补体因子B缺陷经FOS介导的色氨酸代谢与免疫抑制促进肺癌进展

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1439643),主题为补体因子B缺陷通过FOS介导的色氨酸代谢与免疫抑制促进肺癌进展

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1439643: Complement factor B deficiency promotes lung cancer progression via FOS-mediated tryptophan metabolism and immune suppression

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

补体因子B缺陷经FOS介导的色氨酸代谢与免疫抑制促进肺癌进展

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1439643),标题为“Complement factor B deficiency promotes lung cancer progression via FOS-mediated tryptophan metabolism and immune suppression”,中文可译为“补体因子B缺陷通过FOS介导的色氨酸代谢与免疫抑制促进肺癌进展”。从标题可以看出,该数据集围绕补体因子B(Complement factor B)缺陷与肺癌进展之间的关系展开,涉及FOS介导的色氨酸代谢途径以及免疫抑制机制。数据集在分类上归属于肿瘤/肺癌领域,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其数据内容与转录组或基因表达相关。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库,BioProject 记录旨在为用户提供一个集中入口,以查找由某一项目产生的多种数据类型。

【数据集背景】

该数据集的背景聚焦于肺癌进展的分子机制研究。具体而言,其研究主题为补体因子B缺陷如何促进肺癌进展,并提出了FOS介导的色氨酸代谢与免疫抑制作为潜在机制。补体因子B是补体系统的重要组成部分,而补体系统在免疫监视和肿瘤微环境中具有多重作用。该数据集所对应的项目试图从基因表达或转录组层面揭示这一过程的分子变化。根据源站描述,BioProject 是围绕单一研究计划收集的生物数据集合,这些数据来自单一组织或联盟,并为用户提供查找该项目所产生的多种数据类型的统一入口。因此,该数据集可被视为一个围绕特定肺癌研究计划而组织的生物数据项目记录。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明其数据内容属于转录组或基因表达范畴。这意味着该项目可能包含与基因表达相关的数据,例如RNA测序或其他转录组学数据,用于分析补体因子B缺陷条件下肺癌细胞或相关模型中的基因表达变化。然而,关于具体的数据类型、样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵或任何具体的分子指标,源站未提供。因此,无法进一步描述该数据集所包含的详细数据内容。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体记录于 NCBI BioProject 数据库,ID 为 1439643。源站标题显示为“Complement factor B deficiency promotes lung cance... (ID 1439643) - BioProject - NCBI”。根据源站描述,BioProject 记录提供用户一个单一位置,以查找为该项目生成的多种数据类型。该项目的发起组织或联盟信息、采集地点、采集时间、样本来源等具体细节,源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签“Transcriptome or Gene expression”及其研究主题,该数据集可能适用于肺癌相关的基础研究,尤其是涉及补体因子B、FOS介导的色氨酸代谢以及免疫抑制机制的研究场景。它可能用于探索基因表达变化、转录组分析或相关分子通路的验证。然而,由于源站未提供具体的数据类型和分析方法,无法进一步明确其适用的具体分析场景或应用领域。

【使用方法】

关于该数据集的具体使用方法,例如如何下载、如何访问、是否需要特定工具或流程进行分析,源站未提供。用户通常可以通过 NCBI BioProject 数据库的记录页面查找与该 ID 相关的数据链接,但具体操作步骤和访问条件未在给定信息中说明。

【质量与限制】

该数据集的质量信息、数据完整性、样本量、测序深度、重复性等指标,源站未提供。其限制可能包括:仅基于 BioProject 记录,无法直接评估数据质量;具体的数据内容、分析结果和结论均未在源站描述中体现。因此,使用者需自行查阅原始项目以获取更详细的质量评估信息。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或版权信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 记录页面或相关原始出版物以获取准确的引用和许可要求。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1439643

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为探究肺腺癌中CFB缺陷的分子后果,我们对CFB沉默(sh-CFB)和对照(sh-NC)的NCI-H1299细胞进行了RNA测序。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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