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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA123207：不同集落形成能力乳腺癌细胞系的表达数据

PRJNA123207 是一个来自 NCBI 的基因表达数据集，收录了具有不同集落形成能力的乳腺癌细胞系的表达谱数据，主题归类为转录组或基因表达。源站描述指出，培养的癌细胞在多种测量方式下表现出显著的表型异质性，例如对药物的敏感性或在各种条件下的生长能力；其中，在半固体培养基中形成集落的能力即锚定非依赖性生长能力，被认为是癌症生物学中的基本特征，与肿瘤细胞在体内的侵袭性如致瘤性和转移潜能相关，也被用作体外转化的标志。尽管已鉴定出多个与锚定非依赖性相关的遗传因素，但这一能力的分子基础仍很大程度上未知。为探究锚定非依赖性细胞生长的分子机制，研究采用全基因组 DNA 微阵列研究，构建与该表型相关的表达特征。本站将该数据集分类为肿瘤 / 肺癌，主题标签为 Transcriptome or Gene expression。

【数据集背景】

源站描述强调，培养的癌细胞在药物敏感性、不同条件下的生长能力等方面表现出明显的表型异质性。锚定非依赖性生长，即在半固体培养基中的集落形成能力，被视为癌症生物学中的基本特征，因为它与肿瘤细胞在体内的侵袭性如致瘤性和转移潜能相关，并且被用作体外转化的标志。虽然已鉴定出多个与锚定非依赖性相关的遗传因素，但该能力的分子基础仍很大程度上未知。为研究锚定非依赖性细胞生长的分子机制，研究使用全基因组 DNA 微阵列研究来构建与该表型相关的表达特征。该数据集正是围绕具有不同集落形成能力的乳腺癌细胞系展开的表达数据。

【数据内容】

该数据集收录的是具有不同集落形成能力的乳腺癌细胞系的基因表达数据，主题为转录组或基因表达。源站描述说明，研究通过全基因组 DNA 微阵列研究构建与锚定非依赖性生长表型相关的表达特征。数据内容围绕乳腺癌细胞系在不同集落形成能力背景下的基因表达谱展开。关于样本数量、具体细胞系名称、微阵列平台、探针或基因数量、表达值矩阵的规模等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA123207: Expression data from breast cancer cell lines with various colony-forming ability。源站描述表明，研究使用全基因组 DNA 微阵列研究来开发与锚定非依赖性细胞生长相关的表达特征。关于样本采集的具体流程、细胞培养条件、微阵列实验的操作步骤、数据生成的时间与地点等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于源站描述，该数据集适用于研究与锚定非依赖性细胞生长相关的分子机制，以及探索与集落形成能力相关的基因表达特征。由于数据来自具有不同集落形成能力的乳腺癌细胞系，可用于比较不同集落形成能力细胞系之间的表达差异，并围绕源站所述与致瘤性、转移潜能及体外转化相关的表型开展转录组层面的分析。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

源站描述提到，研究利用全基因组 DNA 微阵列研究构建与锚定非依赖性生长表型相关的表达特征，并使用该特征开展后续分析。关于该数据集的具体使用方式，例如数据下载格式、预处理步骤、归一化方法、分析流程或软件工具等，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression，来源为 NCBI。源站描述未提供关于数据质量评估、批次效应、样本量、重复数、验证实验或技术限制的具体信息。关于该数据集在质量与限制方面的其他细节，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，英文名称为 PRJNA123207: Expression data from breast cancer cell lines with various colony-forming ability。关于引用方式、许可条款或使用限制等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE15026

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA123207

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

培养的癌细胞在以多种方式测量时，如对药物的敏感性或在各种条件下的生长能力，表现出显著的表型异质性。其中，展现非锚定依赖性细胞生长能力（半固体培养基中的集落形成能力）被认为是癌症生物学中的基本特征，因为它与体内肿瘤细胞的侵袭性，如致瘤性和转移潜能相关，并且也被用作体外转化的标志。尽管已识别出多个与非锚定依赖性相关的遗传因素，但这一能力的分子基础仍大部分未知。为了探究非锚定依赖性细胞生长的分子机制，我们运用全基因组DNA微阵列研究，开发了与该表型相关的表达特征。利用这一特征，我们识别出一个与锚定非依赖性生长表型相关的激活线粒体生物发生程序，并且重要的是，我们证明这一表型预示着原发乳腺和肺部肿瘤的转移潜力。

关键词：具有不同集落形成能力的乳腺癌细胞系总体设计：为开发反映非锚定依赖性细胞生长能力的表达特征，我们首先在含甲基纤维素的悬浮培养皿中对19种乳腺癌细胞系进行了集落形成实验。以每皿接种20，000个细胞为起始，五种细胞系（MDA-MB-361、HCC38、ZR75、Hs578T和BT483）形成的集落少于20个，而8种细胞系（MCF7、MDA-MB-231、BT20、SKBR3、MDA-MB-435s、T47D和BT474）显示出超过500个集落的形成。其余细胞系表现出中等集落形成能力（20-200个集落；HCC1143、HCC1806、HCC1428、MDA-MB-453、CAMA1、BT549和MDA-MB-157）。在19种细胞系中，有11种细胞系在不同批次中有重复的表达数据。我们移除

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别