PRJNA1378937:CREBBP缺失通过沉默STING和MHC I表达促进小细胞肺癌免疫逃逸[RNA-Seq]

该数据集来自NCBI,为RNA-Seq转录组数据,主题为小细胞肺癌中CREBBP缺失通过沉默STING和MHC I表达促进免疫逃逸

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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJNA1378937: CREBBP Loss Promotes Immune Evasion by Silencing STING and MHC I Expression in Small Cell Lung Cancer [RNA-Seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1378937:CREBBP缺失通过沉默STING和MHC I表达促进小细胞肺癌免疫逃逸[RNA-Seq]

PRJNA1378937 是一套来源于 NCBI 的 RNA-Seq 转录组数据集,主题聚焦于小细胞肺癌中 CREBBP 缺失所引发的免疫逃逸机制。该数据集对应研究揭示:CREBBP 缺失作为小细胞肺癌中常见的遗传改变,可在 Rb1/Trp53 驱动的小鼠模型中诱导免疫“冷”肿瘤微环境;其机制在于 Crebbp 缺失通过降低 H3K27 与 H3K18 乙酰化水平,表观遗传性地抑制 STING 与 MHC I 的表达。数据集归类于肿瘤/肺癌方向,主题标签为转录组或基因表达,适合用于探索小细胞肺癌免疫治疗原发耐药的分子基础及相关基因表达变化。

【数据集背景】

大多数小细胞肺癌患者对免疫治疗表现出原发性耐药,但其分子机制此前仍知之甚少。该数据集所对应的研究正是在这一背景下展开,旨在阐明 CREBBP 缺失这一小细胞肺癌中高频出现的遗传改变如何影响肿瘤免疫微环境。研究在 Rb1/Trp53 驱动的小鼠模型中观察到,Crebbp 缺失会诱导免疫“冷”肿瘤微环境,并从机制上将其归结为对 STING 与 MHC I 表达的表观遗传抑制,具体表现为 H3K27 和 H3K18 乙酰化水平的下降。这些背景信息构成了该 RNA-Seq 数据集产生的科学问题基础。

【数据内容】

该数据集属于 RNA-Seq 转录组数据,主题标签为“Transcriptome or Gene expression”,即围绕基因表达层面的转录组测量。其英文标题明确指向“CREBBP Loss Promotes Immune Evasion by Silencing STING and MHC I Expression in Small Cell Lung Cancer”这一研究主题。数据集内容与上述机制研究相对应,用于支撑对 CREBBP 缺失条件下基因表达变化的转录组层面观察。除标题与主题标签所反映的信息外,源站未提供更细化的样本组成、分组设计或基因列表说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),编号为 PRJNA1378937,属于 NCBI 收录的 RNA-Seq 转录组资源。其源站描述说明了研究涉及的模型为 Rb1/Trp53 驱动的小鼠模型,并概述了 CREBBP 缺失导致免疫逃逸的机制结论。关于具体的测序平台、建库方法、测序读长与试剂信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与分类,该数据集可用于小细胞肺癌免疫逃逸机制相关的转录组分析,例如考察 CREBBP 缺失背景下 STING 与 MHC I 相关基因表达变化、探讨表观遗传调控与免疫微环境“冷”“热”表型之间的关系,以及作为小细胞肺癌免疫治疗原发耐药研究的表达谱参考。其肿瘤/肺癌分类也使其适合归入肺癌转录组研究的比较分析场景。具体分析用途需结合源站提供的原始数据与元信息确定,源站未提供额外的适用性说明。

【使用方法】

该数据集以 NCBI 站点资源形式提供,编号 PRJNA1378937,可通过 NCBI 获取对应的 RNA-Seq 数据。使用时应以其转录组数据为基础开展基因表达层面的分析。关于下载方式、文件格式、数据处理流程与分析工具,源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI 收录的 RNA-Seq 转录组资源,主题与分类信息明确。其研究结论基于 Rb1/Trp53 驱动的小鼠模型,源站描述未提及其他模型或人群验证信息。关于数据质量指标、样本量、重复数、测序深度与潜在偏倚,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI,编号为 PRJNA1378937。关于具体的引用文献、作者列表与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1378937

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

大多数小细胞肺癌(SCLC)患者对免疫治疗表现出原发性耐药,然而这种耐药背后的分子机制仍知之甚少。在此,我们发现CREBBP缺失——SCLC中一种常见的基因改变——在Rb1/Trp53驱动的小鼠模型中诱导出免疫"冷"肿瘤微环境。机制上,Crebbp缺失通过降低H3K27和H3K18乙酰化,在表观遗传层面抑制STING和MHC I的表达。

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