

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1463226),主题为持续性 TOP1 切割复合物驱动肺癌对 EGFR 靶向治疗的适应性耐药,分类属于肿瘤/肺癌,主题标签为 Transcriptome or Gene expression

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时间序列预测Transcriptome or Gene expression
PRJNA1463226: Persistent TOP1 cleavage complexes drive adaptive resistance to EGFR-targeted therapies in lung cancer

基本信息

模态
时间序列
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1463226:持续性TOP1切割复合物驱动肺癌对EGFR靶向治疗的适应性耐药

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目,编号 1463226,英文名称为“Persistent TOP1 cleavage complexes drive adaptive resistance to EGFR-targeted therapies in lung cancer”。其研究主题聚焦于持续性 TOP1 切割复合物如何驱动肺癌对 EGFR 靶向治疗产生适应性耐药。按本站分类,该数据集归入肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其数据内容与转录组或基因表达相关。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 BioProject 体系下的生物学数据集合,用户可通过该记录获取与项目相关的多种数据类型链接。整体而言,该数据集围绕肺癌 EGFR 靶向治疗耐药机制这一具体研究方向,提供转录组或基因表达层面的数据资源,适合关注肿瘤耐药机制、肺癌治疗及基因表达变化的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject,项目编号为 1463226。其标题明确指向肺癌对 EGFR 靶向治疗产生适应性耐药的过程,并强调持续性 TOP1 切割复合物在这一过程中的驱动作用。EGFR 靶向治疗是肺癌治疗中的重要方向,而适应性耐药是影响疗效的关键问题。该 BioProject 记录围绕这一具体研究问题组织数据,旨在为相关生物学数据提供统一的查找入口。根据源站描述,BioProject 是围绕单一研究计划或倡议收集的生物学数据集合,可来自单一组织或联盟,并为用户提供链接到该项目所产生的多种数据类型的单一位置。因此,该数据集在背景上属于肺癌耐药机制研究范畴,并以转录组或基因表达为主要数据标签。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明其数据内容涉及转录组或基因表达层面。源站描述指出,BioProject 记录提供用户一个单一位置,以查找为该项目生成的多种数据类型链接。因此,该数据集可能包含与项目相关的多种数据类型的入口,但具体的数据文件类型、样本数量、测序平台、基因列表或表达矩阵等信息,源站未提供。该数据集的核心研究主题为持续性 TOP1 切割复合物驱动肺癌对 EGFR 靶向治疗的适应性耐药,因此其数据内容应围绕这一主题展开,但具体数据组成需以源站记录为准。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 体系。源站描述说明,BioProject 是来自单一组织或联盟、与单一研究计划相关的生物学数据集合。该记录本身不直接提供原始数据文件,而是提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接。关于样本采集地点、采集时间、采集方法、伦理审批信息或具体研究机构等细节,源站未提供。该数据集在本站分类为肿瘤 / 肺癌,主题标签为 Transcriptome or Gene expression,这些分类信息可用于辅助理解其来源背景。

【适用场景】

该数据集适用于与肺癌 EGFR 靶向治疗耐药机制相关的研究场景,尤其是关注持续性 TOP1 切割复合物如何驱动适应性耐药的方向。由于主题标签为 Transcriptome or Gene expression,其数据可用于转录组或基因表达层面的分析,例如探索耐药过程中基因表达变化、筛选潜在标志物或研究相关信号通路。此外,该数据集也可作为 BioProject 记录,用于查找与该项目相关的多种数据类型链接,帮助研究人员定位原始数据或衍生数据。对于肿瘤学、肺癌治疗及耐药机制研究领域的用户,该数据集具有参考价值。但具体适用场景需结合源站提供的实际数据内容判断,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

该数据集为 NCBI BioProject 记录,用户可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 访问项目编号 1463226 对应的页面。根据源站描述,BioProject 记录提供用户一个单一位置,以查找为该项目生成的多种数据类型链接。因此,使用方法上,用户可先通过该记录定位相关数据链接,再根据链接指向的具体数据库或资源进行下载、浏览或分析。由于该数据集主题标签为 Transcriptome or Gene expression,用户可能需要在相关转录组或基因表达数据资源中进一步操作。关于具体的下载格式、分析工具、参数设置或数据处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公共生物学数据资源体系。源站描述表明,BioProject 记录提供链接到多种数据类型,但未对数据质量、完整性、准确性或覆盖范围作出具体说明。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,但具体的样本质量、测序深度、重复数量、统计功效或验证实验等信息,源站未提供。此外,该数据集的研究主题为持续性 TOP1 切割复合物驱动肺癌对 EGFR 靶向治疗的适应性耐药,但关于该结论的具体证据强度、实验模型或临床相关性,源站未提供。因此,使用该数据集时,用户应结合源站记录及原始数据来源自行评估其质量与限制。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject,项目编号为 1463226。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 的通用引用规范及来源站的相关政策。由于源站未提供具体的引用格式或许可声明,建议用户直接访问 ncbi.nlm.nih.gov 上该项目页面,以获取最新的引用与许可信息。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,分类为肿瘤 / 肺癌,相关引用应尊重原始数据贡献者的权益。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1463226

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

靶向癌症治疗的耐药性常源于药物耐受细胞(DTCs),这些细胞通过进入非增殖状态在治疗中存活。随着时间推移,DTCs可获得促进细胞再增殖的突变,但非增殖的DTCs如何积累此类突变仍不清楚。在此,我们展示在EGFR突变的肺癌中,EGFR抑制会短暂下调酪氨酰-DNA磷酸二酯酶1(TDP1),这是一种修复酶,可解决失败拓扑异构酶I切割复合物(TOP1ccs)。在DTCs中,升高的活性氧促进TOP1cc捕获,而TDP1下调则损害其修复,驱动TOP1cc积累、耐药突变获得和细胞再增殖。我们进一步发现,在大约25%的EGFR突变肺癌中,TDP1表达缺失。在TDP1缺陷细胞中,将EGFR抑制与亚致死浓度的拓扑替康(topotecan)联合使用,后者进一步增加TOP1ccs,可消除细胞再增殖。

总之,这些发现表明TOP1cc积累是一种将药物耐受性与驱动适应性耐药的诱变程序联系起来的机制,并揭示了TDP1缺失是EGFR突变肺癌中的一个可靶向弱点。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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