基本信息

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基因组

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人癌细胞系转染 miRNA 后的差异表达基因（miR-135a-5p）

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项转录组或基因表达研究，项目编号 1454892，英文标题指向“人癌细胞系转染 miRNA 后的差异表达基因”，具体研究对象为 miR-135a-5p。数据集在本地分类中归入肿瘤/肺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。其核心内容围绕人癌细胞系在转染 miR-135a-5p 之后所产生的差异表达基因展开，属于基因表达调控与肿瘤分子机制研究范畴。BioProject 作为生物数据集合，旨在将同一研究计划下产生的多种数据类型集中关联，便于用户从一个入口获取项目相关数据链接。该数据集因此可作为研究 miR-135a-5p 在人类肿瘤细胞中表达调控作用的转录组层面参考资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1454892。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据集合，其记录为用户提供统一入口，以查找该项目产生的多种数据类型。该项目的标题表明其研究背景为人癌细胞系中转染 miRNA 后的差异表达基因分析，所涉及的 miRNA 为 miR-135a-5p。本地分类将其归入肿瘤/肺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression，说明该项目关注的是转录组层面的基因表达变化，而非基因组变异、蛋白组或代谢组等其他类型。研究背景聚焦于 miRNA 转染对癌细胞基因表达谱的影响，属于肿瘤分子生物学中 miRNA 功能研究的常见方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，核心数据内容为差异表达基因。具体而言，项目标题指出这些差异表达基因是在人癌细胞系转染 miR-135a-5p 之后获得的。因此，数据内容应包含与 miR-135a-5p 转染相关的基因表达谱变化信息，可能涉及处理组与对照组之间的表达差异比较。关于差异表达基因的具体数量、表达倍数变化、显著性阈值、所用细胞系的具体名称、转染实验的具体条件、测序平台或表达检测平台等细节，源站未提供。数据集本身作为 BioProject 记录，主要提供项目层面的链接与描述，而非直接展示完整的表达矩阵或差异基因列表。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体收录于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1454892。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型的链接。因此，该数据集的采集与来源信息应理解为通过 NCBI BioProject 平台进行注册与汇总，原始数据可能关联至其他 NCBI 资源或外部数据库。关于样本采集的具体方法、细胞系来源、转染试剂、实验时间点、重复次数、测序深度或芯片型号等实验细节，源站未提供。该项目的组织来源、提交机构或联盟信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组或基因表达相关的研究场景，尤其是涉及 miRNA 功能与肿瘤细胞基因表达调控的分析。具体适用方向包括：研究 miR-135a-5p 在人癌细胞系中的靶基因预测与验证、差异表达基因的筛选与功能富集分析、miRNA 转染后转录组变化的比较研究，以及肿瘤/肺癌相关分子机制的探索。由于本地分类为肿瘤/肺癌，该数据集也可用于肺癌相关 miRNA 调控网络的构建或验证。此外，该数据集可作为 BioProject 项目入口，帮助用户定位同一项目下的其他数据类型。关于是否适用于临床诊断、预后评估或药物靶点开发等具体应用，源站未提供明确说明。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目编号为 1454892。用户可通过 BioProject 记录查找该项目关联的多种数据类型链接，进而获取差异表达基因相关数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或代码，源站未提供。由于 BioProject 本身是项目汇总记录，实际数据分析可能需要结合项目链接指向的原始数据或衍生数据。关于如何提取差异表达基因列表、如何进行归一化或统计检验，源站未提供。用户应根据自身研究目的，结合 BioProject 提供的链接资源进行后续处理。

【质量与限制】

该数据集作为 BioProject 记录，其质量与限制取决于原始项目的数据提交与审核情况。源站描述仅说明 BioProject 提供多种数据类型的链接，未提供关于数据质量评估、验证状态、重复性、批次效应或技术偏差的具体信息。关于差异表达基因的统计显著性、假发现率控制、生物学重复数量、技术重复数量等质量相关指标，源站未提供。限制方面，该数据集标题仅提及人癌细胞系和 miR-135a-5p，未明确细胞系具体名称、肺癌亚型或转染效率等信息，可能影响结果的普适性判断。此外，BioProject 记录本身不直接包含完整的表达数据，用户需依赖外部链接获取，可能面临数据可及性与完整性的限制。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应参考 NCBI BioProject 的标准引用格式，项目编号为 1454892。关于具体的引用文献、提交者信息或项目关联的出版物，源站未提供。许可方面，源站未提供该数据集的使用许可、分发条件或版权声明。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 的通用使用条款，并注意原始数据可能附带的特定许可要求。由于源站未提供明确的许可信息，建议用户直接访问 NCBI BioProject 页面获取最新引用与许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328389

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1454892

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Gene expression changes induced by miR-135a-5p transfection were analyzed by sequencing in H23 lung cancer cells

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别