PRJNA1438730:熊果酸膳食补充维持癌症恶病质小鼠模型骨骼肌质量与力量的RNA-seq

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1438730),主题为转录组或基因表达,属于肿瘤/肺癌分类。研究关注熊果酸膳食补充对癌症恶病质小鼠模型骨骼肌质量与力量的维持作用,数据由 RNA-seq 产生

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1438730: Dietary supplementation with ursolic acid preserves skeletal muscle mass and strength in mouse models of cancer cachexia [RNA-seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1438730:熊果酸膳食补充维持癌症恶病质小鼠模型骨骼肌质量与力量的RNA-seq

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 RNA-seq 项目,编号 PRJNA1438730,标题为“Dietary supplementation with ursolic acid preserves skeletal muscle mass and strength in mouse models of cancer cachexia [RNA-seq]”。其主题标签为转录组或基因表达,本站分类归入肿瘤/肺癌。研究关注熊果酸膳食补充对癌症恶病质小鼠模型骨骼肌质量与力量的维持作用,数据由 RNA-seq 产生。BioProject 记录用于汇集与单一研究计划相关的多种生物数据,便于用户从一个入口找到该项目产生的不同类型数据。该数据集适合关注癌症恶病质、骨骼肌代谢、熊果酸干预以及转录组表达谱的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 1438730。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据集合,其记录为用户提供统一入口,以查找该项目生成的不同数据类型。该项目的标题表明其研究背景为癌症恶病质小鼠模型,并涉及熊果酸膳食补充对骨骼肌质量与力量的维持作用。本站将其分类为肿瘤/肺癌,主题标签为转录组或基因表达。源站未提供更详细的研究背景信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,数据由 RNA-seq 产生。项目标题中包含“[RNA-seq]”标识,说明其核心数据类型为 RNA 测序。研究关注熊果酸膳食补充在癌症恶病质小鼠模型中维持骨骼肌质量与力量的作用,因此数据内容应与该干预条件下的基因表达谱相关。源站未提供样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或差异基因列表等具体内容。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目编号为 1438730。BioProject 记录本身用于汇集与单一研究计划相关的生物数据,并链接到该项目产生的多种数据类型。源站未提供样本采集地点、采集时间、实验动物品系、干预剂量、测序机构或具体实验流程等信息。

【适用场景】

该数据集适用于癌症恶病质相关研究,尤其是关注骨骼肌质量与力量维持、熊果酸膳食补充干预以及转录组或基因表达分析的研究场景。由于本站分类为肿瘤/肺癌,也可供肺癌相关恶病质机制探索或比较转录组分析参考。源站未提供该数据集在其他具体场景中的适用性说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 编号 1438730 在 NCBI 网站查找该项目记录,并借助 BioProject 提供的统一入口访问其关联的不同数据类型。该数据集主题为转录组或基因表达,数据由 RNA-seq 产生,因此可用于基因表达相关分析。源站未提供具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具建议。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录项目,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录提供统一入口以查找项目相关数据,但源站未提供该数据集的质量评估指标、数据完整性说明、批次效应信息或使用限制。源站未提供样本量、重复数、测序深度等可能影响分析质量的具体参数。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。用户如需引用或使用,应参考 NCBI BioProject 项目页面及相关数据发布方的要求。源站未提供具体许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1438730

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨骼肌萎缩是癌症恶病质的一个破坏性和决定性特征,它降低了生活质量、治疗耐受性和生存率,但目前的治疗策略无法预防或逆转。熊果酸是一种天然膳食化合物,已被证明能抑制啮齿动物和犬类骨骼肌mRNA表达中与萎缩相关的变化,从而导致骨骼肌结构和功能的有益变化。我们假设,在癌症期间,膳食补充熊果酸可能有助于支持骨骼肌质量和功能。为了验证这一假设,我们在五种由小鼠和人类来源的胰腺癌、结肠癌和肺癌细胞驱动的癌症恶病质体内小鼠模型中研究了熊果酸的作用。我们发现,膳食补充熊果酸对癌症诱导的骨骼肌萎缩具有广谱效应,在所有五种癌症恶病质模型中均显著保持了肌肉质量。

熊果酸对肌肉质量和肌纤维大小的积极影响显著改善了握力和肌肉强直力,这些效果在化疗期间得以保持,并且与食物摄入或肿瘤生长的明显变化无关。熊果酸似乎通过直接作用于肌肉细胞,在骨骼肌中产生有益效果,抑制肿瘤衍生分泌因子的分解代谢作用,并抑制超过90%的癌症诱导的骨骼肌mRNA表达变化。这些结果强烈表明,熊果酸是一种有前景的潜在营养方法,可用于支持癌症患者的肌肉质量和功能。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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