基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1288513：支气管扩张症鼻上皮中支气管气道基因表达验证

PRJNA1288513 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其完整英文名称为“Validation of bronchial airway gene expression associated with bronchiectasis in nasal epithelium”。从名称可以看出，该项目聚焦于支气管扩张症这一呼吸系统疾病，试图在鼻上皮组织中验证与支气管气道基因表达相关的特征。该数据集在分类上被归入肿瘤 / 肺癌相关类别，主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，表明其核心数据类型为转录组或基因表达信息。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，用户可通过 BioProject 编号 PRJNA1288513 在 NCBI 平台上检索并访问该项目的记录页面，获取其关联的数据类型与资源链接。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级资源组织方式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的各类生物学数据。按照 NCBI 的说明，一个 BioProject 通常源自某个单一机构或某个联合体，其记录为用户提供了一个集中入口，便于查找由该项目所产生的多种数据类型。PRJNA1288513 正是在这一框架下建立的项目记录，其研究主题围绕支气管扩张症展开，关注支气管气道中与疾病相关的基因表达特征能否在鼻上皮中得到验证。支气管扩张症是一种以气道结构破坏和慢性炎症为特征的疾病，而基因表达层面的研究有助于理解其分子机制。将支气管气道的表达特征与鼻上皮进行对照验证，在呼吸系统研究领域具有方法学上的探索意义，因为鼻上皮取样相对便捷，若能与下气道表达特征建立关联，可能为相关研究提供更易获取的生物样本来源。该项目的分类被标注为肿瘤 / 肺癌，这一归类可能与平台分类体系有关，但其研究主题本身明确指向支气管扩张症。

【数据内容】

该项目的主题标签为“Transcriptome or Gene expression”，说明其涉及的数据类型属于转录组或基因表达范畴。项目名称中提及“bronchial airway gene expression”与“nasal epithelium”，表明研究内容涉及支气管气道的基因表达以及在鼻上皮中的验证工作。关于具体的样本数量、测序平台、基因数量、表达矩阵或差异表达结果等细节，源站未提供。该 BioProject 记录本身作为项目级入口，主要用于链接该项目所产生的各类数据，而非直接呈现完整的实验数据表。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1288513。BioProject 记录通常由单一组织或联合体提交，用于汇集某一研究计划下的多种数据类型。关于本项目的具体提交机构、样本采集地点、受试者信息、采集时间及伦理审批等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与支气管扩张症相关的基因表达研究，尤其是关注支气管气道与鼻上皮之间表达特征对应关系的分析工作。研究人员可将其用于转录组层面的验证性研究、生物标志物探索或呼吸系统疾病分子机制的比较分析。此外，由于该项目被归入肿瘤 / 肺癌分类，也可能被用于相关交叉领域的检索与参考。具体适用场景需结合项目实际产生的数据内容判断，源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 平台，以项目编号 PRJNA1288513 检索并访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所产生各类数据的链接，用户可据此进一步获取关联的数据资源。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或配套工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 项目级记录，其质量与完整性取决于提交方所提供的信息及关联数据。关于样本质量、数据覆盖度、测序深度、验证结果的可重复性等具体质量指标，源站未提供。使用者在引用或分析前，应自行查阅项目关联的原始数据与相关文献，以评估其适用性。该项目的分类标注为肿瘤 / 肺癌，而其研究主题为支气管扩张症，两者之间的归类关系需使用者留意。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。使用者应遵循 NCBI 平台及相关数据提交方的通用使用规范，并在引用时注明项目编号 PRJNA1288513 及来源站点。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE302095

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1288513

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：在鼻上皮中检查支气管扩张症（BE）的支气管上皮来源基因表达特征。方法：我们研究了来自“军人早期肺癌检测”研究的220名参与者，对其鼻上皮刷检样本进行了批量RNA测序。采用基因集富集分析（GSEA）来检验先前在放射性BE个体支气管上皮中识别为表达增加或减少的基因，是否在最显著改变的鼻上皮基因中显著富集。使用GSEA和细胞类型特异性基因表达特征来检查与放射性BE相关的鼻上皮细胞组成变化。结果：在此验证集中，先前发现在放射性BE的支气管上皮中表达显著改变的基因，在放射性BE的鼻上皮中最增加或最减少的基因中呈一致性富集（增加，p = 3x10-7；减少，p = 6x10-8）。

使用细胞类型特征进行的GSEA表明，在鼻上皮中，BE与多纤毛细胞和deuterosomal细胞相关基因表达增加以及基底细胞相关基因表达减少相关，这与我们此前在支气管上皮中的发现一致。结论：我们的工作在一个独立数据集中验证了BE的支气管特征，并表明相似的基因表达变化与支气管和鼻上皮中的影像学BE相关。这些发现支持将鼻上皮刷检视为一种用于筛查和监测BE的侵入性较小的工具。总体设计：鼻刷检样本取自参加DECAMP-1和DECAMP-2的参与者。DECAMP-1（NCT01785342）招募了患有不确定性肺结节（7-30 mm）的当前和既往烟草使用者，而DECAMP-2（NCT02504697）纳入了具有高肺癌风险的当前和既往烟草使用者（即吸烟史20+包年）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别