PRJNA1418678:血管STING激活促进小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫 [scRNA-seq]

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1418678),主题为血管 STING 激活促进小细胞肺癌中 NK 细胞抗肿瘤免疫,属于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1418678: Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer [scRNA-seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1418678:血管STING激活促进小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫 [scRNA-seq]

PRJNA1418678 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,其英文全称为“Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer [scRNA-seq]”。该项目围绕血管 STING 激活如何促进小细胞肺癌中 NK 细胞抗肿瘤免疫这一主题展开,属于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据。从分类上看,该数据集归入肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,表明其核心数据与转录组或基因表达相关。该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov,为用户提供了一个集中查找该项目所生成各类数据链接的入口。

【数据集背景】

该数据集所对应的研究关注小细胞肺癌的免疫微环境与抗肿瘤免疫机制。项目标题明确指出,研究聚焦于血管 STING 激活对小细胞肺癌中 NK 细胞抗肿瘤免疫的促进作用。STING 通路与天然免疫应答密切相关,而 NK 细胞是抗肿瘤免疫的重要效应细胞。该 BioProject 记录作为一项单一研究计划的生物数据集合,来源于单一组织或联盟,旨在汇集该项目产生的多种数据类型。其主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,说明该项目主要涉及转录组或基因表达层面的数据产出。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌,进一步明确了其疾病领域定位。

【数据内容】

该数据集属于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”。BioProject 记录本身是生物数据的集合,提供用户查找该项目所生成的不同数据类型的链接。关于具体的样本数量、细胞数、测序深度、基因表达矩阵规模、细胞类型注释结果等详细内容,源站未提供。该项目的英文名称中包含“[scRNA-seq]”,表明其数据模态为单细胞转录组测序,但具体的数据文件构成与内容细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Vascular STING activation facilitates NK cell anti... (ID 1418678) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录来源于单一组织或联盟,是围绕单一研究计划收集的生物数据集合。该项目编号为 PRJNA1418678。关于样本采集的具体地点、时间、物种、组织类型、伦理审批信息、测序平台、建库方法等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与小细胞肺癌、肿瘤免疫微环境、NK 细胞抗肿瘤免疫、STING 通路激活以及单细胞转录组分析相关的研究场景。其主题标签“Transcriptome or Gene expression”表明可用于基因表达分析。由于该记录是 BioProject 集合,用户可通过它查找该项目生成的不同数据类型。关于该数据集在具体分析流程中的适用性验证、可重复性评估或基准测试结果,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,项目 ID 为 1418678,英文名称为 PRJNA1418678。BioProject 记录提供用户一个集中位置,以查找为该项目生成的不同数据类型的链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、预处理步骤或代码示例,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于生物数据集合记录。关于数据质量指标、测序质量分数、细胞过滤标准、批次效应评估、技术噪声水平等,源站未提供。该记录作为项目集合,其本身不包含对数据质量的评价性结论。关于该数据集在样本量、覆盖度或统计效力方面的限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Vascular STING activation facilitates NK cell anti... (ID 1418678) - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或数据共享政策,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418678

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小细胞肺癌(SCLC)通常呈现“冷”肿瘤微环境,免疫浸润稀少。神经内分泌型SCLC细胞还会强烈抑制MHC-I表达,使其易受NK细胞介导的细胞毒性攻击。在此,我们证实神经内分泌型SCLC细胞对NK细胞介导的攻击敏感,然而对患者样本中SCLC免疫微环境的定量空间分析显示,效应免疫细胞(包括NK细胞)被排除在MHC-Ilow/neg的SCLC区域之外。为研究这一生物学现象,我们开发了微生理免疫肿瘤环境的动态单细胞RNA测序技术(DynaMITE-seq),并将结果与患者组织的空间转录组学整合,揭示微血管是限制NK细胞外渗/募集的主要检查点。我们证明,激活血管干扰素基因刺激因子(STING)信号可恢复NK细胞对神经内分泌型SCLC的浸润和杀伤,提示这是一种克服SCLC关键免疫屏障并为DLL3靶向CAR-NK细胞疗法的治疗应答做好铺垫的策略。

总体设计:一个3D微生理免疫肿瘤环境(MITE)系统包含由人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人肺成纤维细胞(HLF)构成的微血管网络(MVN),围绕MHC-Ilow/neg CORL47小细胞肺癌(SCLC)培养6天。随后,通过血管灌注人NK细胞,分别在有或无人单核细胞、有或无内源性STING配体2’3’-cGAMP的条件下(第7天,终点)。接下来,我们开发了MITE的动态单细胞RNA测序(DynaMITE-seq),以研究MITE各组成部分的表型,有效释放并回收细胞外基质中的细胞,用于第7天终点的scRNAseq。实验条件包括(对照;cGAMP;对照+单核细胞;以及cGAMP+单核细胞)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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