PRJNA1169337：A549细胞FXR敲低及电离辐射处理RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1169337

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在本研究中，我们探讨了FXR在A549人肺癌细胞对电离辐射（IR）应答中的作用。使用shRNA在A549细胞中稳定敲低FXR，并建立了四个实验组：对照A549细胞（未照射）、对照A549细胞（照射）、FXR敲低A549细胞（未照射）和FXR敲低A549细胞（照射）。进行RNA测序（RNA-seq）以鉴定与FXR敲低和照射相关的基因表达变化。该数据集为FXR影响细胞对辐射应答的分子机制及其对癌症治疗的潜在影响提供了见解。总体设计：实验旨在研究FXR敲低对电离辐射后A549细胞基因表达谱的影响。A549细胞被稳定转染了靶向FXR的shRNA或对照shRNA。

实验包括四组：（1）未接受照射的对照A549细胞，（2）接受照射的对照A549细胞，（3）未接受照射的FXR敲低A549细胞，（4）接受照射的FXR敲低A549细胞。每组包括三个生物学重复，共计12个样本。从全部12个样本中提取RNA并进行RNA测序，以比较FXR敲低和电离辐射诱导的转录组变化。该设计有助于分析FXR在细胞对辐射应答中的特定作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。