非小细胞肺癌患者来源癌症相关成纤维细胞体外培养表型漂移

数据集获取

源站：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/8817

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Nanostring nCounter靶向RNA测序数据，涉及从人非癌性肺组织及非小细胞肺癌肿瘤组织中分离的成纤维细胞，以及源自这两种组织的成纤维细胞在培养中维持三个传代后的情况，如Mathieson等人（提交稿）所述“非小细胞肺癌患者来源的癌症相关成纤维细胞在培养中经历表型漂移”。癌症相关成纤维细胞（CAFs）是许多实体器官恶性肿瘤，包括非小细胞肺癌（NSCLC）间质中的主要细胞类型。它们被广泛研究，并代表了一群表现出不同表型和功能的异质性细胞。CAF研究通常依赖于体外扩增和培养，以进行功能性实验和共培养实验。在本研究中，我们通过流式细胞术追踪CAF亚群标志物表达水平的变化，比较了NSCLC患者来源的CAFs与非癌性肺成纤维细胞的表型。

我们证明，来自非小细胞肺癌的癌相关成纤维细胞在培养过程中会发生表型漂移，并且在先前定义的亚群中，当癌相关成纤维细胞维持在标准培养条件下时，会趋同于一种在非癌肺组织中主要上调的表型。总之，我们显示癌相关成纤维细胞与来自非癌肺组织的成纤维细胞在表型、转录组和功能上趋同，表明标准培养条件促进了这一表型。我们强调，在对癌相关成纤维细胞进行功能研究时，有必要理解和监测培养过程中的表型，因为肿瘤微环境中发现的异质性在培养细胞中会迅速丧失。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。