LIF诱导肿瘤可塑性在LKB1突变肺癌中建立免疫抑制髓系微环境 [RNA-seq]

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1430561),为 RNA-seq 转录组数据,主题为 LIF 诱导的肿瘤可塑性在 LKB1 突变肺癌中建立免疫抑制性髓系微环境

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时间序列回归Transcriptome or Gene expression
PRJNA1430561: LIF induced tumor plasticity establishes an immunosuppressive myeloid niche in LKB1 mutant lung cancer [RNA-seq]

基本信息

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创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

LIF诱导肿瘤可塑性在LKB1突变肺癌中建立免疫抑制髓系微环境 [RNA-seq]

PRJNA1430561 是 NCBI BioProject 数据库中的一项转录组研究项目,全称为“LIF induced tumor plasticity establishes an immunosuppressive myeloid niche in LKB1 mutant lung cancer [RNA-seq]”。该项目聚焦于 LKB1 突变肺癌中 LIF 诱导的肿瘤可塑性如何建立免疫抑制性髓系微环境,采用 RNA-seq 技术获取基因表达层面的数据。项目归类于肿瘤/肺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,属于 BioProject 所收录的、围绕单一研究计划组织起来的生物学数据集合。用户可通过该记录集中访问由该项目产生的多种数据类型及其相关链接。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject,编号为 1430561。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物学数据的记录形式,这些计划通常源自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口,以便查找该项目所产生的各类数据及其链接。本项目的研究主题为 LIF 诱导的肿瘤可塑性在 LKB1 突变肺癌中建立免疫抑制性髓系微环境,属于肿瘤学中肺癌研究范畴,关注肿瘤微环境与基因突变背景之间的相互作用。

【数据内容】

该数据集为 RNA-seq 转录组数据,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。其英文标题明确标注了 [RNA-seq],表明数据产生自 RNA 测序技术,用于刻画转录组或基因表达信息。数据内容围绕 LIF 诱导的肿瘤可塑性以及 LKB1 突变肺癌中免疫抑制性髓系微环境的建立这一生物学问题展开。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、覆盖度或具体分析结果的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)。该项目以 BioProject 形式组织,记录标识为 ID 1430561。BioProject 作为数据集合,可链接到由该研究计划产生的多种数据类型。源站描述指出,此类记录旨在为用户提供查找项目相关数据的单一位置。关于样本采集地点、时间、机构、伦理审批等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于转录组与基因表达相关的研究场景,尤其是围绕肺癌、LKB1 突变、肿瘤可塑性、LIF 信号以及免疫抑制性髓系微环境等主题的分析。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,其典型用途包括基因表达差异分析、转录组水平的功能探索,以及与其他组学或临床信息的整合研究。具体适用场景的细节,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录(ID 1430561)访问该项目,并借助记录中提供的链接查找由该计划产生的各类数据。BioProject 的设计目的即为用户提供一个集中位置,以发现与项目相关的不同数据类型。关于数据下载格式、分析流程、软件参数或复现步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录,提供的是项目层面的组织信息与数据链接,而非经过统一质控的最终分析结果。其质量与限制取决于原始数据及后续分析,源站未提供具体的质量评估指标、批次信息、技术偏差说明或使用限制。用户在使用时应参考原始数据来源及其相关文档。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及原始数据提供方的相关要求,并查阅项目记录中可能附带的引用说明与使用政策。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1430561

标准获取流程:

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

分选后的Lkb1野生型(sgNeo)和Lkb1突变型(sgLkb1)肿瘤细胞的bulk RNA-seq

总体设计:肿瘤起始后11周,对肿瘤细胞进行分选(GFP阳性CD45阴性),并进行了bulk RNA-seq。

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