PRJNA1369376：Trikine免疫疗法重编程细胞表面STAT信号[IL21 Trikine的RNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1369376

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞因子通过使两条受体链二聚化来激活Janus激酶和STAT转录因子，从而调控免疫细胞，但具有治疗上的局限性。我们设计了“Trikines”，迫使细胞表面形成三链细胞因子受体复合物的顺式组装，从而诱导量身定制的STAT转录信号程序，并针对治疗效力进行优化。所设计的Trikines通过组装白细胞介素-2（IL-2）、白细胞介素-10（IL-10）和白细胞介素-21（IL-21）受体的三聚体组合，共同激活了不同于任何天然细胞因子的pSTAT5和pSTAT3特征。基于IL-2的Trikines抑制T细胞的终末分化，促进干性，并增强肿瘤控制的持久性。出乎意料的是，一种基于IL-10的Trikine诱导免疫细胞浸润进入免疫原性差的肿瘤，在小细胞肺癌和胰腺癌模型中显示出显著疗效。Trikines无需细胞工程即可为免疫治疗定制STAT特征。总体设计：小鼠T细胞按所述方法用IL-2预激活，并在无血清或无细胞因子的条件下静置过夜。

随后，将细胞分别与100 nM IL-2（GER110）、IL-21（GER112）、IL-1 + IL-21（GERcombo）或21/2-trikine（GER119）孵育24小时。未刺激的细胞（NS）作为对照。每种条件进行3次技术重复。使用RNeasy Micro Kit（Qiagen）从每种条件的1–2.5百万个细胞中提取总RNA，随后按照制造商说明进行mRNA文库制备（poly-A富集）。每个文库在NovaSeq X Plus PE150平台上测序，每个样本获得约12 x 10^6条reads。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。