PRJNA1425972：核黄素营养缺陷型肠球菌对MR1表达及瘤内MAIT细胞激活的协同作用
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1425972），主题为核黄素营养缺陷型肠球菌对 MR1 表达及瘤内黏膜相关恒定 T（MAIT）细胞激活的协同作用，属于肿瘤/肺癌方向，主题标签为 Transcriptome or Gene expression
基本信息
资源简介
PRJNA1425972：核黄素营养缺陷型肠球菌对MR1表达及瘤内MAIT细胞激活的协同作用
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1425972），英文名称为“Synergistic role of riboflavin-auxotrophic Enterococcus for MR1 expression and intra-tumoral mucosal associated invariant T (MAIT) cell activation”。其主题聚焦于核黄素营养缺陷型肠球菌在 MR1 表达以及瘤内黏膜相关恒定 T（MAIT）细胞激活中的协同作用。按照本站分类，该数据集归属于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 通常汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据，便于用户从一个入口获取该项目产生的不同类型数据链接。该数据集可用于了解核黄素营养缺陷型肠球菌、MR1 表达与瘤内 MAIT 细胞激活之间关系的研究背景和数据组织方式。
【数据集背景】
该数据集对应 NCBI BioProject 中编号为 1425972 的项目记录，英文标题为“Synergistic role of riboflavin-auxotrophic Enterococcus for MR1 expression and intra-tumoral mucosal associated invariant T (MAIT) cell activation”。从标题可以看出，该项目关注核黄素营养缺陷型肠球菌与 MR1 表达及瘤内黏膜相关恒定 T（MAIT）细胞激活之间的协同作用。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌方向，说明该研究可能与肿瘤免疫微环境、肺癌相关免疫机制等议题存在关联。BioProject 作为生物数据集合，通常源自单一机构或联盟，旨在为某一研究计划提供统一的数据查找入口。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，提示其涉及转录组或基因表达层面的数据。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一位置，以查找该项目生成的不同数据类型链接。因此，该数据集在背景上属于 NCBI BioProject 框架下、围绕特定肿瘤免疫相关机制而组织的研究项目记录。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容与转录组或基因表达相关。项目标题涉及核黄素营养缺陷型肠球菌、MR1 表达以及瘤内 MAIT 细胞激活，因此其数据可能围绕这些生物学要素展开。本站分类为肿瘤 / 肺癌，进一步提示该数据集在应用领域上与肿瘤、特别是肺癌方向相关。源站描述说明，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型链接。这意味着该数据集本身可能不是单一类型的数据文件，而是一个项目入口，链接到与该项目相关的不同数据资源。关于具体样本数量、测序平台、基因列表、表达矩阵、统计结果等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 体系。项目编号为 1425972，英文标题为“Synergistic role of riboflavin-auxotrophic Enterococcus for MR1 expression and intra-tumoral mucosal associated invariant T (MAIT) cell activation”。源站描述指出，BioProject 是与单一研究计划相关的生物数据集合，源自单一组织或联盟。该记录为用户提供统一入口，以查找该项目产生的不同数据类型链接。关于具体采集地点、采集时间、样本来源、伦理审批信息、实验操作流程等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与肿瘤 / 肺癌方向相关的研究场景，尤其是涉及核黄素营养缺陷型肠球菌、MR1 表达以及瘤内黏膜相关恒定 T（MAIT）细胞激活之间协同作用的研究。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，因此可用于转录组或基因表达分析相关的场景。作为 NCBI BioProject 记录，该数据集还可用于查找该项目生成的不同数据类型链接，便于研究人员从一个入口获取相关数据资源。关于具体分析流程、适用软件、疾病模型或临床转化场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 记录访问，项目编号为 1425972。用户可通过该记录查找与项目相关的不同数据类型链接。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，使用者可将其作为转录组或基因表达相关数据的入口。关于具体下载方式、数据格式、分析工具、参数设置、代码示例等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开项目记录。源站描述指出，BioProject 记录提供用户单一位置以查找不同数据类型链接。关于数据质量评估、完整性、批次效应、样本量、统计功效、潜在偏倚等，源站未提供。该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，本站分类为肿瘤 / 肺癌，但具体数据内容、覆盖范围、更新状态等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1425972，英文标题为“Synergistic role of riboflavin-auxotrophic Enterococcus for MR1 expression and intra-tumoral mucosal associated invariant T (MAIT) cell activation”。关于具体引用格式、许可协议、使用限制、商业用途规定等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1425972
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
黏膜恒定T（MAIT）细胞在肺肿瘤微环境中的作用仍知之甚少，尤其是在免疫检查点抑制剂治疗的背景下。我们从接受新辅助PD-1阻断治疗的非小细胞肺癌患者肿瘤浸润CD3 T细胞的配对单细胞RNA和TCR测序数据集中鉴定出瘤内MAIT细胞。对MAIT细胞进行亚聚类以鉴定常规MAIT相关TCR克隆型，随后使用MAIT TCR捕获功能试验检测其对细菌的识别能力。引人注目的是，对肺癌患者瘤内细菌的监测发现了肠球菌属（Enterococcus spp.），其不被MAIT细胞直接识别，但仍能与外源性核黄素生物合成衍生代谢物协同作用，诱导抗原呈递细胞（APC，包括树突状细胞、B细胞和单核吞噬细胞）表达MR1。MR1细胞表面表达增强源于肠球菌介导的内溶酶体空泡途径扰动，伴随早期内体MR1再循环至APC细胞质膜。
因此，核黄素营养缺陷型肠球菌属可能在免疫检查点阻断治疗中发挥其有益的免疫调节功能，至少部分是通过促进肿瘤内MR1表达和先天样T细胞活化来实现的。我们的结果表明，免疫检查点抑制剂治疗期间肿瘤内微生物组的组成有可能影响人肿瘤内MAIT细胞的功能。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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