PRJDB15946：肺癌小鼠肺部与肠道微生物组分析
我们在肺癌小鼠模型中进行了肺部和肠道的微生物组分析。我们使用 C57BL/6J 小鼠，并通过尾静脉注射 LLC 细胞系。为了进行肺部和肠道微生物组分析，我们在每个时间点（注射后第 0、21 和 28 天）收集了 BALF 样本和粪便样本
基本信息
资源简介
PRJDB15946：肺癌小鼠肺部与肠道微生物组分析
PRJDB15946 是一个围绕肺癌小鼠模型开展的肺部和肠道微生物组分析数据集，归属于肿瘤 / 肺癌领域，来源站为 ebi.ac.uk。该数据集的核心目标是在肺癌小鼠模型中同步考察肺部与肠道的微生物组变化。研究使用 C57BL/6J 小鼠，并通过尾静脉注射 LLC 细胞系建立模型。为开展肺部和肠道微生物组分析，研究者在注射后第 0、21 和 28 天三个时间点分别收集 BALF 样本和粪便样本，并在此基础上分析各物种的相对丰度、α 多样性和 β 多样性，同时进行 PICRUSt 分析，以了解肺癌背景下肺部和肠道微生物组的代谢功能变化。该数据集为研究肺癌与肺部、肠道微生物组之间的关系提供了多时间点、双部位的分析资源。
【数据集背景】
该数据集来源于对肺癌小鼠模型的微生物组研究。研究关注的是肺癌发生时，肺部与肠道两个部位的微生物组是否发生变化，以及这些变化在代谢功能层面可能意味着什么。为此，研究采用 C57BL/6J 小鼠，并通过尾静脉注射 LLC 细胞系来构建肺癌小鼠模型。这一背景决定了数据集的核心价值在于将肺癌模型与肺、肠道微生物组分析结合起来，而不是单纯描述正常小鼠的微生物组成。源站描述中明确提到，该分析旨在了解肺癌对肺部和肠道微生物组的影响，并通过 PICRUSt 分析探索代谢功能变化。因此，该数据集适合被置于肿瘤微生态、肺癌与宿主微生物互作等研究语境中理解。
【数据内容】
该数据集包含肺部和肠道微生物组分析相关内容。具体而言，研究者在肺癌小鼠模型中收集了 BALF 样本和粪便样本，分别对应肺部与肠道微生物组分析。分析内容包括每个物种的相对丰度、α 多样性和 β 多样性。此外，还基于该数据进行了 PICRUSt 分析，用于了解肺癌情况下肺部和肠道微生物组的代谢功能变化。数据覆盖注射后第 0、21 和 28 天三个时间点，因此具备时间序列维度，可用于观察不同时间点微生物组特征的变化。关于样本量、具体物种列表、测序平台、序列数量、统计检验方法等细节，源站未提供。
【采集与来源】
样本采集来自 C57BL/6J 小鼠。研究者通过尾静脉注射 LLC 细胞系建立肺癌小鼠模型。采集部位包括肺部和肠道，对应样本类型为 BALF 样本和粪便样本。采集时间点为注射后第 0、21 和 28 天。数据来源站为 ebi.ac.uk。关于伦理审批信息、饲养条件、具体采集流程、样本保存方式、DNA 提取方法、测序策略等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肺癌与微生物组交叉研究方向。例如，可用于探索肺癌小鼠模型中肺部微生物组与肠道微生物组在疾病进程中的变化趋势，也可用于比较不同时间点微生物群落的 α 多样性和 β 多样性。由于包含 PICRUSt 分析，该数据集还可用于关注微生物组代谢功能变化的场景。此外，该数据集可能适合作为肺癌微生态研究的参考数据，用于方法学比较、假设生成或与其他肺癌微生物组研究进行对照。关于该数据集是否适用于临床转化、人体样本验证或特定治疗干预研究，源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可围绕其提供的肺部和肠道微生物组分析结果展开。研究者可关注各物种相对丰度、α 多样性和 β 多样性等指标，并结合第 0、21 和 28 天三个时间点进行纵向比较。若关注功能层面，可使用其 PICRUSt 分析结果了解代谢功能变化。由于数据涉及 BALF 样本和粪便样本，使用时可分别分析肺部与肠道微生物组，也可进行两个部位之间的关联探讨。关于具体的数据格式、下载方式、分析流程、软件版本和参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 C57BL/6J 小鼠和 LLC 细胞系尾静脉注射模型，属于动物模型研究，其结论外推到人体时需谨慎。数据覆盖注射后第 0、21 和 28 天三个时间点，时间跨度有限，可能无法反映更长期的微生物组变化。样本类型为 BALF 和粪便，分别代表肺部和肠道微生物组，但关于样本量、重复数、测序深度、批次效应、污染控制等信息，源站未提供。此外，PICRUSt 分析属于基于标记基因的预测性功能分析，其功能推断的准确性受参考数据库和算法限制，源站未提供相关验证信息。关于数据质量评估指标和局限性说明，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，数据集英文名为 PRJDB15946: Lung and gut microbiome analysis with lung cancer mice。关于引用方式、许可协议、使用限制和访问权限，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB15946
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们利用肺癌小鼠模型进行了肺和肠道微生物组分析。我们使用C57BL/6J小鼠，并通过尾静脉注射LLC细胞系。为开展肺和肠道微生物组分析，我们在各时间点（注射后第0、21和28天）收集了BALF样本和粪便样本。在该分析中，还分析了各物种的相对丰度、α多样性、β多样性。此外，我们基于这些数据进行了PICRUSt分析，以了解肺癌状态下肺和肠道微生物组的代谢功能变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
