基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

HIV感染者吸烟对支气管基因表达影响的BioProject数据

该数据集为 NCBI BioProject 收录的编号 PRJNA1419182 项目，英文名称为“Alterations to the bronchial gene-expression effects of tobacco smoking in people living with HIV”，中文可理解为“HIV 感染者中吸烟对支气管基因表达效应的改变”。从主题上看，该项目聚焦于转录组或基因表达层面，关注吸烟这一环境暴露因素在 HIV 感染人群中对支气管基因表达所产生的影响及其改变。数据集在分类上归入肿瘤 / 肺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，它属于生物项目（BioProject）类型的资源记录，用于汇集与同一研究计划相关的多种生物数据，便于用户在一个入口下查找该项目所产生的各类数据链接。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些计划通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便找到该项目所生成的不同数据类型。本数据集对应的项目围绕 HIV 感染者展开，研究吸烟对支气管基因表达效应的影响。HIV 感染与吸烟均可能对呼吸系统产生影响，而支气管作为直接接触烟草烟雾的部位，其基因表达变化是理解相关生物学效应的重要层面。该项目将 HIV 感染状态与吸烟暴露结合起来考察，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其核心数据属于转录组或基因表达范畴。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，提示该主题可能与肺部疾病研究背景相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其数据内容属于转录组或基因表达类型。项目名称明确指向支气管基因表达，并强调在 HIV 感染者中吸烟所导致的基因表达效应改变。因此，数据内容在概念上涉及支气管样本的基因表达信息，以及吸烟暴露与 HIV 感染状态之间可能存在的交互影响。需要说明的是，关于样本数量、具体基因列表、表达量数值、测序平台、统计结果等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身作为项目入口，可能链接到多种数据类型，但具体包含哪些数据文件、数据格式及数据量，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Alterations to the bronchial gene-expression effec... (ID 1419182) - BioProject - NCBI”。其编号为 PRJNA1419182，属于 NCBI BioProject 数据库中的一条记录。BioProject 记录通常由单一机构或联合体提交，用于组织与某一研究计划相关的生物数据。关于本项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及受试者招募方式等，源站未提供。数据所涉及的支气管样本如何获取、吸烟暴露如何定义、HIV 感染状态如何确认等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于关注 HIV 感染与吸烟交互作用对呼吸系统基因表达影响的研究场景。具体而言，可用于转录组或基因表达层面的二次分析，例如探索吸烟在 HIV 感染者中是否改变支气管基因表达模式，或比较不同暴露状态下基因表达差异。由于本站分类为肿瘤 / 肺癌，该数据集也可能为肺部疾病、肺癌相关机制研究提供背景参考。此外，对 BioProject 数据组织方式感兴趣的用户，也可通过该记录了解如何从一个项目入口获取多种类型的数据链接。但需注意，具体分析适用性取决于源站实际提供的数据类型与质量，源站未提供相关细节。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库，以编号 PRJNA1419182 或项目英文名称进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供统一入口，用户可在其中查找指向该项目所生成的不同数据类型的链接。若该项目关联了转录组或基因表达数据，通常可进一步跳转至相应的数据存档或下载页面。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、访问权限及是否需要申请等，源站未提供。建议用户以 NCBI 页面实际展示的链接和说明为准，按需获取数据。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其质量与完整性取决于项目提交方提供的信息以及 NCBI 的收录情况。关于样本质量、测序深度、数据覆盖率、批次效应、统计功效等具体质量指标，源站未提供。限制方面，由于源站描述仅对 BioProject 作通用说明，未给出该项目的详细实验设计、样本量、数据分析方法及结论，因此无法据此评估其适用范围与局限性。此外，本站分类为肿瘤 / 肺癌，但项目主题聚焦 HIV 感染者吸烟与支气管基因表达，两者之间的直接关联需结合源站进一步信息判断，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，编号为 PRJNA1419182。关于该项目的具体引用方式、文献出处、数据许可协议、使用条款及是否允许再分发等，源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及 BioProject 的相关政策，并参考项目页面所附的引用说明。若需引用，建议以 NCBI BioProject 记录页面提供的信息为准。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318533

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1419182

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：尽管自抗逆转录病毒治疗引入以来，获得性免疫缺陷综合征相关死亡率有所下降，但HIV感染者（PLWH）中肺癌的发病率仍然很高。了解烟草烟雾对PLWH气道基因表达的影响，可能有助于揭示与HIV相关的肺癌风险升高机制。方法：收集了12名吸烟的PLWH和19名从未吸烟的PLWH的气道上皮刷检样本，并采用RNA-seq进行 profiling。使用线性模型识别吸烟者与从未吸烟者之间以及既往吸烟者与从未吸烟者之间差异表达的基因。采用基因集富集分析在不同数据集中验证与吸烟相关的基因特征。数据与一组无HIV患者队列的基因表达数据整合，以识别同时受吸烟和HIV状态差异调控的基因。

结果：我们发现，先前与吸烟相关的基因特征在PLWH中同样与吸烟相关，包括与从未吸烟者相比，曾经吸烟者中一部分“不可逆改变”基因的持续差异表达。我们还识别并验证了两个在无HIV的吸烟者中特异性调节的基因特征。结论：吸烟对支气管基因表达的许多影响在PLWH和非HIV个体中是共有的。在PLWH与非HIV个体之间存在差异的那部分基因中，吸烟对基因表达的影响似乎在PLWH中更为减弱。这包括与氧化应激和上皮完整性相关的基因，并提示了可能促成PLWH中更为普遍的吸烟相关结局（如肺癌）的潜在机制。总体设计：收集了12名吸烟的PLWH和19名从未吸烟的PLWH的气道上皮刷检样本，并使用RNA-seq进行了分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别