PRJNA1378703：上皮miRNA上调与进展性支气管癌前病变免疫逃逸相关[PCGA_miRNA_BR]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1378703

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

支气管癌前病变（PMLs）是肺鳞状细胞癌的前驱病变，具有不同的分子亚型。增殖型亚型富含支气管异型增生，在进展性/持续性PMLs中，抗原加工/呈递基因共表达模块的表达较消退性PMLs降低，提示这些基因对免疫逃逸具有功能性影响。本研究对肺癌高危患者的支气管活检组织进行了miRNA测序、miRNA原位杂交（ISH）和空间蛋白质组学分析。miRNA-基因网络分析鉴定出hsa-miR-149-5p是抗原呈递基因模块的潜在调控因子。对邻近活检组织的染色显示，hsa-miR-149-5p主要表达于上皮，并在进展性/持续性增殖性病变中上调。该miRNA的靶标——MHC-I基因表达的转录共激活因子NLRC5及其调控的基因——在这些病变中下调。NLRC5表达降低可减少肺鳞癌细胞中IFN-γ诱导的MHC-I表面表达和CD8 T细胞细胞毒性。

在PML中，NLRC5高表达的基底细胞与CD8 T细胞在空间上紧密相邻，提示这些细胞在体内表现出功能增强的MHC-I基因表达。这些发现表明hsa-miR-149-5p在PML进展/持续中存在功能性作用，并提示该轴可作为PML免疫调节的潜在治疗靶点。总体设计：对肺癌高危患者的支气管刷检样本进行了microRNA测序（miRNA-seq）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。