YTHDF1作为非经典核检查点耦合R-loop稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗的RNA-seq数据
该数据集来自NCBI BioProject（ID 1424968），聚焦YTHDF1作为非经典核检查点，在肿瘤（尤其是肺癌）中耦合R-loop稳态、先天免疫抑制与适应性免疫抵抗的机制
基本信息
资源简介
YTHDF1作为非经典核检查点耦合R-loop稳态与先天免疫抑制及适应性免疫抵抗的RNA-seq数据
PRJNA1424968 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其英文名称为“YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（RNA-seq i）”。该数据集在分类上归属于肿瘤／肺癌方向，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型为转录组或基因表达相关数据。项目聚焦于 YTHDF1 作为非经典核检查点的功能，探讨其在肿瘤（尤其是肺癌）中如何耦合 R-loop 稳态、先天免疫抑制与适应性免疫抵抗之间的机制联系。整体而言，该数据集为研究 YTHDF1 在肿瘤免疫调控中的核内角色提供了转录组层面的数据支撑，适用于肺癌及相关肿瘤免疫机制的研究场景。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1424968。BioProject 是围绕单一研究计划或由单一组织、联盟发起的生物数据的集合，旨在为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本项目的标题明确指向 YTHDF1 的功能研究，将其定义为一种非经典核检查点，并强调该检查点将 R-loop 稳态与先天免疫抑制、适应性免疫抵抗在癌症中联系起来。从分类标签看，该数据集被归入肿瘤／肺癌领域，主题为转录组或基因表达，说明其研究视角侧重于基因表达层面的变化。YTHDF1 通常被认为与 RNA 修饰识别相关，而本项目标题提示其在细胞核内具有非经典功能，并与 R-loop 稳态及免疫调控存在机制关联，这为理解肿瘤免疫逃逸提供了新的切入点。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其内容属于转录组或基因表达数据。项目英文名称中带有“RNA-seq i”字样，提示该 BioProject 包含 RNA 测序相关的数据。数据内容围绕 YTHDF1 作为非经典核检查点的功能展开，涉及 R-loop 稳态、先天免疫抑制以及适应性免疫抵抗等生物学过程。由于该记录属于 BioProject 层级，其具体的数据文件、样本数量、测序平台、读长、表达矩阵或差异基因列表等细节，源站未提供。因此，无法从现有信息中确定该数据集包含的具体样本类型、实验条件或分析结果。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心（NCBI）的 BioProject 数据库。项目记录 ID 为 1424968，英文名称为“PRJNA1424968: YTHDF1 functions as a non-canonical nuclear checkpoint that couples R-loop homeostasis to innate immune restraint and adaptive immune resistance in cancer（RNA-seq i）”。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的多种数据类型。该项目的发起组织、联盟信息、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及具体的实验操作流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤学、肺癌研究以及肿瘤免疫学相关领域。具体而言，可用于探索 YTHDF1 在细胞核内的非经典功能，分析其与 R-loop 稳态之间的调控关系，以及研究这种调控如何影响先天免疫抑制和适应性免疫抵抗。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，该数据也适合用于转录组层面的基因表达分析，例如比较不同条件下基因表达谱的变化，或寻找与 YTHDF1 功能相关的下游基因和通路。此外，该数据集可服务于癌症免疫治疗抵抗机制的研究，帮助理解肿瘤细胞如何通过核内检查点机制逃避免疫系统的攻击。对于关注 RNA 结合蛋白、表观转录组学与免疫调控交叉领域的研究者，该数据集也具有参考价值。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目 ID 为 1424968。用户可以在 NCBI 网站上检索该 BioProject 记录，以获取项目概述及关联数据类型的链接。由于 BioProject 记录本身是数据集合的入口，具体的数据下载、处理和分析方法需依据其链接的原始数据资源进行。源站未提供该数据集的具体使用说明、分析流程、软件工具推荐或代码示例。因此，关于如何下载原始测序数据、如何进行质量控制、如何比对和定量等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。源站描述仅说明了 BioProject 的一般性质，未提供该项目的质量控制指标、数据完整性评估、测序深度、覆盖度或重复性等信息。该项目的样本量、实验设计、统计功效以及潜在批次效应等，源站未提供。此外，该数据集分类为肿瘤／肺癌，但具体涉及的肿瘤类型、细胞系或动物模型、临床样本信息等，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户需注意其具体数据质量和适用范围可能受限于源站未提供的实验细节。该记录仅代表一个研究计划的数据集合入口，不保证所有关联数据均已公开或可直接用于特定分析。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及数据共享政策，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 数据库的通用引用规范以及该项目页面可能提供的具体引用信息。由于源站未提供许可细节，无法确定该数据是否允许自由使用、再分发或用于商业目的。建议用户直接访问 NCBI BioProject 记录页面，以获取最新的引用要求和许可声明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424968
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
癌细胞内的先天免疫信号在塑造抗肿瘤免疫中发挥重要作用，然而限制不适当免疫激活的核内机制仍未完全明确。YTHDF1是一种mRNA结合蛋白，此前被鉴定为细胞质m⁶A阅读蛋白。新出现的证据表明，YTHDF1也在细胞核中发挥作用，与染色质结合并参与R环稳态的调控。YTHDF1缺失会导致R环积累、基因组不稳定性、胞质DNA释放以及cGAS–STING–I型干扰素通路的激活。在机制上，YTHDF1在免疫相关基因组区域与染色质重塑因子ARID1A相互作用，提示二者在维持基因组稳定性和调控免疫相关转录程序中具有协同作用。为研究YTHDF1和ARID1A扰动对转录组和染色质水平的影响，我们在A549人肺癌细胞中生成了RNA测序（RNA-seq）和R环CUT&Tag数据集。
RNA-seq在两种实验设置下进行：(1) 野生型(WT)和YTHDF1敲除(YTHDF1-KO)细胞；(2) WT、YTHDF1-KO、ARID1A敲低(siARID1A)以及YTHDF1-KO联合ARID1A敲低细胞。同时，在相同的各条件下进行了R-loop CUT&Tag分析，以评估全基因组R-loop分布。这些数据集为研究YTHDF1和ARID1A在调控R-loop动态及肿瘤内在先天免疫信号中的作用提供了整合的转录组和染色质分析资源。总体设计：进行RNA-seq以比较WT和YTHDF1敲除A549细胞之间的转录组谱。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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