污染校正组织血栓生成框架识别非小细胞肺癌中临床相关CAF-髓系生态位：配对转录组与生存研究
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1458781），主题为转录组或基因表达，属于肿瘤/肺癌分类。研究提出一种污染校正的组织血栓生成框架，用于在非小细胞肺癌中识别具有临床相关性的 CAF-髓系生态位，并采用配对转录组与生存分析相结合的研究设计
基本信息
资源简介
污染校正组织血栓生成框架识别非小细胞肺癌中临床相关CAF-髓系生态位：配对转录组与生存研究
PRJNA1458781 是一个来自 NCBI BioProject 的转录组或基因表达数据集，归属于肿瘤 / 肺癌分类。该数据集围绕非小细胞肺癌展开，研究提出一种污染校正的组织血栓生成框架，用于识别具有临床相关性的 CAF-髓系生态位，并采用配对转录组与生存分析相结合的研究设计。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在汇集由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所产生的多种数据类型，并为用户提供统一的入口以查找该项目生成的不同类型数据。该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，表明其核心数据属于转录组或基因表达范畴，适合关注肺癌微环境、基质细胞与髓系细胞相互作用以及转录组与临床生存关联的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集对应的研究聚焦于非小细胞肺癌。非小细胞肺癌是肺癌的主要类型之一，其肿瘤微环境中的细胞组成与相互作用对疾病进展和临床结局具有重要影响。研究中提出的污染校正的组织血栓生成框架，旨在处理组织样本中可能存在的污染信号，从而更准确地刻画组织水平的血栓生成相关特征。在此基础上，研究进一步识别出具有临床相关性的 CAF-髓系生态位。CAF 通常指癌相关成纤维细胞，髓系细胞则属于免疫细胞的重要类别，二者形成的生态位可能参与肿瘤微环境的调控。该研究采用配对转录组与生存分析相结合的设计，试图将分子表达特征与临床生存信息关联起来。上述内容构成了该数据集所依托的研究背景。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明其数据内容属于转录组或基因表达类型。数据集来自 NCBI BioProject，记录标识为 ID 1458781。研究设计为配对转录组与生存分析相结合，意味着数据可能同时涉及基因表达层面的转录组信息以及与之配对的生存分析相关信息。该数据集所属分类为肿瘤 / 肺癌，研究核心为非小细胞肺癌中污染校正的组织血栓生成框架以及 CAF-髓系生态位的识别。关于具体的样本数量、测序平台、表达矩阵维度、生存指标类型等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录，英文名称为 PRJNA1458781: A contamination-adjusted tissue thrombopoietic framework identifies a clinically relevant CAF-myeloid niche in non-small cell lung cancer: a paired transcriptomic and survival study。源站标题显示为“A contamination-adjusted tissue thrombopoietic fra... (ID 1458781) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录通常由单一组织或联盟发起，用于汇集同一研究计划下产生的多种数据类型，并提供统一入口以链接该项目生成的不同数据。关于该数据集的具体采集地点、采集时间、样本处理流程、测序方法等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与非小细胞肺癌相关的转录组或基因表达研究。其主题标签表明可应用于基因表达分析场景。由于研究采用配对转录组与生存分析相结合的设计，该数据集可能适用于探索基因表达特征与临床生存结局之间关联的研究。研究提出的污染校正的组织血栓生成框架，可能适用于需要处理组织样本污染信号、并关注血栓生成相关特征的分析场景。识别出的 CAF-髓系生态位具有临床相关性，因此该数据集也可能适用于肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞与髓系细胞相互作用的研究。此外，该数据集属于肿瘤 / 肺癌分类，可供肺癌分子机制、生物标志物探索等方向的研究参考。关于具体的适用分析工具或流程，源站未提供。
【使用方法】
该数据集来自 NCBI BioProject，用户可通过 BioProject 记录获取该项目所链接的多种数据类型。BioProject 的设计目的即在于为用户提供一个统一的位置，以查找同一研究计划生成的不同类型数据。因此，使用该数据集时，可先访问 NCBI BioProject 中 ID 为 1458781 的记录，再根据记录中提供的链接定位到具体的转录组或基因表达数据。由于该研究采用配对转录组与生存分析相结合的设计，使用者在分析时可能需要同时考虑表达数据与生存相关信息。关于数据下载方式、文件格式、分析流程、软件参数等具体使用方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。其主题标签为 Transcriptome or Gene expression，所属分类为肿瘤 / 肺癌。研究设计中包含污染校正的组织血栓生成框架，表明研究本身关注并处理了污染问题。然而，关于该数据集的具体质量指标、样本量、数据完整性、批次效应、平台偏差、生存数据的随访完整度等，源站未提供。此外，该数据集仅针对非小细胞肺癌，其结论是否适用于其他癌种或其它类型的肺癌，源站未提供。使用者应结合源站记录中的原始信息自行评估数据质量与适用范围。
【引用与许可】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，记录 ID 为 1458781。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。使用者应直接查阅 NCBI BioProject 对应记录以获取权威的引用与许可说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1458781
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
血小板相关肿瘤生物学常通过循环标志物进行研究，但肺癌中以组织为中心的血小板生成程序难以与血液污染伪影区分。在本研究中，从人非小细胞肺癌肿瘤组织及匹配的癌旁非肿瘤肺组织生成了配对批量RNA-seq图谱。以C开头的样本标识表示肿瘤组织文库，以N开头的标识表示匹配的癌旁非肿瘤组织文库；共享的数字后缀表示患者配对。这些数据被用作经污染校正的巨核细胞生成-血小板肿瘤轴（MPTA）框架的局部发现层。该分析结合了配对差异表达、显式污染感知评分构建、公共单细胞和空间参考分析、外部队列评估以及局部临床病理学和生存评估。所 deposited 的测序数据支持手稿中描述的肿瘤-癌旁转录组比较以及锁定的以组织为中心的MPTA评分构建。
总体设计：对配对的人非小细胞肺癌肿瘤及匹配的癌旁非肿瘤肺组织标本进行了bulk RNA-seq。每个文库对应一个组织样本。肿瘤文库以C为前缀标记，癌旁非肿瘤文库以N为前缀标记，配对的肿瘤-癌旁样本共享相同的数字后缀。本GEO提交批次包括C50/N50及本地清单中可获得的后续样本标识符。该研究设计支持配对肿瘤-癌旁转录组比较、污染感知的MPTA框架构建，以及与公共参考数据集和本地临床结局数据的下游整合。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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