FACS分选转移前肺内皮细胞RNA-seq分析:顺铂与FAK调控的转录程序

该数据集为BioProject(ID 1456142)收录的RNA-seq分析数据,研究对象为经FACS分选的转移前肺内皮细胞,旨在揭示顺铂与FAK调控的转录程序

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时间序列预测Transcriptome or Gene expression
PRJNA1456142: RNA-seq analysis of FACS-sorted pre-metastatic lung endothelial cells reveal transcriptional programs regulated by cisplatin and FAK in the pre-metastatic lung

基本信息

模态
时间序列
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

FACS分选转移前肺内皮细胞RNA-seq分析:顺铂与FAK调控的转录程序

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-seq 分析数据,项目编号为 PRJNA1456142,英文标题为“RNA-seq analysis of FACS-sorted pre-metastatic lung endothelial cells reveal transcriptional programs regulated by cisplatin and FAK in the pre-metastatic lung”。其研究对象是经 FACS 分选的转移前肺内皮细胞,核心目的是通过转录组测序揭示顺铂与 FAK 在转移前肺微环境中调控的转录程序。该数据属于肿瘤/肺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言,它为研究转移前肺内皮细胞在药物与信号通路干预下的基因表达变化提供了公开可检索的数据入口。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject,编号 1456142。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一机构、联合体发起的一组生物学数据的集合,其记录为用户提供一个统一入口,用于查找该项目产生的多种数据类型。该项目的英文标题明确指向“转移前肺内皮细胞”的 RNA-seq 分析,并聚焦于顺铂与 FAK 所调控的转录程序。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其数据性质属于转录组或基因表达层面。源站描述仅对 BioProject 这一记录类型作通用说明,未提供该项目的实验设计、样本数量、测序平台等更细信息。

【数据内容】

依据现有信息,该数据集的内容为 RNA-seq 分析数据,研究对象是经 FACS 分选的转移前肺内皮细胞。其分析目标在于揭示由顺铂和 FAK 调控的转录程序。主题标签“Transcriptome or Gene expression”进一步表明数据与基因表达相关。除上述内容外,关于具体样本数、分组方式、测序深度、原始数据量、表达矩阵或差异基因列表等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,以 BioProject 形式收录,项目编号 PRJNA1456142。源站标题为“RNA-seq analysis of FACS-sorted pre-metastatic lun... (ID 1456142) - BioProject - NCBI”。关于样本采集地点、时间、机构、伦理审批信息以及具体测序平台和建库方法,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肿瘤/肺癌相关的转录组研究场景,尤其是关注转移前肺内皮细胞、顺铂处理以及 FAK 信号调控的研究方向。主题标签“Transcriptome or Gene expression”说明其可用于基因表达层面的分析。由于项目标题明确指向顺铂与 FAK 调控的转录程序,潜在使用场景包括比较不同干预条件下内皮细胞的表达变化、探索转移前微环境相关机制等。但具体适用性需结合完整数据与实验设计判断,源站未提供相关细节。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 入口查找该项目编号 PRJNA1456142,并经由记录中的链接访问该项目产生的多种数据类型。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一入口以查找与该项目相关的不同数据类型。关于具体下载方式、文件格式、分析流程或软件参数,源站未提供。

【质量与限制】

现有信息未包含样本质量、测序质量、数据完整性或批次效应等评价指标。该数据集为 BioProject 收录记录,源站描述仅说明 BioProject 的通用功能,未对该项目的具体数据质量作出说明。关于数据限制、使用注意事项或潜在偏倚,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议或使用条款,源站未提供。用户如需引用或使用,应参考 NCBI BioProject 记录页面及相关数据发布方的要求。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1456142

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了DNA损伤驱动的血管内皮细胞衰老机制,该过程受EC-FAK调控,并其在肺癌转移中的作用。通过对FACS分选的转移前肺内皮细胞进行RNA-seq分析,旨在识别因DNA损伤治疗而在荷瘤和非荷瘤小鼠中由FAK调控的转录组变化(比较顺铂处理样本中Cre阴性ECFAK野生型小鼠与Cre阳性ECFAK敲除小鼠)。

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