超级百岁老人T细胞的单细胞转录组与TCR图谱

数据围绕超级百岁老人来源 T 细胞的单细胞转录组与 TCR 图谱展开,可用于研究该人群 T 细胞的转录特征与 TCR 克隆组成

sra
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基因组分类Transcriptome or Gene expression
PRJDB35710: Single-cell transcriptome and TCR profiles of T cells from supercentenarians

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

超级百岁老人T细胞的单细胞转录组与TCR图谱

PRJDB35710 是一个围绕超级百岁老人来源 T 细胞展开的单细胞转录组与 TCR 图谱数据集。该数据集同时刻画 T 细胞的转录特征与 TCR 克隆组成,主题标签为转录组或基因表达。从源站信息看,它属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录,源站标题指向 Homo sapiens(ID 1489820)。BioProject 作为生物数据的集合,通常用于汇集由单一机构或联合体发起的同一项研究计划所产生的多种数据类型,并为用户提供统一入口以查找该项目关联的各类数据。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类。整体而言,该数据集的核心价值在于为研究超级百岁老人这一特殊人群的 T 细胞转录特征与 TCR 克隆组成提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,项目英文名称为 PRJDB35710: Single-cell transcriptome and TCR profiles of T cells from supercentenarians。BioProject 是一种生物数据集合形式,通常与单一研究倡议相关联,由单一组织或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供统一的位置,以便找到该项目所产生的多种数据类型之间的链接。源站标题显示其物种为 Homo sapiens(ID 1489820)。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类。数据集的主题标签为 Transcriptome or Gene expression,表明其内容与转录组或基因表达相关。围绕超级百岁老人来源 T 细胞的单细胞转录组与 TCR 图谱,是该数据集的核心描述线索。

【数据内容】

该数据集围绕超级百岁老人来源 T 细胞的单细胞转录组与 TCR 图谱展开。其内容可用于研究该人群 T 细胞的转录特征与 TCR 克隆组成。主题标签为 Transcriptome or Gene expression,说明数据涉及转录组或基因表达层面。数据集名称中同时包含 single-cell transcriptome 与 TCR profiles,表明其覆盖单细胞转录组和 TCR 图谱两类信息。源站未提供关于样本数量、测序深度、细胞数目、TCR 克隆具体数量等更细粒度的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI BioProject,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站标题为 Homo sapiens(ID 1489820) - BioProject - NCBI。项目英文名称为 PRJDB35710: Single-cell transcriptome and TCR profiles of T cells from supercentenarians。BioProject 记录通常由单一组织或联合体发起,并汇集与同一研究倡议相关的生物数据。源站未提供具体的样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、受试者招募方式等采集细节。

【适用场景】

该数据集可用于研究超级百岁老人来源 T 细胞的转录特征与 TCR 克隆组成。由于同时包含单细胞转录组与 TCR 图谱信息,其潜在适用方向包括分析该人群 T 细胞的基因表达模式、TCR 克隆组成特征,以及转录特征与 TCR 克隆组成之间的关联。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类,因此也可能在肿瘤或肺癌相关研究中作为参考数据使用。源站未提供关于具体分析流程、推荐工具或特定疾病关联结论的说明。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。该数据集以 BioProject 记录形式存在,用户可通过 NCBI BioProject 入口查找该项目关联的多种数据类型。源站未提供关于数据下载格式、文件组织方式、预处理步骤或分析管线的具体信息。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量指标、质控标准、批次效应、覆盖度或技术限制的具体说明。该数据集为 BioProject 记录,其描述侧重于项目层面的数据汇集与链接,而非具体数据质量评估。源站未提供关于样本代表性、人群范围或潜在偏差的说明。

【引用与许可】

源站未提供关于引用方式、许可条款或使用限制的具体信息。用户如需引用或使用该数据集,应参考 NCBI BioProject 源站记录中的相关说明。源站未提供具体的许可协议或数据使用政策细节。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDB35710

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们此前的研究发现,CD4细胞毒性T淋巴细胞(CD4 CTLs)是超级百岁老人的一个标志性特征。通过单细胞免疫图谱分析,我们发现CD4 CTLs在100岁左右开始扩增,其特征为CD27/CD28的序贯性丢失,但不伴随耗竭。这些细胞表现出强烈的克隆扩增,并与肿瘤浸润T细胞(尤其是肺癌来源的T细胞)共享CDR3beta序列。这些发现提示,CD4 CTLs适应持续性抗原,并可能在极端衰老过程中参与癌症监视。生命科学数据库中心(DBCLS)的数据访问委员会批准,根据NBDC人类数据共享指南(https://humandbs.dbcls.jp/en/guidelines/data-sharing-guidelines),将此个人数据公开发布,NBDC研究编号为hum0511,申请编号为J-DS001466-001。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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