YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（RNA-seq II）
数据围绕 YTHDF1 作为非经典核检查点，耦合 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗的机制研究，包含 RNA-seq II 相关转录组数据
基本信息
资源简介
YTHDF1作为非经典核检查点偶联R环稳态与肿瘤先天免疫抑制及适应性免疫抵抗（RNA-seq II）
PRJNA1424980 是一个来自 NCBI BioProject 数据库的肿瘤研究项目，英文全称为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（RNA-seq II）”。该项目聚焦于肺癌相关研究，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于转录组或基因表达类数据。项目围绕 YTHDF1 作为非经典核检查点的功能展开，旨在探究其如何耦合 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗机制。数据以 RNA-seq II 相关转录组数据为核心，为理解肿瘤免疫调控与基因表达变化之间的关系提供了生物信息学资源。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1424980。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与某一特定研究计划相关的多种生物数据，这些数据通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。本站将该数据集归类为肿瘤 / 肺癌领域，说明其研究背景与肺癌的分子机制和免疫调控相关。项目标题明确指出 YTHDF1 在癌症中发挥非经典核检查点功能，并将 R-loop 稳态与先天免疫抑制、适应性免疫抵抗联系起来，这构成了该数据集的生物学研究背景。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达数据。项目名称中包含“RNA-seq II”，提示该数据集涉及 RNA 测序相关的转录组数据，具体为 RNA-seq II 部分。数据围绕 YTHDF1 作为非经典核检查点，耦合 R-loop 稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗的机制研究展开。源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、覆盖度、基因表达矩阵或差异表达分析结果等具体细节。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。项目以 BioProject 形式组织，记录编号为 1424980。源站描述指出，BioProject 汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据来自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目各类数据的统一入口。本站分类为肿瘤 / 肺癌。除上述来源信息外，源站未提供具体的样本采集方法、实验设计、测序中心、伦理审批信息或数据提交者等细节。
【适用场景】
该数据集适用于转录组与基因表达相关的研究场景，尤其是围绕肺癌中 YTHDF1 功能、R-loop 稳态、先天免疫抑制以及适应性免疫抵抗机制的分析。研究人员可利用该数据探索基因表达变化与免疫调控之间的关系，或将其作为 RNA-seq II 相关转录组数据的参考资源。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，该数据也可能用于基因表达定量、转录本分析或通路层面的生物信息学挖掘。源站未提供关于具体适用分析流程或推荐工具的说明。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目编号为 PRJNA1424980。用户可在 NCBI 网站上检索该编号，以获取与该项目相关的数据链接和记录信息。BioProject 记录的设计目的是为用户提供一个统一入口，以便查找该项目产生的不同类型数据。源站未提供关于数据下载格式、文件结构、预处理步骤或分析管道的具体说明。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复数、批次效应、数据完整性或验证实验的具体信息。由于项目标题和主题标签仅概括了研究方向和数据类型，用户在使用时应参考原始项目记录以获取更详细的技术信息。源站未提供关于数据限制或使用注意事项的额外说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1424980。源站未提供关于引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策的具体信息。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及 BioProject 数据库的相关规定，并参考原始项目记录中的引用要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424980
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
癌细胞内的先天免疫信号在塑造抗肿瘤免疫中发挥重要作用，然而限制不适当免疫激活的核内机制仍未完全明确。YTHDF1是一种mRNA结合蛋白，此前被鉴定为细胞质m⁶A阅读蛋白。新出现的证据表明，YTHDF1也在细胞核中发挥作用，与染色质结合并参与R环稳态的调控。YTHDF1缺失会导致R环积累、基因组不稳定性、胞质DNA释放以及cGAS–STING–I型干扰素通路的激活。在机制上，YTHDF1在免疫相关基因组区域与染色质重塑因子ARID1A相互作用，提示二者在维持基因组稳定性和调控免疫相关转录程序中具有协同作用。为研究YTHDF1和ARID1A扰动对转录组和染色质水平的影响，我们在A549人肺癌细胞中生成了RNA测序（RNA-seq）和R环CUT&Tag数据集。
RNA-seq在两种实验设置下进行：(1) 野生型(WT)和YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)细胞；(2) WT、YTHDF1-KO、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低的细胞。同时，在相同的各条件下进行了R-loop CUT&Tag分析，以评估全基因组R-loop分布。这些数据集为研究YTHDF1和ARID1A在调控R-loop动态及肿瘤内在先天免疫信号传导中的作用提供了整合的转录组和染色质分析资源。总体设计：对四组实验组——野生型(WT)、YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1敲除联合ARID1A敲除的A549细胞——进行RNA-seq，以比较转录组谱。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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