肺癌富集p53突变体占据经典p53靶基因但不激活转录的RNA-Seq数据集
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1418534），主题为肺癌富集的 p53 突变体占据经典 p53 靶基因却不激活转录，揭示一种独特的失功能行为，数据由 RNA-Seq 产生，属于转录组或基因表达范畴
![PRJNA1418534: Lung cancer-enriched p53 mutants occupy canonical p53 target genes without activating transcription, revealing a distinct loss-of-function behavior [RNA-Seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/106193.jpg)
基本信息
资源简介
肺癌富集p53突变体占据经典p53靶基因但不激活转录的RNA-Seq数据集
PRJNA1418534 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的肺癌相关转录组研究项目，其英文全称为“Lung cancer-enriched p53 mutants occupy canonical p53 target genes without activating transcription, revealing a distinct loss-of-function behavior [RNA-Seq]”。该项目围绕肺癌中富集的 p53 突变体展开，核心发现是这些突变体能够占据经典的 p53 靶基因，却不激活转录，从而揭示出一种独特的失功能行为。数据由 RNA-Seq 技术产生，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，属于转录组或基因表达范畴。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集为研究 p53 突变在肺癌中的功能机制提供了基因表达层面的原始数据资源，适合关注肿瘤分子机制、p53 信号通路以及转录调控的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1418534），其标题直接指向一项关于肺癌富集 p53 突变体的研究。p53 作为经典的转录因子，通常通过结合并激活靶基因来发挥抑癌功能。而该研究所关注的突变体表现出一种特殊行为：它们仍能占据经典 p53 靶基因，却无法激活转录，这被描述为一种独特的失功能行为。该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其数据聚焦于基因表达层面，而非基因组变异或蛋白结构等其他层面。本站分类将其归入肿瘤 / 肺癌，表明该研究背景与肺癌密切相关。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合，为用户提供查找该项目所生成多种数据类型的统一入口。
【数据内容】
该数据集的数据由 RNA-Seq 产生，属于转录组或基因表达范畴。其英文标题中明确标注了“[RNA-Seq]”，主题标签也对应“Transcriptome or Gene expression”。因此，数据内容主要涉及基因表达相关的测量结果，用于支撑“肺癌富集的 p53 突变体占据经典 p53 靶基因却不激活转录”这一研究结论。关于具体的样本数量、测序深度、基因数量、差异表达基因列表、突变体种类等细节，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 肺癌，提示数据与肺癌研究直接相关。整体数据内容围绕转录组展开，可用于分析 p53 突变背景下靶基因占据与转录激活之间的分离现象。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体收录于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1418534。源站描述说明，BioProject 记录来自单一组织或联盟，围绕单一研究计划，汇集了该项目生成的不同数据类型，并提供统一入口进行查找。该项目的英文标题和主题标签均来自源站信息。关于样本采集的具体地点、时间、人群、细胞系或动物模型、实验条件、测序平台、建库方法等采集细节，源站未提供。本站分类为肿瘤 / 肺癌，来源站为 NCBI，这些是当前可确认的来源信息。
【适用场景】
基于该数据集的主题和数据类型，其适用场景包括：转录组或基因表达分析、肺癌相关分子机制研究、p53 突变体功能研究、p53 靶基因占据与转录激活关系的研究，以及失功能行为的机制探索。由于主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，该数据可用于基因表达层面的比较分析。本站分类为肿瘤 / 肺癌，因此适合肿瘤学、肺癌研究领域的科研人员使用。关于具体的适用分析流程、推荐工具、对照设置等，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目 ID 为 1418534。用户可在 NCBI 网站上查找该 BioProject 记录，并通过其提供的链接获取该项目生成的不同数据类型。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供单一入口来查找相关数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析软件、参数设置、预处理步骤等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库收录的项目。其标题、主题标签和来源信息明确。然而，关于数据质量的具体指标，如测序质量分数、重复性、批次效应、样本量、统计功效等，源站未提供。此外，该数据集仅涉及 RNA-Seq 和转录组或基因表达范畴，不包含其他数据类型的具体说明。使用时应注意到，当前可确认的信息仅限于标题、主题标签、来源站和本站分类等，更多技术细节需查阅源站记录。源站未提供关于质量与限制的进一步说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，收录于 NCBI BioProject，项目 ID 为 1418534。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许商业使用、是否需要署名等，源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用政策以及该项目记录中可能提供的具体说明。本站分类为肿瘤 / 肺癌，来源站为 NCBI，这些信息可用于初步识别和引用该数据集。源站未提供具体的引用格式和许可细节。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418534
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肺癌是美国及全球范围内癌症相关死亡的最常见原因。吸烟仍是肺癌的首要危险因素，其部分机制在于诱导抑癌基因（包括TP53）发生功能丧失性突变。尽管大多数癌症共享一组常见的p53“热点”突变，但肺癌还表现出一个额外的、独特的热点突变簇。该突变簇以错义突变TP53：p.V157F和TP53：p.R158L为典型代表。经典热点突变会导致p53广泛错误折叠或消除特定的DNA接触残基，而本文报道的肺癌突变体的机制研究表明，它们保留了与野生型p53结合相同基因组位点的能力。尽管肺癌突变体能够主动结合传统的p53靶基因，但在激活转录方面存在缺陷。据我们所知，这是首次证明p53抑癌基因在DNA结合之后、靶基因激活之前发生功能性失活。
在癌症进展过程中，每个p53等位基因的序贯失活与此相关，肺癌突变体以显性负性方式共表达时，会阻断野生型p53等位基因的活性。识别这一功能丧失机制对于旨在恢复肺癌中p53功能的治疗策略具有关键意义。总体设计：对含有针对WT、V157F或R158L p53的四环素诱导型质粒的H1299细胞进行了RNA-seq。细胞仅用四环素处理，或用四环素处理后继而用喜树碱再处理24小时，随后提取RNA（每种条件3个重复）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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