A549肺癌细胞TGF-β诱导与TXNRD1缺失的RNA-seq图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1401575

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们进行了bulk RNA-seq，以研究具有不同TXNRD1遗传背景的A549人肺腺癌细胞中对TGF-β1信号的转录应答。在基础条件下以及TGF-β1诱导后，分析了野生型A549细胞和通过靶向TXNRD1的单向导RNA（sgTXNRD1）生成的TXNRD1敲低A549细胞。该数据集旨在阐明TXNRD1在调节肺癌细胞中TGF-β1驱动的转录程序中的作用。从培养的A549细胞中提取总RNA，并使用标准RNA-seq文库构建方案制备测序文库。文库在Illumina平台上测序，以生成用于转录组分析的高质量读段。读段使用STAR（v2.7.10a）比对到人类参考基因组（GRCh38），并基于GENCODE注释（v38）用featureCounts（v2.0.3）对基因水平表达进行定量。提供原始测序数据和处理后的基因水平计数矩阵，以支持下游分析和数据重用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。