PRJNA1271525：整合单细胞肺癌图谱揭示腺癌与鳞癌中不同的成纤维细胞表型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1271525

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数据说明

肿瘤微环境（TME）不仅影响癌症进展，还已被证明对患者预后有显著影响。TME的主要组成部分之一是癌症相关成纤维细胞（CAFs），在肿瘤组织中已鉴定出几种亚型。尽管scRNA-seq技术是研究组织中细胞比例和组成的强大工具，但分析少量细胞群体需要大规模数据集。在此，我们通过整合公开可用数据构建了非小细胞肺癌（NSCLC）的集成单细胞RNA-seq数据集，并展示了肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）在TME异质性和细胞组成方面的差异。特别是，我们发现了LUAD和LUSC之间CAF亚型的显著差异。炎症性CAFs（iCAFs）主要在LUAD中发现，而肌成纤维细胞性CAFs（mCAFs）在LUSC中更为常见。与肺成纤维细胞的共培养分析证实，LUAD细胞诱导iCAF表型，相反，LUSC促进肌成纤维细胞分化。

与患者预后的相关性分析表明，mCAF在LUAD和LUSC中均为不良预后因素，而iCAF仅在LUSC中被发现为不良预后因素，在LUAD中则相反。本研究强调了关于LUAD和LUSC中CAF亚型优势的重要考量，这可能与患者预后相关。总体设计：正常胚胎肺成纤维细胞（MRC5）分别进行单培养或与肺腺癌（Calu-3）和肺鳞状细胞癌（LC1）间接共培养。培养5天后提取总RNA。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。